姚成[1]2002年在《肺炎链球菌耐药性、分子流行病学和耐药机制》文中进行了进一步梳理目的 肺炎链球菌是引起社区获得性感染，诸如肺炎、脑膜炎、中耳炎、鼻窦炎、败血症等的主要病原菌。近30年来，肺炎链球菌对青霉素、其他β-内酰胺类和非β-内酰胺类抗生素的耐药率快速增加。此研究调查重庆地区肺炎链球菌在社区获得性感染患者中的分离率及对抗生素的敏感性。方法 自2000年9月到2001年3月在重庆医科大学附属第一医院采集社区获得性感染患者的痰、鼻咽拭子，培养、分离和鉴定肺炎链球菌。根据NCCLS推荐的琼脂二倍稀释法测定肺炎链球菌对11种抗生素的耐药性。结果 680份临床标本中，分离出39株肺炎链球菌，阳性率为5.7%。34株(有5株在保存过程中死亡)肺炎链球菌中有2株对青霉素低度耐药(MIC为0.125mg/L)，1株青霉素敏感株对左氧氟沙星耐药(MIC为8mg/L)。肺炎链球菌对大环内酯类抗生素和克林霉素表现出较高的耐药率，且均为高度耐药(MIC≥64mg/L)，对所测其他β-内酰胺类和万古霉素均呈敏感。<WP=6>结论 重庆地区分离的临床肺炎链球菌对青霉素耐药率较低，但对大环内酯类抗生素和克林霉素耐药却非常普遍，应加强肺炎链球菌对抗生素耐药性的监测。
张树敬[2]2012年在《青霉素耐药肺炎链球菌的分子流行病学与适应性研究》文中指出背景肺炎链球菌是肺炎、中耳炎、脑膜炎、血流感染的常见病原菌,据估算全球每年肺炎链球菌感染约1450万例次,其中中国约170万例次。肺炎链球菌的耐药性不断升高,而且青霉素药敏MIC值在不断升高,上海市肺炎链球菌对青霉素MIC最高值在1996-1999年1μg/ml,2004-2005年4μg/ml,2008-2009年>8μg/ml,国际耐药克隆的传播对肺炎链球菌耐药性上升有着重要影响。目的通过对2011年分离的青霉素耐药肺炎链球菌(PRSP)的血清型分型和多位点序列分型(MLST),分析肺炎链球菌耐药克隆传播趋势：通过比较国际流行克隆和上海本土耐药克隆在有无抗生素选择压力下适应性差别,分析其流行的原因并推测今后可能的优势克隆。方法(一)PRSP的分子流行病学：26株青霉素耐药肺炎链球菌来自2011年SOAR肺炎链球菌耐药监测项目(上海市儿童医院22株,浙江大学附属第一医院2株,北京协和医院1株,江西省人民医院1株),均来自痰标本,符合2011年非脑膜炎分离株口服青霉素耐药标准(敏感≤0.06μ g/ml中介0.12-1μ g/ml耐药≥2μg/ml)。观察菌落形态特点及胆汁溶解试验法完成菌株再鉴定,微量稀释法复测青霉素药敏及阿莫西林药敏,用聚合酶链反应(PCR)方法进行血清型鉴定；利用PCR方法扩增肺炎链球菌的7对管家基因,将管家基因PCR产物双向测序,DNAstar软件对测序结果进行拼接后通过MLST网站在线比对,获得等位基因编号和序列型别(STs),eBURST软件分析获得克隆复合体分类及菌株间的亲缘关系。(二)肺炎链球菌耐药克隆的适应性评价：从26株PRSP(中选取的Spain23F-13株、Taiwan19F-141株、上海本土耐药株4株。阿莫西林或阿莫西林/克拉维酸是临床治疗肺炎链球菌感染常用药物,尤其是儿科在治疗呼吸道感染的常用口服药物,所以本部分研究选取阿莫西林作为评价药物选择压力用药。采用菌落计数法制作杀菌曲线(包括空白对照及1/2MIC、1MIC、2MIC、4MIC、8MIC固定药物浓度)。根据空白对照(无选择压力)及1/2MIC药物浓度(亚抑菌浓度)拟合生长曲线并计算生长动力学参数—世代时间,来评价无选择压力下及亚抑菌浓度下肺炎链球菌的适应性差异；比较抑菌药物浓度下(1-8倍MIC)达到99.9%的杀菌率的时间和抗生素浓度,评价在阿莫西林选择压力下的适应性差异。(叁)体外药动学药效学(PK/PD)模拟方法评价肺炎链球菌耐药克隆适应性探索：选取Taiwan19F-14克隆ST320及ST271各1株,上海本土耐药克隆1株。进行阿莫西林肉汤溶液药物浓度检测的HPLC-MS-MS方法学建立并验证,以评价药动学模拟效果。通过PK/PD模拟绘制动态杀菌曲线,比较Ke、AAC等指标,分析在药物选择压力下肺炎链球菌的适应性差异；比较ABBC0-24h与AAC0-24h的差值评价肺炎链球菌在无抗生素选择压力下的适应性差异。结果(一)PRSP分子流行病学：26株PRSP血清型主要为19F(26.9%)、19A(23.1%)、14(15.4%)、23F(11.5%),其他6株细菌为PCR方法不能鉴定的少见血清型,因此46.2%(12/26)的PRSP菌株血清型不被PCV7疫苗覆盖。26株PRSP分属以下10个MLST序列型：ST271、ST320、ST876、ST7964、ST81、ST2971、ST243、ST7963、ST7962、和ST1464,其中ST7962、ST7963和ST7964为新发现的序列型。