一、斑节对虾等位酶遗传分析（论文文献综述）
曹媛钰[1]（2013）在《中国东南沿海长毛明对虾种群遗传结构的研究》文中指出长毛明对虾曾经是中国东南沿海重要的养殖虾类之一,故其具有较高的经济价值。但由于对其野生资源的过度捕捞以及栖息地的环境破环等原因,长毛明对虾的野生资源量急剧下降,在2005年长毛明对虾已被作为濒临物种而被录入《中国物种红色名录》。为了增加对长毛明对虾种质资源的全面认识,且为该物种有效地保护和自然保护区的建立提供理论依据,本研究综合运用海洋生物技术、生态学和保护遗传学的理论结合微卫星标记技术以及线粒体（16SrRNA和D-loop）标记技术分析研究我国野生长毛明对虾群体的遗传多样性与分化。本研究采用FIASCO法筛选出20对长毛明对虾微卫星多态性引物,并使用其中的10对多态引物对中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体的遗传多样性和遗传分化进行了分析;并运用线粒体16SrRNA和D-loop标记分析了12个野生长毛明对虾群体的线粒体序列特征、群体遗传多样性和遗传变异,并进行了中性进化检验。（1）采用FIASCO法,利用生物素标记的（GT）15、（CT）15的混合探针构建长毛明对虾（CA）n、（GA）n的微卫星文库。挑取184个片段长度在400至1200bp之间的单克隆振荡培养并进行测序。经过序列筛选,设计了80对微卫星引物。以30个来自东山野生群体的长毛明对虾个体对80对引物进行多态性分析,共检测出20对多态性引物,其等位基因数为2-7个,多态信息含量（PIC）为0.0078-0.9771,观察杂合度为0.0357-0.9130,期望杂合度为0.1308-0.7405。挑选其中多态性较高且条带清晰的10对微卫星位点用于下一步的群体遗传学研究。（2）利用前一步所筛选出来的10对微卫星引物研究中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体的遗传多样性以及遗传分化。长毛明对虾12个群体的多态信息含量（PIC）在0.3093-0.5154之间,平均为0.4208;平均每位点等位基因数（A）在2.9000-3.9000之间,平均为3.3916;平均每位点有效等位基因数（Ae）在1.6913-2.2915之间,平均为1.9326;观察杂合度（Ho）在0.2028-0.3092之间,平均为0.2503;期望杂合度（He）在0.2746-0.5216之间,平均为0.3849。实验结果表明,中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体的遗传多样性处于中等偏低的水平;12个长毛明对虾群体间的遗传距离（D）介于0.0127-0.3676之间。遗传分化系数（FST）为0.1155,基因流（Nm）为1.9152。结果表明中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体间存在一定的分化,但分化程度不高。（3）线粒体16S rRNA研究结果显示,在中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体中的85个个体中,一共有16个变异位点,16个变异位点全为多态位点。而这些突变位点一共定义了14种单倍型。85个野生长毛明对虾个体的平均核苷酸差异数为1.400,核苷酸多样性指数为0.00264。在12个野生长毛明对虾群体中,平均核苷酸差异数介于0.000-2.476之间;核苷酸多样性指数介于0.00000-0.00466之间。中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体间的遗传距离为0.000-0.009。AMOVA分析显示,长毛明对虾12个野生群体之间并无显着的遗传分化。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验均表明长毛明对虾部分群体显着地偏离中性进化。（4）线粒体D-loop的研究结果表明,中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体的83个个体中共发现184个多态位点,共包括了162个碱基转换位点和63个碱基颠换位点,这些突变位点一共定义了79种单倍型。83个野生长毛明对虾个体的平均核苷酸差异数36.065,核苷酸多样性指数为0.06283,单倍型多样性指数为0.999。群体水平上,平均核苷酸差异数介于8.036-54.900之间,而核苷酸多样性指数则介于0.01378-0.09433之间。12个野生长毛明对虾群体间的遗传距离为0.019-0.171。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验都显示中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体均未偏离中性进化。综上,中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体的遗传多样性水平处在偏低水平,群体间虽存在一定的遗传分化,但遗传分化水平不高。
唐黎,陈玉珍,王吉桥,姚俊杰,安苗[2]（2010）在《对虾类遗传标记研究进展》文中指出简要阐述了同工酶、染色体技术和几种常见的DNA分子标记技术,如随机扩增多态性DNA（RAPD）、扩增片断长度多态性（AFLP）、微卫星标记（SSR）等技术在对虾类（Penaeus）遗传多样性研究中的应用。
吴志刚[3]（2010）在《中国主要出口虾类的分子鉴定标记研究》文中提出虾的种类繁多,仅联合国粮农组织（FAO）列出的具有商业或具有潜在商业价值的虾就有300多种,为重要的经济水产品之一。据FAO统计,全球每年捕捞和养殖虾的产量约为600万吨,其中约60%进行国际贸易。目前虾产品年出口值超过140亿美元,占渔业总出口值的16%,在国际贸易中具有重要地位。当前,中国沿海养殖和捕捞（含海水和淡水）的虾主要有斑节对虾（Penaeus. momodon）、凡纳对虾（Penaeus vannamei）、中国对虾（Penaeus. chinensis）、日本对虾（Penaeus japonica）、罗氏沼虾（Maeobrachium rosenbergii）、墨吉对虾（Penaeus merguiensis）、中华管鞭虾（Solenocera crassicornis）、鹰爪虾（Trachypenaeus curvirostris）克氏原螯虾（Procambarus clarkii）等,年出口量近30万吨,产值近17亿美元。近年来,国际上对贸易品种的要求日益严格,物种鉴定己成为出口农产品、食品的技术性贸易壁垒之一。通常,虾类的品种鉴定主要依据形态学标准（如外形、颜色等）来进行。然而当用于形态辨别的部分被去除、形态非常相近或未形成可辨别形态时,虾类的品种鉴定则显得非常困难,因此采用分子鉴定标记进行品种鉴定的研究日益引起重视,如核糖体转录间隔区、线粒体细胞色素氧化酶C基因、线粒体细胞色素b基因等。本研究首先利用虾类核糖体基因高度保守的18s、28s和中间的5.8s区域,设计出了通用引物,对中国几种主要出口虾类ITS1区域进行PCR扩增并测序。根据测序结果,筛选出了合适的选择性内切酶,针对所研究各虾品种的ITS1序列产生出特异性的酶切图谱,将它们作为分子标签,应用于中国主要出口虾类品种及其产地的快速鉴定,具有特异性强、重复性高、检测时间短、成本低的特点。在该部分研究中,利用所设计的引物,所得到虾类ITS1长度变化在448 bp（戴氏赤虾）到1491 bp（日本沼虾）之间,GC含量为40.95-66.83%,其中戴氏赤虾和日本沼虾的ITS1序列为目前所报道的最短和最长的虾类ITS1序列。