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在日本，高等院校的科研活动属于学术研究范畴。所谓学术研究即“在人文、社会及自然科学诸领域进行的旨在探究真理的普遍的理智创造活动”。1992年7月，日本学术审议会提出了《关于展望21世纪学术研究综合推进方案》的报告。根据这份报告，文部省提出了将日本学术研究的基础提高到国际水平的奋斗目标，并积极采取措施谋求高校科研的振兴。
一、改善物质条件
1、扩充研究经费：根据总务厅《科学技术研究调查报告》， 1992年度日本高校、研究机构和企业使用的研究经费总额为13.91万亿日元；其中高校使用的研究经费为2.58万亿日元，占总数的18.5%。从国际比较来看，日本高校的研究经费额仅次于美国，居世界第二位。根据科学技术厅的调查，1994年度日本高校自然科学研究方面的预算总额为2.36万亿日元，比93年度增加4.1%；其中文部省系统的预算为1.10万亿日元，占总数的46.7%，比上一年度增加5.2%。
科学研究费补助金是日本振兴学术研究的基本经费。此项补助金为谋求人文、社会及自然科学诸领域卓越的学术研究取得突破性进展的研究助成费，其目的是培养优秀的研究人员、开拓新的研究领域，以期尽可能多地产生具有创造性的新见解。它适应研究人员的多种需要及其研究的目的和特点，分为若干申请项目；经学术审议会审核批准后拨发。1994年度引项补助金预算额为824亿日元，比93年度增加12.0%；申请课题约8万个，比上一年度增加约4000个；批准立项课题约29000个，比93年度约增3000个。1995年度又增至924亿日元，主要用于推动重点的尖端研究，加强学术研究基础，构建卓越的研究中心，奖励青年研究人员的出色研究等等。
2、充实研究设备：学术研究的进展越来越需要高性能研究设备；而研究设备的性能和精度对于研究成果的影响也越来越大。再有，随着研究规模的大型化和跨学科领域的发展，研究设备日趋高额化、高层次化和多样化。另一方面，日本高校的研究基础条件却显得水平低下；尤其是研究设备普遍老化、落伍。为解决这一矛盾，1994年度日本加大了“研究基础重点设备费”和“先导性研究设备费”的投资力度。前者用在优化国立高校的研究环境并提高其层次；后者用于开拓、发展新学科领域的研究。
二、培养后备力量
优秀的研究人员是发展学术的实际承担者；而培养一大批优秀的青年研究人员则是保障学术研究“香火不断”的关键所在。对此日本有清醒的认识。为了培养造就肩负起日本学术研究未来的富于创造性的青年研究人员，文部省确立了“特别研究员制度”，并将其作为日本学术振兴会的事业付诸实施。该项制度以研究生院博士课程在读者和完成修业者为对象，支付一定时期的研究奖励金和研究费，并提供其选择课题、潜心研究的场所和机会。该制度创立以来，录用者数大幅度增加，申请资格不断扩大，待遇也不断得到改善。1994年度总人数达2100人。95年度计划再增加380人；同时改善研究奖励金状况，以进一步加强优秀青年研究人员的培养。
为了加强青年研究人员的国际交流，日本还实施有“海外特别研究员制度”和“外籍特别研究员制度”。前者将日本的优秀青年研究人员派遣到外国的大学等学术研究机构；后者接纳来自外国的青年研究人员到日本。两者均以人才培养为主要目的。
三、健全研究体制
日本学术研究的中心为大学的学部、研究生院、大学共同利用机构、大学附设研究所、学部附属研究机构以及文部省所辖研究所、学术研究法人的研究所等。近年来，随着学术研究的发展，特别是研究手段的高层次化和研究项目的大规模化，研究的有效性越来越有赖于许多研究领域的研究人员的协同与合作。为此，文部省根据学术审议会的报告精神，结构学术研究动向和社会需要，通过设置全国共同利用机构等手段巩固、完善合作研究体制；并通过改组原有附设研究所、采用大部门制等方式，进行研究体制的调整并使之富于弹性与活力。如1995年度计划将北海道大学低温科学研究所改建成全国共同利用的研究所。