26株PRSP中18株分属Taiwan19F-14/CC320、Taiwan23F-15/CC242、 Spain23F-1/CC81和Netherlands15B-37/CC199等4个国际耐药克隆。此外发现一个上海本土耐药克隆(2株ST2971,4株ST7964)。(二)肺炎链球菌耐药克隆的适应性评价：在无抗生素选择压力下的世代时间平均值spain23F-1克隆(0.1096h)<Taiwan19F-14克隆(0.1225h)<上海本土耐药克隆(0.1599h)。在1/2MIC阿莫西林药物浓度下的世代时间,spain23F-1克隆平均值(0.1522h)<Taiwan19F-14克隆(0.1733h)<上海本土耐药克隆平均值(0.2198h)。在抗生素选择压力下,上海本土耐药株均在4h或6h达到99.9%杀菌率,而国际流行耐药克隆菌株在2h或4h达到99.9%杀菌率。(叁)体外药动学药效学(PK/PD)模型方法评价肺炎链球菌耐药克隆适应性探索：以细菌清除速率常Ke为比较指标时,500mg po q8h给药方案的细菌清除速率常数结果显示ST2971菌株未被抑制,而ST320的Ke(0.0677/h)<ST271(0.117/h)；1000mg q8h给药方案下ST2971(0.0418/h)<ST320(0.0872/h)<ST271(0.0890/h)。以AAC0-24h为比较指标,AAC0-24h值在两种给药方式下3株菌该指标比较结果均是：ST271>ST320>ST2971。以ABBC0-24h与AAC0-24h的差值比较不加药情况下菌株的生长能力,ST320>ST2971>ST271。结论1.克隆传播在肺炎链球菌耐药性上升中起重要作用,在传播的过程中耐药克隆在不断重组演变。19A血清型呈现增多趋势,青霉素耐药肺炎链球菌中19A血清型比例较高,今后我国采用的肺炎链球菌疫苗应考虑覆盖19A血清型。2.spain23F-1克隆、Taiwan19F-14克隆和上海本土耐药克隆菌株在无抗生素选择压力下和阿莫西林亚抑菌浓度(1/2MIC)药物选择压力下适应性均依次降低。在2MIC浓度的阿莫西林选择压力下,上海本土耐药克隆适应性优于spain23F-1克隆、Taiwan19F-14克隆,提示上海本土耐药克隆的流行是在抗菌药物选择压力下获得了生长优势。3.本研究建立了体外PK/PD模型,分别模拟阿莫西林口服500mg q8h和1000mgq8h给药时中国人群血药浓度变化,比较2种给药方案选择压力下Taiwan19F-14克隆(ST320、ST271)菌株和上海本土耐药克隆(ST2971)菌株的适应性。以细菌清除速率和AAC0-24h值2个指标评价,在阿莫西林2种口服给药方案选择压力下,上海本土耐药克隆株的适应性好于Taiwan1gF-14克隆,在Taiwan19F-14克隆中ST320适应性好于其单突变体ST271。在阿莫西林口服500mg q8h给药时2个克隆3株细菌的T>MIC均小于30%；阿莫西林口服1000mg q8h给药时Taiwan19F-14克隆2株细菌的T>MIC可接近40%,但上海本土耐药克隆(ST2971)菌株仍小于20%。为抑制Taiwan19F-14克隆传播,阿莫西林口服给药应采取1000mgq8h给药的大剂量给药方案。4.上海本土耐药克隆均分离自儿童,对青霉素耐药程度高(MIC值4～12μg／m1),阿莫西林口服500mg q8h和1000mg q8h2种给药方案选择压力下适应性优于国际流行克隆spain23F-1和Taiwan19F-14,血清型均属于少见型,暨有各类多糖和结合疫苗不能保护的血清型。因此在抗菌药物和多价疫苗双重选择压力下极可能获得传播优势,今后应对其密切监控。
魏丽, 胡必杰, 何礼贤, 李华茵, 陈雪华[3]2009年在《耐红霉素肺炎链球菌的分子生物学研究》文中进行了进一步梳理目的研究耐红霉素肺炎链球菌的分子生物学特点。方法社区获得性肺炎呼吸道标本分离的肺炎链球菌共45株,进行抗生素药物敏感性试验,对耐药菌株采用PCR方法检测红霉素的耐药基因ermA/ermB/mefA,同时采用脉冲场凝胶电泳技术和青霉素结合蛋白基因多态性追踪耐药菌株之间的同源性,以获得耐药菌株的分子流行病学特点。结果45株肺炎链球菌中对红霉素耐药24株,均为多耐药肺炎链球菌;青霉素耐药14株,其中11株(78.6%)同时耐红霉素。22株(92%)的红霉素耐药株为MLS表型,即同时耐克林霉素,2株为M型耐药。经PCR扩增,20株(83.3%)具有ermA/B基因,6株(25.0%)同时有erm和mef基因,2株(8.3%)只有mef基因,2株未能检测到erm或mef基因。脉冲场凝胶电泳和青霉素结合蛋白基因多态性检测未发现不同地区相同的耐药克隆株。结论erm基因编码的核糖体突变是肺炎链球菌耐红霉素的主要机制,本研究未发现不同地区相同的耐药克隆株。