各虾品种的ITS1序列比较发现,微卫星序列大多出现在5′端和中间区域。同一种虾品种的微卫星序列差异与群体间ITS1的变异和长度多态性紧密相关,而且对虾科对虾属各虾品种比较发现,亲缘关系越近,其微卫星序列相似度越高。对虾科5个虾品种之间可用ITS1数据进行很好的区分。此外,结合PCR-RFLP技术,不同虾品种的ITS1序列可产生特定的酶切片段,可以此对它们进行有效区分。这些结果表明,ITS1序列作为一个重要的分子标签,在不同分类水平上具有很高的变异性,在虾类品种鉴定和系统发育研究中具有重要的作用。本研究还采用荧光标记引物的AFLP分析方法,对中国主要出口虾类资源进行了遗传变异和品种鉴别研究,依据AFLP标记的数据结果,我们对对虾科下不同属的虾类系统亲缘关系进行了分析。结果显示：在遗传距离上,日本对虾（P.japonicus）和宽沟对虾（P. monodon）之间最小,为0.214；中华管鞭虾（S. crassicornis）和鹰爪虾（T. curvirostris）之间最大,为0.659；遗传一致度上,日本对虾（P.japonicus）和宽沟对虾（P. monodon）最近,为0.787；管鞭虾科的中华管鞭虾（S. crassicornis）和对虾科鹰爪虾属的鹰爪虾（T. curvirostris）之间最远,为0.341。二种分析方法结果基本一致,说明基于AFLP标记揭示的不同虾类之间的遗传距离比较稳定。依据Jaccard遗传相似性系数构建对虾科下所有供试虾样品的UPGMA系统聚类关系图,其中中华管鞭虾（S. crassicornis）作为Outgroup单元对照,独立在外,成一个单独的分支,所有对虾科虾类均聚为一类,在Jaccard遗传相似性系数为0.38处,对虾科内不同属虾类可进一步细分为三大分支。第Ⅰ分支主要由哈氏仿对虾（P.hardwickii）、刀额新对虾（M. ensis）和戴氏赤虾（M.dalei）三类组成；第Ⅱ分支主要由宽沟对虾（P.latisulcatus）、日本对虾（P. japonicus）和凡纳滨对虾（L. vannamei）组成；第Ⅲ分支仅由鹰爪虾（T. curvirostris）组成。这表明利用AFLP标记可以揭示不同虾类之间的遗传差异程度,分析物种之间的系统亲缘关系。本研究中12对引物共扩增出了841条DNA谱带,所有条带的分子量范围在50-550bp之间,其中601条为多态性条带,多态性位点百分率为71.5%,平均每对引物扩增出70.1条总带和50.1条多态性条带。相比于其它研究者采用AFLP标记对对虾科虾类的分析结果来说,多态性位点百分率相对偏高。在引物鉴别效率方面,12对AFLP引物中可将所有供试虾样品100%区分开的引物组合有4对：E-ACG/M-CAA、E-AGG/M-CTA、E-AGG/M-CTC和E-AGG/M-CTT,12对引物的平均鉴别效率达92.8%,可见AFLP标记用于虾种水平上的鉴别效率非常高,这也间接反映出不同虾之间的遗传背景差异较大。本研究采用ITS技术和AFLP技术分析了不同地理区域的凡纳对虾群体的遗传变异和群体遗传分化。研究结果显示,目前我国东南沿海凡纳对虾主要养殖区养殖的凡纳对虾的种质资源与来自美国夏威夷的亲本已有较大的差异,需引起高度重视。建立的技术方法对我国主要养殖虾类的品质退化情况评估、虾苗健康程度的评估,促进虾类养殖业的健康发展,维护中国虾产品出口贸易具有重要的现实和前瞻性研究意义。
王霞[4]（2009）在《微卫星分型技术用于凡纳滨对虾遗传多样性和亲缘关系分析》文中研究指明凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）是我国海水养殖业重要种类之一。近年来,其种质出现退化,疾病流行,导致对虾的养殖业损失重大。为此很有必要培育高产、抗病和抗逆的新品种。培育过程中,利用分子标记技术辅助育种,对保护其遗传多样性,防止种质退化有重要作用。本研究利用微卫星标记技术对凡纳滨对虾遗传多样性和亲缘关系进行分析,为凡纳滨对虾分子标记技术辅助育种提供必要的技术基础,获得了以下主要结果。1.凡纳滨对虾遗传多样性分析利用7个高度多态的微卫星标记技术分析了6个凡纳滨对虾家系共118个个体的基因型分离情况。对这6个凡纳滨对虾家系的亲本（G0代）及其后代（G1代）进行亲权分析,结果共检测到44个等位基因。G0代和G1代的平均每个座位的等位基因数目为分别6.14和6.27,平均期望杂合度为0.786和0.733,平均多态性信息含量为0.709和0.695。7个微卫星座位的累计排除概率为0.99,并且在有亲本存在的情况下,能够区分6个家系。表明这7个微卫星座位在选育家系亲权分析中具有很高的鉴别力。将亲子代群体的遗传多样性做了配对比较检验,以及通过对G1代群体每个位点的F-statistics分析检验群体的遗传分化,以期对凡纳滨对虾育种进行遗传监测。结果显示:G0代平均期望杂合度要显着高于G1代,表明一个封闭的小群体在经过一代人工控制交配后其遗传多样性会降低;各座位的FST平均值为0.3584,说明亚群间属于高度遗传分化。NTSYS软件进行相似性系数计算,UPGMA法对G1代个体聚类分析,结果表明亲缘关系较近的家系A和B以及C和D的相似系数很高分别各聚为一类,E和F分别聚为一类。2.凡纳滨对虾亲缘关系推断在育种过程中,当家系亲本信息未知时,对凡纳滨对虾亲缘关系进行分析是十分必要的。因此我们将9个家系子代个体混合,从中随机取出110个个体并利用先前的7个微卫星标记对其进行分析,模拟家系亲本信息未知情况下,利用亲缘关系公式(fQG,fLR,fW)估计二联体被分配到不同亲缘关系（全同胞,半同胞和不相关关系）中的准确性,分别根据配对个体间遗传距离(1-fQG),(1-fLR)和（1-fW）,利用算术平均数非加权成组配对（UPGMA）法对个体进行聚类分析。结果显示:根据fQG,fLR和fW的分配方法,在系谱重建过程中,二联体被分配到不同亲缘关系的准确率与亲缘关系的远近密切相关,聚类分析表明三种聚类方法都能很好区分全同胞与不相关个体,而对于半同胞和全同胞的区分效果较差。上述实验结果均表明:微卫星技术在对虾育种过程中是一种有力的分子生物学工具。
张桂玲[5]（2009）在《我国东南沿海长毛明对虾群体遗传多样性与分化的研究》文中进行了进一步梳理长毛明对虾作为我国重要的海洋经济虾类,近年来由于严重开发过度,产卵场环境恶化等因素的影响,其资源量急剧下降,在2005年出版的《中国物种红色名录》一书中已将其列为濒危[EN]物种,因此对于长毛明对虾的资源保护及复壮已迫在眉睫。本研究运用等位酶、AFLP及SSR技术,以我国东南沿海9个海域的长毛明对虾为实验样本,对其群体遗传多样性及分化进行分析研究,以期为长毛明对虾的资源保护、复壮、良种选育及其资源的可持续利用等多个方面提供必要的遗传学基础。研究结果如下:1.应用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对我国东南沿海9个海区的长毛明对虾群体进行杂合性分析。测定了8个酶系统,共检测到15个酶位点32个等位基因。有7个多态位点,它们是位点Me-1、Me-2、Mdh-2、Aat-1、Sod-2、Est-1、Amy-1,在这些位点有2～5个等位基因。结果表明,在长毛明对虾9个群体的全部多态位点中,共有6个位点符合Hardy-Weinberg平衡（p>0.05）,30个位点偏离Hardy-Weinberg平衡（p<0.05）;除宁德群体外,其他8个群体中共有13个多态位点表现为杂合子缺失,结合各群体中每个多态位点的观察杂合度和期望杂合度,认为导致杂合子缺乏的主要原因可能是种群内交、自然选择、Wahland效应、哑等位基因等。