为了面向21世纪开创学术研究的新局面，日本除了从整体上巩固、加强学术研究基础之外，还对某些研究组织进行重点建设，将建成出类拔萃、卓有成效的研究基地（COE），以推进富于创造性的、世界最尖端的学术研究。为此，95年度新设拨款91.85亿日元作为COE建立的援助经费，内含研究费、设施设备费、特别研究员及外籍特别研究员经费等，以此对那些致力于将自身发展成为COE的研究机构和研究组织给以积极的支持。
四、保障信息资料
学术研究的发展日新月异，成果层出不穷，学术信息激剧增多，其形式也呈多样化，如文字、数字、音声、图像等。对于高校科研说来，通过完善的学术信息流通体制迅捷、准确地提供或获取学术信息，在国内外普及推广学术成果，乃是当务之急。为此，文部省以学术信息中心为中枢，联接全国国立、公立及私立高校，组织学术信息网，即完善全国综合学术信息系统。具体作法有：①通过学术信息网络的高速化促进学术信息流通；②充实加强校园信息网；③通过高校图书馆职能的强化和高层次化加强信息服务；④推进数据库的扩充与装备；⑤积极推广普及研究成果；⑥制定、普及学术用语，以使多种难解的学术用语得到整理统一，变得平易简明，从而推动学术的普及与进步。
1995年度，为了适应学术信息设施建设的发展，并谋求学术信息海外发送机能的强化，日本拨款314.53亿日元，用以实施下列措施：①扩充学术信息网的高层次化、高速化并与国际相连；②促进数据库的建立；③大学图书馆职能的强化和高层次化；④新设、完备大型计算机中心、综合信息处理中心。
另一方面，在研究过程中收集到的动物、植物和化石等学术标本对教学、科研具有重要意义。因此各高校均注重这类学术资料的收集与保存；同时加强博物馆、资料室的建设，以便资料的保管和利用。医学、药学、生物学等方面的研究必须进行高精度的动物实验，为此各高校积极进行实验动物的研究开发；同时还考虑到动物的福利，实行适应或适度的动物实验。文部省制定有动物实验方针等，对高校有明确要求。
五、实施重点推进
日本高校科研的绝大部分人力、财力都投在自然科学方面；而自然科学的研究又以基础研究为主。有的研究领域乃为社会急需；有的必须具备大型仪器设备和巨额经费；有的则非谋求有组织的国际合作不可。对此，文部省结合世界研究动态和日本研究现状，从中长期观点考虑，有计划地采取综合措施，有重点地给以积极推进。重点推进的基础研究领域有：①揭示宇宙之谜的天文研究；②穷极物质之原的加速器科学；③探求21世纪能源的核聚变研究；④宇宙科学；⑤了解掌握世界各地情况的地域研究；⑥解释生命现象的生命科学，包括生物遗传基因研究、DNA转换实验、癌症研究、艾滋病研究等；⑦地震、火山喷发预测研究；⑧地球环境科学等等。各领域的研究均以相应的大学共同利用机构和大学为中心展开，如：天文学研究中心为国立天文台，东京大学宇宙射线研究所也从事有关研究；加速器科学研究中心为高能物理学研究所，各大学的研究成果也为其所用；核聚变研究中心为核聚变科学研究所，筑波大学、大阪大学、九州大学也以各种方式从事该领域的先导性、基础性研究；生命科学的研究则以大学为中心进行。
此外，为了与最新学术动向相适应，文部省根据学术审议会的建议，在应予推进的研究领域方面增加了弹性和机动性，有重点地投入人力和财力，促进小组研究，加强合作研究体制，通过这种“新规划方式”推动学术研究的整体进展。94年度计划中有13个课题拟以这种方式进行研究。
六、促进社会联合
大学满足产业界等各方面的需要，作为大学对社会的贡献，这当然是重要的。但从学校方面说来，积极开展与社会的交流，也会在学术上受到社会的刺激和策动，其意义也是不容忽视的。依照这种观点，日本各大学发挥各自的特色和优势，运用各种制度积极谋求与社会的在研究方面的合作与联合。对此，文部省给以大力鼓励和支持。