陈蓉[4]2010年在《儿童呼吸道感染病原学及肺炎链球菌耐药的分子流行病学研究》文中指出[背景]急性呼吸道感染(Acute Respiratory Infection, ARI)是婴幼儿时期的常见病、多发病,同时也有着很高的病死率,给家庭和社会带来了严重的负担。因此了解ARI病原学的组成及危险因素,可以用以指导临床治疗,从而有效地降低急性呼吸道感染的发病率和病死率。肺炎链球菌作为急性呼吸道感染主要的条件致病菌,是引起全球所有年龄组高发病率和高死亡率的主要病原菌之一,尤其是3岁以下的婴幼儿。但是日益增多的多重耐药性给临床治疗和疾病预防带来了更大的挑战,因此了解肺炎链球菌感染的影响因素及其耐药性显得尤为重要。耐大环内酯类肺炎链球菌(Macrolide Resistant Streptococcus Pneumoniae, MRSP)已成为我国肺炎链球菌感染治疗中最为严重的问题,对MRSP耐药状况和耐药机制的准确掌握是有效治疗临床肺炎链球菌感染、控制耐药性播散的前提和基础。由于不同地区耐药状况和耐药机制有一定的差异,因此迫切需要对MRSP进行深入的分子流行病学的研究。[目的]了解住院患儿呼吸道感染的病原学及其影响因素,研究肺炎链球菌的耐药情况以及耐药性的传播模式,为有效降低呼吸道感染,尤其是耐药肺炎链球菌感染导致的发病和死亡提供科学依据。具体目的包括：1.利用以医院为基础的监测中收集的现场调查资料和痰标本,分析儿童呼吸道感染的病原学及其影响因素；2.分析肺炎链球菌感染的危险因素,对监测期间收集的肺炎链球菌菌株进行耐药分析,分析菌株的耐药情况和多重耐药模式；3.研究耐大环内酯类抗生素肺炎链球菌的耐药表型和耐药基因型,结合流行病学资料了解耐药菌株的传播方式,追踪耐药株的起源和进化路径。[方法]在苏州大学附属儿童医院进行为期一年的3岁以下儿童呼吸道感染的监测,共收集2006年3月-2007年3月确诊的3岁以下呼吸道感染病例453例,对每位研究对象进行相关流行病学问卷调查(患儿的基本情况、既往病史、社会人口学资料、抗生素使用史等)和采集痰标本进行细菌培养和病毒鉴定。比值比(Odds Ratio, OR)和95%可信区间(Confidence Interval, CI)的计算采用Logistic回归模型,用以分析不同病原感染的影响因素。利用Logistic回归模型分析肺炎链球菌感染的危险因素,同时对分离到的60株肺炎链球菌菌株进行耐药性分析,采用K-B纸片药敏试验检测对苯唑青霉素、红霉素、克林霉素、四环素、复方新诺明、氧氟沙星、氯霉素、万古霉素、利福平等9种抗生素的敏感性,采用E-test药敏试验检测对5种抗生素(青霉素G、红霉素、阿莫西林、头孢呋辛、头孢曲松)的敏感性,采用卡方检验对肺炎链球菌感染的可能的影响因素进行单因素分析。采用双纸片法检测分离到的耐大环内酯类肺炎链球菌(MRSP)菌株的耐药表型,利用PCR对其进行耐药基因ermB和mefE的检测,分析耐药表型与耐药基因型的关系,同时采取多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing, MLST)技术分析其耐药性的传播方式,了解耐药克隆的遗传背景,追踪耐药株的起源和进化路径。[结果]3岁以下急性呼吸道感染的住院患儿以肺炎感染为主,占71.7%,其次是上呼吸道感染(Acute Upper Respiratory Infection, AURI),为14.3%。肺炎和AURI多发生于1岁及以下的儿童；春季入院的患儿最多,而秋冬季相对较少。89.6%的患儿入院前一周内使用过抗生素,其中使用最多的两类抗生素依次为β-内酰胺类和大环内酯类,在应用过抗生素的患儿中其使用率分别为88.2%和20.4%。453例患儿中,细菌、病毒总阳性率为48.6%,其中单纯病毒感染32例(7.1%),单纯细菌感染161例(35.5%),细菌病毒合并感染27例(6.0%)。细菌感染以流感嗜血杆菌(17.0%)、肺炎链球菌(13.2%)为主,病毒以呼吸道合胞病毒(Respiratory Syncytial Virus, RSV)和腺病毒(Adenovirus, ADV)为主。不同疾病的病原谱也略有差异。AURI患儿以流感嗜血杆菌(16.9%)、卡他布兰汉菌(7.7%)、肺炎链球菌(6.2%)感染为主,合并感染较少,均为ADV合并细菌感染;肺炎患儿以流感嗜血杆菌(16.3%)、肺炎链球菌(14.5%)、RSV(7.2%)感染为主,合并感染以RSV和肺炎链球菌为主；其他下呼吸道感染患儿则以流感嗜血杆菌(20.6%)、肺炎链球菌(14.3%)、RSV(8.3%)感染为主,合并感染较少。此外本研究还发现白色念珠菌和肺炎克氏菌等其他病原菌。