另外,在本研究中共有23个位点表现为杂合子过剩（F<0）,且在长毛明对虾9个群体中均有出现,从而认为长毛明对虾的种质资源较好。2.采用等位酶分析技术获的的我国东南沿海9个群体的遗传多样性指标为:平均每个位点的等位基因的有效数目（Ae）为1.1447～1.2094,平均为1.1664;多态位点百分数为13.33%～40.00%,平均为26.67%;观察杂合度（Ho）为0.1311～0.1511,平均为0.1380;期望杂合度（He）为0.0720～0.1023,平均为0.0866。群体间遗传距离（D）为0.0002～0.0049;群体间遗传相似度为0.9951～0.9998;群体间的遗传分化系数GST为0.0327;基因流为（Nm）11.7358。采用AFLP技术对我国东南沿海9个群体进行遗传多样性及分化分析,利用8对引物,在270个个体中共扩增出508个位点。结果显示,长毛明对虾9个群体的有效等位基因数（Ae）介于1.1956～1.3988之间,平均为1.2770;多态位点百分比（P）介于41.34%～63.58%之间,平均为50.88%;Shannon氏指数（I）为0.1841～0.3425,平均0.2486;Nei’s基因多样性指数（H）为0.1194～0.2305,平均为0.1643;群体间遗传距离（D）平均为0.0626,基因流（Nm）为1.8124;将以上长毛明对虾遗传多样性参数的均值与一些经济虾类与蟹类的以对应实验方法所获得的均值相比较,认为长毛明对虾群体的遗传多样性在甲壳类中处于较高水平,且群体之间发生了较小的分化。3.运用统计软件SPSS11.5分别对采用等位酶技术和AFLP技术获得的长毛明对虾9个群体的遗传距离与对应的地理距离进行相关性分析,结果如下:（等位酶标记部分）Pearson Correlation=-0.022 , Sig.（2-tailed）=0.896>0.05 ; （AFLP标记部分）Pearson Correlations=0.146,Sig.（2-tailed）=0.394>0.05。从而认为长毛明对虾9个群体的遗传距离与地理距离之间无显着相关性。4.采用生物素—磁珠吸附微卫星富集法,构建长毛明对虾的微卫星文库。从文库中挑取864个克隆,选取108个≥500bp的片段进行测序,获得72个微卫星序列。用引物设计软件Primer Premier5.0设计引物41对,到目前为止,已从中筛选出6对可用的微卫星引物。
王展林[6]（2009）在《重要经济海洋生物西施舌群体遗传学的研究》文中研究指明西施舌是我国沿海的一种名贵双壳贝类,具有很高的经济价值,由于海域污染及滥捕等原因,导致资源量受到严重破坏。目前,西施舌人工育苗方面虽有较为系统的研究,但仍存在一些问题,幼贝成活率低成为制约人工养殖的主要因素。西施舌群体遗传多样性和遗传分化的研究对于其种质资源的保护和良种选育具有重要意义。本研究采用等位酶和AFLP技术对我国沿海西施舌群体进行了遗传多样性和遗传分化的研究,以期为我国西施舌种质资源的可持续利用及保护,加快良种选育提供科学依据。1.采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对江苏启东、福建漳港和广西北海3个地区的西施舌野生群体进行等位酶电泳检测和酶谱分析。获得7个酶12个位点,其中8个位点为单态位点,即Aat-1、Me-1、Est-2、Est-4、Acp-1、Acp-2、Amy-1、Amy-2;4个位点为多态位点,即Sod-1、Mdh-1、Est-1、Est-3。杂合性分析结果显示,多态位点中福建漳港群体的Sod-1和Est-1位点、广西北海群体的Sod-1位点符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）;江苏启东西施舌群体的多态位点中所有位点,福建漳港西施舌群体的多态位点中Mdh-1、Est-3位点,广西北海西施舌群体的多态位点中Mdh-1、Est-1、Est-3位点均非常显着偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.01）。此外,所有多态位点中,除了江苏启东和福建漳港群体的Est-1位点表现出杂合子缺失（F>0）外,各群体中每个位点均表现出杂合子过量（F<0）。2.等位酶分析西施舌群体遗传多样性和遗传分化结果显示:3个群体平均每位点等位基因数目（A）为1.7500;平均每位点有效等位基因数目（Ae）为1.3939;平均多态位点百分数（P）为33.33%;观察杂合度（Ho）在0.2389到0.3083之间,平均值为0.2750;期望杂合度（He）在0.1496到0.2041之间,平均值为0.1765;群体间遗传分化系数（GST）为0.0719;群体间的遗传距离（D）在0.0164到0.0302之间。结合杂合性分析结果,表明我国西施舌种质资源状况处于较好水平。3.利用扩增片断长度多态性（Amplified fragment length polymorphism,AFLP）标记技术对我国沿海山东青岛、江苏启东、福建漳港和广西北海4个地区的野生西施舌群体和福建漳港地区的1个养殖群体进行了遗传多样性和遗传分化的研究。9对选择性引物共扩增618个位点。遗传多样性结果显示,西施舌5个群体的平均每位点等位基因数（A）介于1.3916-1.6036之间,平均为1.5000;平均每位点有效等位基因数（Ae）介于1.1733-1.2431之间,平均为1.2124;多态位点百分数（P）介于39.16%-60.36%之间,平均为49.98%;Shannon氏指数（I）介于0.1684-0.2354之间,平均为0.2067;Nei’s基因多样性指数（H）介于0.1073-0.1506之间,平均为0.1320。其中,野生群体遗传多样性水平略高于养殖群体。群体间遗传分化结果显示,群体间的遗传分化系数(GST)介于0.0996-0.4835之间,平均为0.3318;群体间遗传距离（D）介于0.0365-0.2937之间,平均为0.1858,说明西施舌群体间分化较大。通过对遗传距离进行聚类分析,山东青岛和江苏启东的西施舌群体聚为一支,福建漳港和广西北海的西施舌群体聚为一支,结合遗传距离（D）及遗传分化系数（GST）,初步认为两支已分化达到亚种水平,并在3对引物组合（E-ACA/M-CGT、E-ACT/M-CGT、E-AGA/M-CGT）的扩增结果中找到15个可作为亚种鉴别的AFLP标记。综合两项技术分析结果认为,虽然我国西施舌资源受到严重破坏,但还未对其遗传多样性造成严重影响,应及时采取有效的保护措施,以期为西施舌人工养殖保留可靠的种质资源。5.以福建漳港野生西施舌为材料,采用FIASCO （Fast Isolation by AFLP Sequences COntaining repeats）方法构建西施舌（CA）n、（CT）n微卫星富集文库,筛选微卫星标记。西施舌的（CA）n、（CT）n微卫星富集文库包含768个克隆,从中取140个片段大小为500-1200bp的克隆测序,共获得30条串联重复序列（n≧4）,其中11条为小卫星序列,19条为微卫星序列,阳性克隆率为13.57%。从这些微卫星序列中开发出8个具有多态性的微卫星标记,以期用于西施舌群体遗传学的进一步研究。
