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《种子法》的配套法规《农作物种子生产经营许可证管理办法》对种子经营许可证的发放作出了明确的规定。
种子经营许可证采取分级审批发放制度。杂交种子及农作物常规原种经营许可证由省级农业行政主管部门审批发放（具体由江苏省种子站办理）。常规种子经营许可证由市、县农业行政主管部门发放。
需办理种子经营许可证的单位和个人，可就近到当地的农业行政主管部门咨询并填写申请表，依据经营范围提供注册资本、加工、检验、仓储的设施以及检验加工技术人员等相关材料，其他详细的要求依据《农作物种子生产经营许可证管理办法》。
依据苏价费（１９９５）第９６号、苏财综（９５）第７１号文规定，办理种子经营许可证需收取办证工本费８０元／证。不具备领取种子经营许可证资格的经营户，如果经营不再分装的包装种子的，可以不办理种子经营许可证，但是必须是经过具备种子经营资格（领取了种子经营许可证）的单位授权。
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