多因素分析显示,不同年龄、季节的患儿病毒阳性率不同,冬季入院的患儿病毒阳性率最高(春季／冬季：OR=0.417,95%CI:0.184-0.948;夏季／冬季：OR=0.135,95%CI:0.048-0.376;秋季／冬季：OR=0.126,95%CI:0.037-0.430).1岁以上儿童的病毒阳性率要高于l岁及以下的儿童(OR=2.094,95%CI：1.135-3.866)。不同的病毒的阳性率在季节和年龄分布上也有差异。RSV在冬季的阳性率最高(26.4%);ADV在春季的阳性率最高(6.1%),而且ADV的阳性率随着年龄的增加而增高。Inf-A在1-2岁的患儿中阳性率最高(4.2%),在春秋季未发现Inf-A阳性患儿。Inf-B和Pinf-1均只在春季入院的、1岁及以下的患儿中检出。研究显示细菌总体阳性率与季节有关。春季和夏季细菌阳性率低于冬季,而秋季和冬季的阳性率没有区别(春季／冬季：OR=0.419,95%CI:0.204-0.862;夏季／冬季：OR=0.336,95%CI:0.160-0.706;秋季／冬季：OR=0.780,95%CI:0.355-1.715)。不同细菌在不同季节的阳性率也不同。流感杆菌多见于冬春季(P<0.05)：肺炎链球菌、副流感杆菌在冬季的阳性率明显高于其他季节(P<0.05)；金黄色葡萄球菌在秋季检出略多(P<0.05)；铜绿假单胞菌则多见于夏季(P<0.05),而卡他布兰汉菌在各季节的阳性率未见明显差异。453例患儿中,共60人检出肺炎链球菌,阳性率为13.2%。多因素分析显示患儿年龄和发病季节与肺炎链球菌的阳性率有关。1岁及以下的患儿的肺炎链球菌的阳性率要低于1岁以上的患儿(1岁及以下／l岁以上：OR=0.360,95%CI：0.184-0.704)。冬季肺炎链球菌的阳性率最高,其次是春季和秋季,夏季最低(春季／冬季：OR=0.338,95%CI:0.144-0.792;秋季／冬季：OR=0.284,95%CI:0.099-0.815；夏季／冬季：OR=0.218,95%CI:0.085-0.559).其他因素如抗生素使用与否、既往呼吸系统病史、居室内有无吸烟者、病毒检出与否对患儿肺炎链球菌阳性率均无影响(P>0.05)。肺炎链球菌的耐药率非常高,对红霉素、克林霉素、四环素、复方新诺明、青霉素、头孢呋辛、头孢曲松、氯霉素、阿莫西林的耐药率依次为100%、98.4%、96.7%、81.6%、60.4%、58.3%、13.3%、12.5%和2.1%。未发现氧氟沙星、利福平和万古霉素耐药菌株。48株菌株均对3种或3种以上的抗生素耐药,多重耐药率达100%。以青霉素+红霉素+四环素+克林霉素+复方新诺明+头孢呋辛多重耐药模式为主,其次是红霉素+四环素+克林霉素+复方新诺明。当肺炎链球菌对青霉素的敏感性不同时,对头孢呋辛的敏感性也不相同(P=0.000),但对其他抗生素的敏感性未发现显着性差异(P>0.05)。青霉素敏感肺炎链球菌(Penicillin Susceptible Streptocococus Pneumniae, PSSP)多重耐药性主要表现为红霉素+四环素+克林霉素+复方新诺明耐药,而青霉素耐药肺炎链球菌(Penicillin Resistant Streptocococus Pneumniae, PRSP)则以红霉素+四环素+克林霉素+复方新诺明+头孢呋辛多重耐药为主。48株临床分离的MRSP菌株的双纸片法检测结果显示,43(89.6%)株为cMLSb型,4(8.3%)株为iMLSb型,1(2.1%)株为M型。23株(47.9%)菌株仅检测出ermB基因,24株(50.0%)菌株同时检测出mefE基因和ermB基因,1株(2.1%)菌株仅检测出mefE基因。1株仅检测出mefE基因的菌株表现为M型,23株仅检测出ermB基因的菌株均表现为MLSb耐药,以cMLSb耐药表型为主。24株同时检测出mef和ermB基因的菌株均表现为cMLSb耐药表型。MLST法共检测出16株新的序列型,其中1株(ST4643)发现了新的位点基因gki237,而其他15株未发现新的位点基因,是已知7个位点基因的新组合所致(ST4628-4642),而且各个新序列型只有l株菌株。应用eBURST V3软件分析显示,46株耐红霉素肺炎链球菌共分为2个克隆复合体(CC271、CC876)和22个单一克隆菌株(singleton)。本研究共发现29株PMEN国际流行克隆株,依次为17株Taiwan19F-14、5株Netherlands15B-37、1株USANT-43、l株Spain9V-3、2株Netherlands3-31、1株Taiwan23F-15、l株England14-9和1株Spain6B-2,占分离到的MRSP的63%。PMEN克隆菌株与非PMEN克隆菌株对青霉素、头孢呋辛的耐药率有统计学差异(P<0.05)。PMEN克隆株以ermB和mefE基因共同介导为主,而非PMEN克隆株则以ermB基因介导为主。本研究未发现年龄、抗生素使用史等对PMEN菌株感染的影响。【结论】急性呼吸道感染以肺炎为主：病原学以细菌为主,流感嗜血杆菌和肺炎链球菌仍然是最主要的细菌病原；冬季入院的患儿细菌阳性率最高,不同种类的细菌在不同季节的阳性率也不尽相同；肺炎链球菌的耐药率非常高,且呈多重耐药模式,应规范临床经验性治疗的用药；耐药菌株的克隆播散和耐药基因的水平传播共同导致了本地区肺炎链球菌对大环内酯类抗生素的高度耐药,需进一步加强对国际流行克隆的监测。