熊小飞,江世贵,夏军红,苏天凤,龚世园[7]（2008）在《中国南海海域斑节对虾群体与西印度洋、西太平洋群体种群遗传结构的比较分析》文中进行了进一步梳理采用聚合酶链式反应（PCR）技术对海南三亚、深圳、湛江、北海4个斑节对虾群体共95个个体的延伸因子1-alpha内含子序列进行了扩增,对扩增产物进行克隆转化,并将阳性克隆产物进行序列测定,最终获得了大小约216bp的可供分析的核苷酸序列。将获得的序列与从Genbank上下载的西太平洋、西印度洋种群的序列进行比较分析,结果表明,中国海域种群的基因多样性最低,西太平洋海域的基因多样性水平最高;通过对遗传分化指数FST的分析,发现西太平洋群体和西印度洋群体之间以及两者与中国海域群体间遗传分化具有极显着性差异（P<0.001）。UPGMA系统树显示,10个斑节对虾群体形成两大分支,一支由西太平洋群体和中国海域群体组成,另一支由西印度洋群体单独组成;中国海域群体中北海群体单独聚成一支。序列差异的分析结果表明,中国海域群体与西印度洋群体之间的亲缘关系最远,与西太平洋群体之间的亲缘关系较近;中国海域内部各群体之间,北海群体与海南、深圳、湛江群体之间的亲缘关系较远,形成一个独特的地理种群。
张鑫,葛家春[8]（2008）在《虾类种质资源研究进展》文中研究说明概述了虾类种质资源鉴定和遗传育种研究的进展情况,主要包括应用形态学、同工酶、DNA标记等技术在虾类基因组DNA多态性的检测、物种及品种的分类鉴定,亲缘关系及分子标记辅助育种中的研究和应用。形态学研究易于开展,广泛使用在研究和生产上;同工酶研究操作简便,能在一定程度上反映基因多态性;DNA标记可以准确反映不同种群的遗传变异和遗传多样性,目前被广泛使用。但形态学研究缺乏量化指标,同工酶技术反映的多态性较少,DNA标记不能直接和生产相结合,因此多种标记相结合在虾类种质资源研究中具有广阔的应用前景。
熊小飞[9]（2008）在《斑节对虾群体种群结构与家系鉴定》文中研究说明为了研究中国南海北部海域斑节对虾群体遗传结构和遗传多样性状况,采用聚合酶链式反应（PCR）技术对海南三亚、深圳、湛江、北海4个斑节对虾群体共95个个体的延伸因子1-alpha内含子序列进行了扩增。对扩增产物进行克隆转化,并将阳性克隆产物进行序列测定,最终获得了大小约216bp的可供分析的核苷酸序列。将获得的序列与从Genbank上下载的东南亚、非洲东部海域群体的序列进行比较分析,在总共207个个体中共产生了188个核苷酸位点的变异,其中有插入缺失位点67个,多态性位点数121个,共有89个单倍型,单倍型基因多样性指数（Hd）为0.975。数据分析结果表明:中国南海北部海域群体的基因多样性最低,东南亚海域群体基因多样性水平最高;通过对遗传分化指数FST的分析,发现东南亚群体和非洲东部海域群体之间以及两者与中国南海北部海域群体间遗传分化极显着（P＜0.001）。UPGMA系统树显示,10个斑节对虾群体分为两支,一支由东南亚群体和中国南海北部海域群体组成,另一支由非洲东部海域群体单独组成;中国南海北部海域群体中北海群体单独聚成一支。从序列差异的分析中得出,中国南海北部海域群体与非洲东部海域群体之间的亲缘关系较远,与东南亚群体之间的亲缘关系较近;中国南海北部海域内部各群体之间,北海群体与海南、深圳、湛江群体之间的亲缘关系较远,形成一个独特的地理种群。在水产养殖中应用微卫星标记来确定亲缘关系已经得到认同和广泛使用。本研究通过控制交尾,利用微卫星标记确定斑节对虾后代的亲缘关系,对微卫星标记应用于斑节对虾的家系识别进行初步探讨。以7个谱系清晰的家系为基础,从一系列微卫星引物中筛选出可以用于斑节对虾家系鉴别的引物。结果表明,利用筛选得到的微卫星引物产生的DNA指纹图谱,能够有效地区分斑节对虾7个家系。通过计算各家系之间的遗传距离,构建UPGMA系统发育树,得到的结果与各家系来源情况一致,进一步证明了微卫星技术在进行家系间的遗传分析中的可行性,可以利用它们进行斑节对虾的亲缘关系鉴定。
曲妮妮[10]（2008）在《合浦珠母贝微卫星DNA标记分离与遗传多样性研究》文中研究说明合浦珠母贝广泛分布于中国、日本、印度、澳大利亚等国的热带和亚热带海区,是生产海水珍珠的主要贝类,具有极高的经济价值。本研究利用FIASCO法构建了合浦珠母贝的基因组微卫星富集文库,并设计引物进行PCR筛选,获得9个多态位点。利用这9个多态位点,对中国的野生和养殖合浦珠母贝群体以及中国、日本、澳大利亚的合浦珠母贝群体的遗传多样性和遗传分化进行了分析,目的是为合浦珠母贝的种质资源保护和遗传选育提供基础资料。1.用FIASCO法构建的合浦珠母贝基因组微卫星富集文库中共有近2000个单菌落,随机挑选1289个克隆用探针引物（CA）15和载体引物进行第2次筛选,获得阳性候选克隆357个。测序结果表明,297个克隆（83.2%）含有明显的微卫星重复单元,通过序列比对分析,最终获得了280个具有特异微卫星序列的阳性克隆,共含有479个微卫星结构域。获得的微卫星序列长度范围是119-787bp,平均为408bp。其中两碱基（CA/GT）n重复单元出现的次数最多,占所有分离的微卫星数目的76%,此外还发现（AG）n、（AT）n、（GC）n、（CAA）n、（AAG）n、（ATT）n、（CCT）n、（ATTT）n、（GTTT）n、（CAGA）n、（GAGT）n、（CCGT）n、（GGGT）n、（CAAAA）n等多种重复类型,共占分离微卫星数目的24.0%,平均每种占1.7%。在获得的479个微卫星位点中,完美型微卫星370个,占77.3%;非完美型95个,占19.8%;复合型14个,占2.9%。用引物设计软件Primer premier 3.0设计引物219对,合成49对,筛选出31对有效扩增的引物,种群扩增获得9个多态位点,多态位点比例为29.03%。2.对我国北海野生与养殖群体、大亚湾野生与养殖群体、三亚野生与养殖群体进行PCR扩增后发现:6个群体在9个多态位点共检测出44个等位基因,每个位点的等位基因数从2-9个不等。平均期望杂合度和平均观察杂合度分别介于0.590-0.649和0.393-0.516之间。平均多态信息含量P/C值在0.530-0.586之间。平均杂合子偏离度D值均为负,表明6个群体存在一定的杂合子缺失现象。Hardy-Weinberg平衡的卡方检测发现,在所检测的54个数据中（6个种群×9个位点）,有40个偏离遗传平衡状态。两两群体之间的遗传分化指数介于0.002-0.012之间,并且大部分差异显着。AMOVA分析表明,94.59%的遗传变异存在于群体内,群体间的遗传变异仅为总变异的5.41%。研究结果表明,6个群体的遗传多样性水平都比较高,适合进行遗传选育。3.中国、日本、澳大利亚合浦珠母贝群体遗传多样性的微卫星分析表明:北海群体、大亚湾群体、三亚群体、澳大利亚群体和日本群体的平均等位基因数分别是4.889、4.889、4.889、4.000和4.111;平均期望杂合度分别是0.592、0.605、0.649、0.575、0.564;平均观察杂合度分别是0.400、0.516、0.485、0.390、0.433。Shannon多样性指数分别是1.131、1.177、1.251、1.028、1.025;平均多态信息含量PIC值分别是0.530、0.545、0.586、0.498、0.483,表明日本和澳大利亚群体的遗传多样性低于中国群体。Hardy-Weinberg平衡的卡方检测发现,大多数位点偏离平衡状态（34个）。两两群体之间的FST值在0.010-0.075之间。除北海与大亚湾群体之间、北海与三亚群体之间差异不显着外,其余两两之间差异极显着。AMOVA分析表明,96.22%的遗传变异存在于群体内,群体问的遗传变异仅为总遗传变异的3.78%,但群体间遗传分化显着(FSC=0.038,P＜0.001)。将5个群体分成中国、日本、澳大利亚3组后发现,组问的遗传变异仅为总变异的3.04%,但组间差异并不显着(FCT=0.030,P=0.104)。两两群体间的遗传距离为0.062-0.269。UPGMA系统树显示,北海群体单独为一支,其他4个群体为一支。结果表明,5个群体之间的遗传分化水平较低,其遗传隔离与群体之间的地理间隔无关。