大学在研究上谋求社会联合的主要制度有：①合作研究制度，即国立大学接受来自民间企业、地方公共团体的研究人员和研究经费，双方研究人员就共同的课题进行合作研究。93年度合作研究达1329件，参与大学90所，内容涉及以材料开发、机器开发为首的广泛领域。②委托研究制度，即国立大学的研究人员接受民间企业及其他省厅机关的委托从事某项研究，并将其作为公务，所需经费均由委托者负担。93年度委托为2432项，金额为69.1万亿日元。③委托研究员制度，即国立大学及大学共同利用机构对民间派来的现职技术人员、研究人员进行研究生院水平的研究指导，以提高其资质，增强其能力。93年度委托研究员达1034人。④奖学捐赠金制度。所谓奖学捐赠金即国立大学接受来自民间企业及个人的赠款，其目的在于学术研究和筹措学费，它在振兴学术方面发挥着重要作用。93年度日本高校接受的赠款总额为500亿日元。依靠此类奖学捐赠金，国立大学及大学利用机构设立了“捐赠讲座及捐赠研究部门”，以丰富、活跃教学和科研。至94年8月止，捐赠讲座部门达48个，捐赠研究部门达11个。
为了积极推进大学与社会的合作与联合，文部省在国立大学设置“合作研究中心”，至94年止，有38所高校设立了这类中心。合作研究中心除进行合作研究和委托研究外，还对民间技术人员实施研修，对民间研究开发等事宜进行技术咨询，从而为搞活地方产业尽一己之力。95年度，文部省在金泽大学、大阪大学、广岛大学、高知大学和琉球大学新置了“合作研究中心”，以便为产学合作等社会联合提供更多的场所和设施。此外，在科学研究费补助金的研究项目中有一项“试验研究”，其目的即在于鼓励民间研究人员参与具有实用价值的试验性、应用性研究。在94年度新采用的689个课题中有民间研究人员参与的就达400个。
八、加强国际交流
日本在谋求自身的发展过程中，不仅注重壮大自己的实力，而且非常关注自己的国际地位，因此其国际交流意识十分强烈。这种意识表现在各个方面；学术研究自然也不例外。1994年7月21日学术审议会提出的《关于推进国际学术交流的建议》中明确了三点基本构想；①加强具有国际高水准的研究基础；②充实完善外籍研究人员接纳体制；③推进发送型的国际学术交流。
日本学术振兴会是日本国际学术交流的核心实施机构。在日本学术国际交流与合作方面，它成绩卓著。94年6月“国际文化交流恳谈会”提交的报告中对该会给以高度评价；并提出到21世纪初其事业规模要成倍扩大，其实施体制也要扩充、强化。文部省于94年也努力充实该会事业，以进一步增加“外籍特别研究员制度”和“海外特别研究员制度”的录用者人数。
日本学术的国际交流主要包括国际合作研究和研究人员交流两大方面。在国际合作研究方面，日本政府包括文部省积极参与两国间的国际合作研究和通过国际组织及学术团体组织的多国合作研究。如联合国教科文组织的海洋观测国际合作研究计划，国际学术联合会提倡的地球圈、生物圈国际合作研究计划，日本表现得都很积极。另外，科学研究费补助金中的“国际学术研究”项目对广泛领域的国际合作研究、学术调查给以支援，94年度达928件，比93年度多119件。
研究人员的交流，特别是青年研究人员的交流，对于独创性的养成意义甚大；通过交流，研究人员之间建立亲密关系，有利于将来从事合作研究；另外，国际学术会议不仅能够在学问上起到切磋琢磨的作用，而且也是把日本学术信息传向海外的宝贵机会。基于这种认识，文部省除通过日本学术振兴会促进研究人员交流之外，还通过“在外研究员派遣制度”和“外籍研究员招聘制度”等方式大力推动各种人员交流，对被派往海外参加国际学术会议的研究人员以及国立大学举办的国际学术活动，文部省则给以相当的资助。文部省编《我国的文教措施》（94年版）表明，92年度通过文部省系统被派往海外的研究人员约8500人，比上一年度约增800人；日本的大学招聘的外籍研究人员约4700人，比上年度约增500人。