黎全华, 姚开虎, 俞桑洁, 何明明, 史伟[5]2013年在《北京儿童医院19F型肺炎链球菌耐药性分析及分子流行病学研究》文中研究指明目的了解1997至2010年分离自北京儿童医院急性呼吸道感染患儿的19F型肺炎链球菌的抗生素敏感性及分子流行病学特征。方法于1997—2006年以及2010年在北京儿童医院门诊病例中分离19F型肺炎链球菌,以120株经荚膜肿胀实验鉴定为19F型的肺炎链球菌为研究对象,采用E-test法和纸片扩散法检测菌株对9种抗生素的敏感性,聚合酶链式反应(PCR)检测红霉素耐药基因ermB和mefA,采用多位点序列分型(MLST)确定其序列分型(ST)。结果 120株19F型肺炎链球菌中青霉素不敏感菌株5株,占4.2%,均为中介。红霉素不敏感率高达99.2%。从1997年到2010年头孢类抗生素敏感性逐年降低,头孢曲松敏感性从1997至1998年的100%下降到2010年的68.0%,头孢克洛敏感性则从100%下降到4.0%。在119株耐红霉素菌株中,115株(95.8%)携带ermB基因,64株(53.3%)携带mefA基因,60株(50.4%)同时携带两种耐药基因。MLST共分出31种ST,ST983最常见(共39株,占32.5%),其次是ST271(共13株,占10.8%)。从1997到2010年,克隆群CC983的构成比下降(从1997至1998年的64.3%降为2010年的0),CC271的构成比升高(从14.3%升为92%),耐药性分析发现CC271对β-内酰胺类抗生素耐药率明显高于CC983。结论 1997—2010年19F型在肺炎链球菌中分离率升高,对β-内酰胺类抗生素耐药性增强,上述变化与抗生素选择压力下,高β-内酰胺类抗生素耐药性的国际流行克隆群CC271的输入和播散有关。
吴佳学, 朱德全[6]2012年在《肺炎链球菌耐药性及分子流行病学调查》文中提出目的研究临沂地区肺炎链球菌呼吸道感染分离株的耐药性及其传播情况。方法对肺炎链球菌分离株进行药物敏感试验和血清学分型,并结合BOX-PCR、青霉素结合蛋白基因指纹等分子生物学方法分析菌株间亲缘关系。结果 124株肺炎链球菌中红霉素不敏感菌株33株,占26.6%,其中ermB基因介导的红霉素耐药菌株21株,占63.6%,mefE基因介导的红霉素耐药菌株12株,占36.4%。青霉素敏感株(PSSP)111株,敏感率89.5%,青霉素低度耐药株(PISP)10株,发现青霉素耐药株(PRSP)3株,PSSP组中除对红霉素、克林霉素、复方磺胺甲恶唑敏感度较低外,对阿莫西林/克拉维酸,第二、叁代头孢菌素,氧氟沙星,万古霉素亦敏感;而PISP组出现了对第二代头孢菌素耐药菌株,3株PRSP除对万古霉素敏感外,对其他抗菌药物均耐药。124株肺炎链球菌血清型主要为23F、3、19F、14、9V、6A、6B等;BOX-PCR谱型共35种,其中青霉素不敏感株(PNSP)有6种谱型。结论上述肺炎链球菌呼吸道感染分离株对红霉素耐药的肺炎链球菌,其耐药机制以ermB基因介导为主,ermB基因介导的耐药水平高于mefE基因介导的耐药水平;对青霉素耐药率较低,耐二代头孢菌素肺炎链球菌对万古霉素敏感。存在青霉素耐药菌株克隆传播和耐药基因水平传播。
谢兴凤, 张旭, 任艳, 蒋久怡, 代春梅[7]2018年在《四川绵阳地区肺炎链球菌流行病学特征》文中研究表明目的了解四川绵阳地区肺炎链球菌的耐药情况,为临床合理用药及感染控制提供依据。方法收集我院2015年1月至2017年12月临床分离的718株肺炎链球菌,并对其药物敏感性检测结果进行分析。结果肺炎链球菌对红霉素和四环素的耐药率最高,均在95%以上;对左氧氟沙星、莫西沙星、泰利霉素、氯霉素的敏感性较高,均在89%以上;对青霉素、美罗培南、阿莫西林和头孢类抗生素的耐药率均在30%以上;未检出万古霉素和利奈唑胺耐药株。肺炎链球菌主要耐药模式为头孢曲松+红霉素+四环素+复方新诺明+美罗培南+青霉素+阿莫西林+头孢噻肟,占19.44%。2017年肺炎链球菌青霉素敏感株和不敏感菌株对美罗培南、阿莫西林、厄他培南、头孢噻肟、头孢曲松、氧氟沙星、复方新诺明和氯霉素的不敏感率比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论本地区肺炎链球菌对红霉素、四环素耐药率较高,不适用于肺炎链球菌感染的治疗;对青霉素、美罗培南、阿莫西林和头孢类抗生素不敏感率较高,应慎重用于经验治疗;对万古霉素、利奈唑胺和喹诺酮类药物敏感性较高,临床可合理使用。