二、斑节对虾等位酶遗传分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、斑节对虾等位酶遗传分析（论文提纲范文）
（1）中国东南沿海长毛明对虾种群遗传结构的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要符号表 |
| 第1章 引言 |
| 1.1 长毛明对虾的生物学特征及其研究概况 |
| 1.1.1 长毛明对虾的生物学特征 |
| 1.1.2 长毛明对虾的研究概况 |
| 1.2 群体遗传学的研究方法在虾类中的应用 |
| 1.2.1 同工酶技术简介 |
| 1.2.2 RAPD技术简介 |
| 1.2.3 RFLP技术简介 |
| 1.2.4 AFLP技术简介 |
| 1.2.5 微卫星标记技术简介 |
| 1.2.6 线粒体DNA标记技术简介 |
| 1.3 研究目的、意义与内容 |
| 1.3.1 研究目的与意义 |
| 1.3.2 研究内容 |
| 1.3.3 样本采集 |
| 1.3.4 技术路线 |
| 第2章 长毛明对虾微卫星分子标记的筛选 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 主要仪器与试剂 |
| 2.1.3 实验方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 基因组DNA抽提结果 |
| 2.2.2 基因组DNA酶切结果 |
| 2.2.3 目的片段PCR扩增结果 |
| 2.2.4 阳性克隆检测结果 |
| 2.2.5 测序结果及引物设计 |
| 2.2.6 微卫星多态性检测结果 |
| 2.3 讨论 |
| 第3章 中国东南沿海长毛明对虾群体遗传结构的研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 主要仪器与试剂 |
| 3.1.3 实验方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 中国东南沿海长毛明对虾微卫星的扩增 |
| 3.2.2 中国东南沿海长毛明对虾群体的杂合性 |
| 3.2.3 中国东南沿海长毛明对虾群体的等位基因频率的分布 |
| 3.2.4 中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体的遗传多样性研究 |
| 3.2.5 中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体的遗传分化研究 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 中国东南沿海12个长毛明对虾群体的杂合性分析 |
| 3.3.2 中国东南沿海12个长毛明对虾群体的遗传多样性分析 |
| 3.3.3 中国东南沿海12个长毛明对虾群体的遗传分化分析 |
| 第4章 长毛明对虾群体线粒体 16S RRNA和D-LOOP基因序列的比较研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 主要仪器与试剂 |
| 4.1.3 实验方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 线粒体 16S RRNA基因片段分析结果 |
| 4.2.2 线粒体D-LOOP基因片段分析结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 长毛明对虾线粒体 16S RRNA的基因分析 |
| 4.3.2 长毛明对虾线粒体D-LOOP基因分析 |
| 第5章 结论与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 在学期间发表的论文 |
（2）对虾类遗传标记研究进展（论文提纲范文）
| 1 同工酶分析技术 |
| 2 染色体分析技术 |
| 3 以核苷酸序列多态性为基础的分子标记技术 |
| 3.1 随机扩增多态性DNA (random amplifiedpolymorphic DNA, RAPD) |
| 3.2 微卫星DNA (microsatelliteDNA) |
| 3.3 扩增片断长度多态性 (amplifiedfragmentlengthpolymor-phism, AFLP) |
（3）中国主要出口虾类的分子鉴定标记研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一部分 文献综述 |
| 第一章 概论 |
| 1.1 中国主要虾类的生物学分类、特征、习性与分布 |
| 1.2 全球虾类捕捞与养殖概况 |
| 1.3 虾产品国际贸易状况 |
| 第二章 DNA分子标记技术在虾类研究中的应用 |
| 2.1 分子标记的种类及特点 |
| 2.2 常用DNA分子标记技术 |
| 2.2.1 限制性片段长度多态性 |
| 2.2.2 随机扩增多态性 |
| 2.2.3 简单重复序列多态性 |
| 2.2.4 简单序列重复间区DNA标记 |
| 2.2.5 扩增片段长度多态性 |
| 2.2.6 核糖体基因间隔序列 |
| 2.3 虾类分子鉴定技术的研究进展 |
| 2.4 虾类遗传种质资源的研究进展 |
| 2.5 课题的研究意义 |
| 2.5.1 进出口贸易的要求 |
| 2.5.2 种质资源保护的需求 |
| 2.6 研究技术路线及预期研究结果 |
| 2.6.1 核糖体基因间隔序列(ITS)研究方法 |
| 2.6.2 扩增片段长度多态性(AFLP)研究方法 |
| 2.6.3 预期研究结果 |
| 2.7. 本研究的意义与创新 |
| 第二部分 实验研究部分 |
| 第三章 中国主要出口虾类核糖体基因间隔序列(ITS)分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 虾样品收集 |
| 3.1.2 实验仪器与试剂 |
| 3.1.3 基因组DNA提取 |
| 3.1.4 PCR扩增 |
| 3.1.5 ITS1序列测定 |
| 3.1.6 ITS1序列的系统进化分析 |
| 3.1.7 ITS1的RFLP分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 虾DNA的提取 |
| 3.2.2 虾ITS区的PCR扩增及测序 |
| 3.2.3 同一虾个体内ITS1序列变异分析 |
| 3.2.4 同一虾品种的不同群体ITS遗传多样性分析 |
| 3.2.5 不同虾品种之间ITS1序列的变异 |
| 3.2.6 对虾科对虾属品种的遗传进化分析 |
| 3.2.7 部分虾品种的ITS1序列和RFLP分析 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 第四章 中国主要出口虾类扩增片段长度多态性(AFLP)分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验仪器与试剂 |
| 4.1.3 虾基因组DNA提取 |
| 4.1.4 模板DNA纯度及浓度检测 |
| 4.1.5 DNA双酶切、连接反应 |
| 4.1.6 预扩增反应(Preselective PCR) |
| 4.1.7 选择性扩增体系(SELECTIVE PCR) |
| 4.1.8 毛细管电泳检测体系 |
| 4.1.9 数据收集和分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 虾基因组DNA提取质量 |
| 4.2.2 酶切-连接结果 |
| 4.2.3 预扩增结果 |
| 4.2.4 选择性扩增结果 |
| 4.2.5 毛细管电泳检测结果 |
| 4.2.6 内标(MARKER)稳定性 |
| 4.2.7 引物的稳定性 |
| 4.2.8 AFLP标记对不同虾的种间鉴别效率 |
| 4.2.9 AFLP标记对同种虾内不同个体的鉴别效率 |
| 4.2.10 12对AFLP引物对不同虾的扩增产物的多态性分析 |
| 4.2.11 AFLP指纹图谱对不同虾的鉴别效率 |
| 4.2.12 12对引物对不同虾的扩增多态性比较 |
| 4.2.13 系统聚类分析 |
| 4.3 小结与讨论 |
| 第五章 我国沿海凡纳对虾养殖群体的AFLP遗传变异分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 样品来源 |
| 5.1.2 DNA提取 |
| 5.1.3 酶切-链接反应 |
| 5.1.4 预扩增反应 |
| 5.1.5 选择性扩增反应 |
| 5.1.6 毛细管电泳检测体系 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 我国养殖凡纳对虾的遗传多样性 |
| 5.2.2 不同凡纳对虾养殖群体之间遗传变异 |
| 5.2.3 凡纳对虾群体的聚类分析 |
| 5.2.4 凡纳对虾个体的聚类分析 |
| 5.3 小结与讨论 |
| 5.3.1 AFLP分析方法的关键之处 |
| 5.3.2 荧光标记引物AFLP分析方法的简捷性和高效性 |
| 5.3.3 我国养殖凡纳对虾的遗传多样性 |
| 5.3.4 我国养殖凡纳对虾的群体遗传分化 |
| 第六章 讨论 |
| 6.1 我国沿海养殖凡纳对虾的种质资源分析 |
| 6.2 基于AFLP标记和ITS序列的系统聚类分析比较 |
| 6.3 下一步的工作计划和展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 略语表 |
| 附件Ⅰ:本研究涉及各种虾类形态图谱 |
| 附件Ⅱ:作者简历 |
（4）微卫星分型技术用于凡纳滨对虾遗传多样性和亲缘关系分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 文献综述 |
| 1.1 凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei) |
| 1.1.1 凡纳滨对虾的分类地位、地理分布、生活习性及经济价值 |
| 1.1.2 凡纳滨对虾的养殖现状 |
| 1.1.3 凡纳滨对虾遗传多样性研究现状 |
| 1.2 DNA分子标记种类和特点 |
| 1.2.1 线粒体DNA多态性 |
| 1.2.2 限制性片段长度多态性 |
| 1.2.3 随机扩增多态性DNA |
| 1.2.4 扩增片段长度多态性 |
| 1.2.5 微卫星 |
| 1.2.6 单核苷酸多态性 |
| 1.2.7 小结 |
| 1.3 微卫星标记及其在对虾遗传育种中的应用 |
| 1.3.1 微卫星DNA的发现 |
| 1.3.2 微卫星DNA的来源 |
| 1.3.3 微卫星标记技术的原理和特点 |
| 1.3.4 微卫星标记在对虾遗传育种中的应用 |
| 1.3.5 微卫星用于水产动物的亲缘关系推断 |
| 第二部分 试验研究 |
| 第一章 凡纳滨对虾遗传多样性分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 实验材料的来源 |
| 1.1.2 主要试剂和耗材 |
| 1.1.3 主要仪器设备 |
| 1.1.4 主要试剂和溶液的配制 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 基因组DNA的提取 |
| 1.2.2 DNA纯度和浓度检测 |
| 1.2.3 引物的来源 |
| 1.2.4 PCR反应 |
| 1.2.5 8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 1.2.6 微卫星基因型的判定 |
| 1.2.7 数据的统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因组DNA的提取 |
| 2.2 微卫星DNA的扩增 |
| 2.3 基因型分型 |
| 2.4 亲权分析 |
| 2.5 6个家系的凡纳滨对虾遗传多样性分析 |
| 2.6 群体遗传分化 |
| 2.7 聚类分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 PCR扩增效率 |
| 3.2 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测效率 |
| 3.3 关于无效等位基因 |
| 3.4 亲权分析 |
| 3.5 遗传多样性变化 |
| 3.6 群体遗传分化和聚类分析 |
| 4 小结 |
| 第二章 凡纳滨对虾亲缘关系推断 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样品 |
| 1.2 DNA提取和微卫星分型 |
| 1.3 遗传多样性和亲权分析 |
| 1.4 亲缘关系估计和家系关系重建 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 亲权分析 |
| 2.2 亲缘关系推断 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 缩略语 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（5）我国东南沿海长毛明对虾群体遗传多样性与分化的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 长毛明对虾的生物学特征及其研究概况 |
| 1.1.1 长毛明对虾的生物学特征 |
| 1.1.2 长毛明对虾的研究概况 |
| 1.2 几种分子标记技术及其在虾蟹类研究中的应用 |
| 1.2.1 蛋白质分子标记技术 |
| 1.2.2 DNA 分子标记技术 |
| 1.3 本研究的技术路线与研究意义 |
| 1.3.1 技术路线 |
| 1.3.2 研究意义 |
| 第二章 长毛明对虾群体遗传多样性与分化的等位酶研究 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 样品的采集与处理 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 酶液的制备 |
| 2.2.2 电泳方法 |
| 2.2.3 数据处理 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 长毛明对虾群体等位酶的表达 |
| 2.3.2 长毛明对虾群体的等位基因频率及Hardy-Weinberg 平衡χ~2 检验 |
| 2.3.3 长毛明对虾群体的遗传多样性 |
| 2.3.4 长毛明对虾群体间的遗传分化 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 长毛明对虾群体的杂合性分析 |
| 2.4.2 长毛明对虾群体的遗传多样性 |