刘民星[8]2012年在《猪链球菌大环内酯类耐药基因mefA/msrD的传播机制与基因环境分析》文中指出猪链球菌为重要的人畜共患病原。目前报道猪链球菌对常用大环内酯类抗生素产生耐药性比较严重,主要耐药机制为ErmB介导的靶位修饰和MefA/MsrD介导的外排泵机制。Mef/Msr在猪链球菌中的流行机制仍不清楚。本文初步探讨了mefA/msrD在猪链球菌中的传播机制,旨在为控制耐药菌的传播扩散及药物合理使用提供理论依据。本试验首先采用PCR方法检测了临床分离猪链球菌的大环内酯类耐药基因mefA/msrD,并采用CLSI推荐的微量稀释法测定了携带mefA/msrD耐药基因的菌株对大环内酯类及其它抗菌药的最小抑菌浓度(MIC)；然后对携带mefA/msrD基因的菌株进行了噬菌体相关基因的检测、噬菌体诱导和纯化及电镜观察,进一步建立长距离PCR方法,扩增mefA/msrD基因上下游序列并测序,采用软件Vector NTI对获得的基因序列进行ORF分析及其上下游基因环境进行分析,初步判断猪链球菌中携带mefA/msrD耐药基因的基因元件；最后采用PFGE和MLST技术对临床分离的猪链球菌进行分子分型,分析其可能的传播途径。对2005-2007年分离的48株猪链球菌进行了mefA和msrD基因的检测,共发现4株菌中含有大环内酯类耐药基因mefA/msrD,其中有1株为2型菌(YY060816),3株为9型菌(NJ-2、NJ-3与NJ-5)；3株9型猪链球菌均对14-和15-元大环内酯类抗生素表现为低度耐药,而2型菌株YY060816对所有大环内酯类抗生素表现为高度耐药；4株猪链球菌均携带溶源性噬菌体基因,但菌株YY060816不含有phage capsid与phage terminase small subunit两个基因；2型猪链球菌菌株YY060816与9型菌株NJ-5不能被丝裂霉素C诱导；而9型菌株NJ-2与NJ-3可被丝裂霉素C诱导,诱导的噬菌体分离纯化后通过透射电镜观察病毒粒子形态,可见诱导的噬菌体为正六面体,且有尾部；表明可能存在噬菌体介导mefA和msrD的传播,插入到猪链球菌后以前噬菌体形式存在。通过长距离PCR方法扩增到约23kb的片段,含有24个ORF,其中5和6ORF分别为mefA和msrD基因,其插入位点在猪链球菌基因组的23S rRNA的尿嘧啶甲基转移酶基因处,与Φm46.1、ΦSSUD基本一致,其它ORFs均为前噬菌体相关基因。临床分离的猪链球菌均可被Sma I作用,酶切片段分子量在10-913kb,每株菌可切出5-13个条带,以90%的相似度划分克隆亚型,4株菌出现了3个PFGE谱型；根据等位基因序列号与UPGMA系统进化树图谱,4株菌分属3个ST型；菌株NJ-2与NJ-3同源性高于90%,并同属于ST240,极有可能来源于同一克隆,为相同的流行病原；菌株YY060816属ST7型,与已发表的四川疫情株有很高的同源性,为我国主要流行菌株,该菌株与NJ-2和NJ-3同源性仅有30%左右；菌株NJ-5属于ST222型,其与NJ-2和NJ-3同源性接近50%,显示为不同的克隆株。综上所述,猪链球菌存在着双重外排泵MefA和MsrD介导猪链球菌对14和15元大环内酯类抗生素的耐药,噬菌体可将mefA和msrD整合到猪链球菌基因组中,并以前噬菌体形式存在,PFGE和MLST结果佐证了mefA/msrD在不同菌株中既存在水平传播的现象,同时也存在克隆传播。
耿倩[9]2014年在《苏州地区呼吸道感染儿童肺炎链球菌携带率、耐药现状和分子流行病学研究》文中研究表明背景：肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae, S.peumoniae, SP)是人体鼻咽部的正常菌群,是引起呼吸道感染的主要致病菌,也是导致5岁以下儿童生病住院和死亡的重要原因,给家庭和社会均造成了极大的负担。近年来,在抗生素的选择压力下,肺炎链球菌对青霉素和大环内酯类抗生素的耐药率呈现迅速增长的趋势。此外,多重耐药菌株的出现和流行使全球控制SP感染的形势更为严峻。而国际流行耐药(Pneumococcal Molecular Epidemiology Network, PMEN)克隆株的传播是肺炎链球菌耐药率增加和多重耐药菌株流行的主要原因。第一部分呼吸道感染儿童肺炎链球菌的携带率研究目的：了解苏州地区5岁以下呼吸道感染住院患儿鼻咽部的肺炎链球菌携带情况,并分析肺炎链球菌携带的影响因素,为确定肺炎链球菌感染的高危人群和制定相关防控策略提供科学依据。方法：收集2012-2013年苏州大学附属儿童医院5岁以下呼吸道感染住院患儿的痰液标本,并对其进行细菌学检测。通过医院HIS系统查询病人的年龄、入院日期、性别和疾病诊断等信息。