| 2.4.3 长毛明对虾群体间的遗传分化 |
| 第三章 长毛明对虾群体遗传多样性与分化的AFLP 研究 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 样品的采集与处理 |
| 3.1.2 主要试剂 |
| 3.1.3 主要仪器 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 模板的制备 |
| 3.2.2 扩增 |
| 3.2.3 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 3.2.4 银染 |
| 3.2.5 数据处理 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 长毛明对虾群体AFLP 扩增结果 |
| 3.3.2 长毛明对虾群体的遗传多样性 |
| 3.3.3 长毛明对虾群体间的遗传分化 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 长毛明对虾群体的遗传多样性分析 |
| 3.4.2 长毛明对虾群体间的遗传分化 |
| 第四章 长毛明对虾微卫星分子标记的筛选及其特性分析 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 样品的采集与处理 |
| 4.1.2 主要试剂 |
| 4.1.3 主要仪器 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 DNA 的提取 |
| 4.2.2 酶切与连接 |
| 4.2.3 生物素修饰探针杂交与磁珠的平衡 |
| 4.2.4 微卫星序列的捕获和富集 |
| 4.2.5 PCR 扩增富含微卫星序列的DNA 片段 |
| 4.2.6 连接T-载体与转化 |
| 4.2.7 阳性克隆筛选和引物设计 |
| 4.2.8 数据统计 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 讨论 |
| 结论与展望 |
| 1.1 结论 |
| 1.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 在校期间发表的学术论文 |
（6）重要经济海洋生物西施舌群体遗传学的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 西施舌生物学特征 |
| 1.2 西施舌地理分布及资源状况 |
| 1.3 西施舌研究概况 |
| 1.3.1 西施舌繁殖生物学与人工育苗研究进展 |
| 1.3.2 西施舌遗传学研究进展 |
| 1.4 等位酶、AFLP 和微卫星标记技术在海洋贝类群体遗传学研究中的应用 |
| 1.4.1 等位酶技术及其在海洋贝类群体遗传学研究中的应用 |
| 1.4.2 AFLP 技术及其在海洋贝类群体遗传学研究中的应用 |
| 1.4.3 微卫星标记技术及其在海洋贝类群体遗传学研究中的应用 |
| 第二章 西施舌群体遗传学研究目的、意义与方案 |
| 2.1 本研究的目的与意义 |
| 2.2 研究方案 |
| 2.2.1 样品采集 |
| 2.2.2 研究内容 |
| 2.2.3 技术路线 |
| 第三章 西施舌群体的等位酶分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 样品制备 |
| 3.1.3 电泳、染色及酶谱判译 |
| 3.1.4 数据处理 |
| 3.1.5 主要仪器及试剂 |
| 3.2 结果记录与分析 |
| 3.2.1 组织与酶系统筛选 |
| 3.2.2 西施舌等位酶的表达 |
| 3.2.3 西施舌的等位基因频率及杂合性 |
| 3.2.4 西施舌群体遗传多样性与遗传分化 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 西施舌杂合性分析 |
| 3.3.2 西施舌群体遗传多样性与遗传分化分析 |
| 第四章 西施舌群体的AFLP 分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.1.3 数据处理 |
| 4.1.4 主要仪器及试剂 |
| 4.2 结果记录与分析 |
| 4.2.1 西施舌AFLP 扩增结果 |
| 4.2.2 西施舌群体遗传多样性 |
| 4.2.3 西施舌群体遗传分化 |
| 4.2.4 地理距离与遗传距离、遗传分化系数的相关性分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 西施舌群体遗传多样性分析 |
| 4.3.2 西施舌养殖群体与野生群体的比较 |
| 4.3.3 西施舌群体遗传分化分析 |
| 第五章 西施舌微卫星标记的筛选 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.1.3 主要仪器与试剂 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 基因组DNA 的提取及酶切结果 |
| 5.2.2 磁珠富集的目的片段PCR 扩增检测结果 |
| 5.2.3 阳性克隆检测及微卫星标记的鉴定 |
| 5.3 讨论 |
| 第六章 结论与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在学期间发表的学术论文目录 |
（7）中国南海海域斑节对虾群体与西印度洋、西太平洋群体种群遗传结构的比较分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 基因组DNA的提取 |
| 1.3 PCR扩增 |
| 1.4 克隆转化 |
| 1.5 数据处理 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 中国海域群体的序列多样性 |
| 2.2 中国海域、西太平洋、西印度洋群体内的遗传多样性分析 |
| 2.3 遗传分化指数 (FST) 、遗传距离和聚类分析 |
| 2.4 群体间的亲缘关系及聚类分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 种群结构 |
| 3.2 基因多样性 |
（9）斑节对虾群体种群结构与家系鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.遗传多样性及其研究意义 |
| 1.1 遗传多样性的定义 |
| 1.2 遗传多样性的研究意义 |
| 2.遗传多样性的研究方法 |
| 2.1 形态学标记 |
| 2.2 染色体标记 |
| 2.3 等位酶标记 |
| 2.4 DNA标记 |
| 2.5 分子标记技术在水产中的应用 |
| 3 研究目的与意义 |
| 3.1 斑节对虾在分子标记方面的研究进展 |
| 3.2 研究目的和意义 |
| 第二章 南海北部海域斑节对虾群体种群内遗传结构及其与东南亚、非洲东部海域群体种群遗传结构的比较分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 实验仪器和试剂 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.4 数据处理 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 南海北部海域群体的序列多样性 |
| 2.2 南海北部、东南亚、非洲东部海域群体内的遗传多样性分析 |
| 2.3 遗传分化指数(F_(ST))与遗传距离 |
| 2.4 群体间的亲缘关系及聚类分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 种群结构 |
| 3.2 基因多样性 |
| 第三章 斑节对虾人工选育群体不同家系微卫星分析 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验仪器和试剂 |
| 1.3 研究方法 |
| 同第2章1.3.1 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 PCR扩增结果 |
| 2.2 遗传多样性分析 |
| 2.3 家系鉴别 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 附录(硕士期间发表的文章和参加的会议) |
| 致谢 |
（10）合浦珠母贝微卫星DNA标记分离与遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第1章 文献综述 |
| 1 合浦珠母贝简介及其研究现状 |
| 1.1 合浦珠母贝简介 |
| 1.2 合浦珠母贝研究现状 |
| 1.2.1 国内研究现状 |
| 1.2.2 国外研究现状 |
| 2 微卫星分子标记的分离方法 |
| 2.1 小片段 DNA克隆法 |
| 2.2 富集文库法 |
| 2.2.1 引物延伸富集法 |
| 2.2.2 杂交选择富集法 |
| 2.2.3 FIASCO法(Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing Repeats) |
| 2.3 基于RAPD-PCR的微卫星分离技术(PIMA，PCR isolation of microsatellite approach) |
| 2.4 ISSR片段扩增法 |
| 3 遗传多样性及其检测方法 |
| 3.1 遗传多样性的定义 |
| 3.2 遗传多样性的检测方法 |
| 3.2.1 形态学水平 |
| 3.2.2 细胞学(染色体)水平 |
| 3.2.3 蛋白质(等位酶)水平 |
| 3.2.4 DNA水平 |
| 4 微卫星分子标记技术 |
| 4.1 微卫星及其产生机理 |
| 4.2 微卫星DNA作为分子遗传标记的优点与缺陷 |
| 4.2.1 优点 |
| 4.2.2 缺陷 |
| 4.3 微卫星分子标记技术在贝类遗传育种中的应用 |
| 4.3.1 种群遗传结构分析 |
| 4.3.2 种群的遗传多样性检测 |
| 4.3.3 亲缘关系鉴定 |
| 4.3.4 遗传图谱构建 |
| 5 研究目的与意义 |
| 第2章 合浦珠母贝微卫星标记的分离 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料来源 |
| 1.2 实验仪器与试剂 |
| 1.2.1 实验仪器 |
| 1.2.2 实验试剂 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 基因组DNA提取 |
| 1.3.2 基因组DNA酶切 |
| 1.3.3 酶切片段与接头连接 |
| 1.3.4 连接混合液的预扩增 |
| 1.3.5 预扩增产物和探针的杂交、磁珠洗脱 |
| 1.3.6 洗脱片段的扩增 |
| 1.3.7 富集片段的连接和转化 |
| 1.3.8 富集文库的第2次筛选与测序 |
| 1.3.9 序列特征分析与引物设计 |
| 1.3.10 微卫星多态引物的筛选 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 合浦珠母贝基因组微卫星文库的构建 |
| 2.1.1 基因组DNA的提取 |
| 2.1.2 基因组酶切 |
| 2.1.3 亲和捕捉 |
| 2.1.4 抽样鉴定 |
| 2.2 序列特征分析 |
| 2.3 引物设计与多态位点的筛选 |
| 3 讨论 |
| 第3章 野生和养殖群体的遗传多样性分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料来源 |
| 1.2 实验仪器与试剂 |
| 1.2.1 实验仪器 |
| 1.2.2 实验试剂 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 基因组DNA提取 |
| 1.3.2 6个群体PCR扩增与变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 1.3.3 数据统计与分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 群体内的遗传多样性 |
| 2.2 群体内和群体间的遗传变异 |
| 2.3 群体间的遗传分化和遗传距离 |
| 3 讨论 |
| 3.1 群体内的遗传多样性 |
| 3.2 遗传变异和遗传分化 |
| 第4章 合浦珠母贝不同地理群体的遗传多样性 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料来源 |
| 1.2 实验仪器与试剂 |
| 1.2.1 实验仪器 |
| 1.2.2 实验试剂 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 基因组DNA提取 |
| 1.3.2 PCR扩增 |
| 1.3.3 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 1.3.4 数据统计与分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 遗传多样性与遗传分化 |
| 2.2 群体内和群体间的遗传变异 |
| 2.3 遗传距离与聚类分析 |
| 3 讨论 |
| 第5章 小结与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录一 219对微卫星引物 |
| 附录二 硕士期间发表的文章和参加的会议 |
四、斑节对虾等位酶遗传分析（论文参考文献）
- [1]中国东南沿海长毛明对虾种群遗传结构的研究[D]. 曹媛钰. 集美大学, 2013(08)
- [2]对虾类遗传标记研究进展[J]. 唐黎,陈玉珍,王吉桥,姚俊杰,安苗. 江苏农业科学, 2010(05)
- [3]中国主要出口虾类的分子鉴定标记研究[D]. 吴志刚. 浙江工商大学, 2010(10)
- [4]微卫星分型技术用于凡纳滨对虾遗传多样性和亲缘关系分析[D]. 王霞. 西北农林科技大学, 2009(S1)
- [5]我国东南沿海长毛明对虾群体遗传多样性与分化的研究[D]. 张桂玲. 集美大学, 2009(02)
- [6]重要经济海洋生物西施舌群体遗传学的研究[D]. 王展林. 集美大学, 2009(03)
- [7]中国南海海域斑节对虾群体与西印度洋、西太平洋群体种群遗传结构的比较分析[J]. 熊小飞,江世贵,夏军红,苏天凤,龚世园. 水产学报, 2008(06)
- [8]虾类种质资源研究进展[J]. 张鑫,葛家春. 水产养殖, 2008(05)
- [9]斑节对虾群体种群结构与家系鉴定[D]. 熊小飞. 华中农业大学, 2008(02)
- [10]合浦珠母贝微卫星DNA标记分离与遗传多样性研究[D]. 曲妮妮. 华中农业大学, 2008(02)