采用Logistic回归模型分析肺炎链球菌携带的影响因素。结果：2012-2013年,5岁以下呼吸道感染住院患儿共有16570例,其中63.1%的病例为男童。病例主要集中在2岁以下的幼龄儿童。住院病例数随患儿年龄的增长而减少。肺炎是所有呼吸道感染病例中最常见的疾病。冬春两季的呼吸道感染病人数最多。肺炎链球菌的携带率为12.4%。多因素Logistic回归分析显示：2013年的SP带菌率高于2012年(OR=1.20,95%CI:1.09-1.32);女童患儿的SP带菌率低于男童(OR=0.86,95%CI:0.78-0.95);带菌率随年龄增长而增加(OR=1.38,95%CI：1.33-1.42)；下呼吸道感染患儿的带菌率高于上呼吸道感染患儿(OR=1.55,95%CI：1.09-2.22)。结论：住院患儿的肺炎链球菌携带受入院年份、患儿性别、年龄和疾病种类等因素的影响。由于患儿肺炎链球菌携带率随年龄增长而增加,因此应重点关注学龄前儿童的携带情况,并针对该人群制定有效的预防策略。第二部分 呼吸道感染儿童肺炎链球菌的耐药性研究目的：了解2012-2013年苏州地区呼吸道感染住院患儿肺炎链球菌分离株的耐药谱和耐药模式,分析苏州地区儿童肺炎链球菌的耐药现状,以期指导临床合理用药。方法：采用Kirby-Bauer纸片扩散试验和E-test法对收集到的2053株肺炎链球菌分离株进行敏感性试验。结果：肺炎链球菌对红霉素和克林霉素不敏感率分别高达99.7%和98.2%；对青霉素、阿莫西林、头孢噻肟和头孢曲松等4种β内酰胺类抗生素的不敏感分别为32.7%、36.6%、48.5%和51.1%；对左氧氟沙星、莫西沙星等非常规抗生素的不敏感率很低。肺炎链球菌对β内酰胺类抗生素存在交叉耐药。与<2岁患儿相比,2-5岁患儿肺炎链球菌对β内酰胺类抗生素的不敏感率更高(OR：1.267,95%CI：1.051-1.526)。肺炎链球菌的多重耐药率高达98.3%,耐药模式主要为红霉素+β内酰胺类抗生素+复方新诺明+克林霉素+四环素。结论：苏州地区儿童肺炎链球菌的耐药情况非常严重,且呈多重耐药模式。本研究结果对临床治疗肺炎链球菌疾病和抗生素的选择具有参考价值,且提示临床需合理使用抗生素。第二部分 呼吸道感染儿童肺炎链球菌的耐药性研究目的：了解2012-2013年苏州地区呼吸道感染住院患儿肺炎链球菌分离株的耐药谱和耐药模式,分析苏州地区儿童肺炎链球菌的耐药现状,以期指导临床合理用药。方法：采用Kirby-Bauer纸片扩散试验和E-test法对收集到的2053株肺炎链球菌分离株进行敏感性试验。结果：肺炎链球菌对红霉素和克林霉素不敏感率分别高达99.7%和98.2%；对青霉素、阿莫西林、头孢噻肟和头孢曲松等4种β内酰胺类抗生素的不敏感分别为32.7%、36.6%、48.5%和51.1%；对左氧氟沙星、莫西沙星等非常规抗生素的不敏感率很低。肺炎链球菌对β内酰胺类抗生素存在交叉耐药。与<2岁患儿相比,2-5岁患儿肺炎链球菌对β内酰胺类抗生素的不敏感率更高(OR：1.267,95%CI：1.051-1.526)。肺炎链球菌的多重耐药率高达98.3%,耐药模式主要为红霉素+β内酰胺类抗生素+复方新诺明+克林霉素+四环素。结论：苏州地区儿童肺炎链球菌的耐药情况非常严重,且呈多重耐药模式。本研究结果对临床治疗肺炎链球菌疾病和抗生素的选择具有参考价值,且提示临床需合理使用抗生素。第叁部分 呼吸道感染儿童肺炎链球菌的分子流行病学研究目的：了解肺炎链球菌分离株的分子特征,如血清型分布、大环内酯类药物的耐药机制和序列分型等,分析国际流行耐药(PMEN)克隆株的流行情况,追踪PMEN克隆株的起源和进化路径。方法：对2012年7月-2013年12月期间苏州大学附属儿童医院住院治疗的呼吸道感染患儿分离的290株肺炎链球菌菌株,采用多重PCR方法鉴定菌株血清型,利用PCR方法检测大环内酯类抗生素耐药基因ermB和mefA/E,利用多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing, MLST)进行基因分型。结果：本研究检测出3株同时携带19A和6B两种血清型的共同定植株。19F、6B、23F和19A是4种最主要的血清型。PCV7和PCV13血清型的覆盖率分别为72.8%和87.8%。菌株基因分型共检测出75种序列分型(Sequence Types, STs),其中ST271、ST320和ST81是最主要的3种STs。经与PMEN比对,研究共发现10种PMEN克隆株,其中PMEN14克隆株(42.8%)、PMEN1克隆株(10.7%)和PMEN37克隆株(6.6%)最为流行。PMEN克隆株对β内酰胺类抗生素的不敏感率高于非PMEN克隆株(x2PEN=29.239,PPEN<0.001; x2CTX=29.682, PCTX<0.001; x2AMX=36.442,PAMX<0.001),且PMEN克隆株同时携带ermB和mefA/E基因的比例也高于非PMEN克隆株(70.6% vs.34.9%, x2=36.084, P<0.001)。在所有PMEN克隆株中,PMEN14克隆株对β内酰胺类抗生素的不敏感率最高(青霉素：66.9%,头孢噻肟：79.0%,阿莫西林：79.8%),其共同携带ermB和mefA/E基因的比例最高(98.4%)。结论：苏州地区PMEN克隆株流行以PMEN14克隆株为主,多种PMEN克隆株共存。PMEN14克隆株的播散是引起苏州地区β内酰胺类抗生素耐药主要原因。考虑到]PMEN14克隆株主要与19群血清型相关,建议在儿童人群中引入PCV13的免疫接种,以阻断PMEN14克隆株的传播。
马光强[10]2016年在《贵州省畜禽主要病原菌耐药性及耐药基因研究》文中指出随着我国畜禽集约化养殖的不断发展,畜禽病原菌的耐药性问题日益突出。由于抗菌药物的不合理使用,使得耐药菌株不断涌现,多重耐药现象不断恶化,耐药机制愈加复杂,这给畜禽细菌病临床治疗带来了很大的困难,严重威胁着公共卫生安全,也给新药开发带来了巨大的压力。贵州省有关畜禽细菌耐药性系统研究鲜有报道,本研究拟在分析研究资料和调查报告的基础上,开展贵州省畜禽主要病原细菌的快速检测技术、耐药表型和基因型、耐药基因序列进化特征等相关研究,对深入探讨细菌耐药性分子机制具有理论意义。1.贵州省畜禽源主要病原细菌流行病学研究:通过对贵州省2008~2014年间研究资料、调查报告进行统计分析,分别从时间分布、动物类别分布、地域分布等方面对畜禽养殖场细菌性疫病流行特点进行分析,并对畜禽细菌病临床病例的防控情况进行调查分析。结果显示:此间贵州省畜禽细菌性疫病主要以大肠埃希氏菌病、葡萄球菌病、链球菌病、巴氏杆菌病和沙门氏菌病为主;发病呈一定的季节性,每年5~9月为高发期,10~12月为低发期,细菌性疫病发生主要以羊为主,其余依次是猪、牛、禽等;各地细菌病发病例数存在一定差异,其中铜仁市各种主要细菌性疫病的病例数高于其他地区,细菌性疫病免疫防控率较低,免疫率在2.3%~20.6%之间,主要防控方式依然是抗菌药防控。养殖场最常用的抗菌药物有β-内酰胺类、氨基糖苷类、磺胺类、大环内脂类和喹诺酮类抗菌药物,其中β-内酰胺类使用最为频繁。2.畜禽主要病原菌多重PCR方法的建立与应用:针对贵州省主要流行病原菌(大肠埃希氏菌、沙门氏菌、巴氏杆菌、链球菌、葡萄球菌实验室前期分离,进行过相关致病性研究)设计合成引物,构建PCR反应体系和反应条件,并评估多重PCR方法的性能,对研究所需的分离菌株进行复检分析。结果显示:所设计的各种细菌PCR引物均能有效扩增目的基因,其中扩增出的大肠埃希菌23S r RNA基因、巴氏杆菌KMT基因、沙门氏菌inv A基因、葡萄球菌的nuc基因和链球菌的EF-TU基因片段大小分别为663 bp、456 bp、284 bp、500 bp和197 bp。构建能同时检测葡萄球菌和链球菌的双重PCR最佳反应条件为:葡萄球菌和链球菌的引物浓度分别为0.5μmol/L和0.5μmol/L,退火温度为54℃;在此条件下同时检测葡萄球菌和链球菌的敏感性分别是1.50 ng/μL和1.44 ng/μL。构建能同时检测大肠埃希氏菌、沙门氏菌和巴氏杆菌的叁重PCR最佳反应条件为:大肠埃希氏菌、巴氏杆菌和沙门氏菌的引物浓度分别为1.0μmol/L、1.5μmol/L和1.0μmol/L,退火温度为56℃;在此条件下同时检测大肠埃希氏菌、巴氏杆菌和沙门氏菌的敏感性分别是114.00 pg/μL、1.50 ng/μL和1.44 ng/μL。对147株临床分离菌株的检测显示,双重PCR和叁重PCR检测结果与生化鉴定结果的符合率分别为97.26%和98.72%,结果表明所建立的PCR方法检测结果跟传统生化鉴定结果高度一致。3.畜禽主要病原细菌耐药表型和耐药基因型研究:随机选取畜禽5种病原菌共151株,应用K-B法对5类21种抗菌药对其进行药物敏感性实验,并针对β-内酰胺类耐药基因、喹诺酮类耐药基因、大环内脂类耐药基因、链霉素耐药基因和磺胺类耐药基因设计合成了23对特异性引物,检测各种细菌耐药相关基因,分析细菌耐药表型和耐药基因型相关性。结果显示:所有供试菌株均表现出明显的耐药性,总耐药率在54.42%~93.20%之间,多重耐药主要集中耐6-11种药物之间。在选取的21种抗生素中,以青霉素、阿莫西林、链霉素和磺胺甲基异恶唑的抑菌效果较差;23个耐药基因共检出19个,检出率最高的是大肠埃希氏菌喹诺酮类aac(6’)-Ib-cr,为77.59%。介导我省大肠埃希氏菌对磺胺类药物产生耐药性的耐药基因主要是sul1、对喹诺酮类药物产生耐药性的耐药基因主要是aac(6’)-Ib-cr,对β-内酰胺类药物产生耐药性的耐药基因主要是TEM;介导我省巴氏杆菌对磺胺类药物产生耐药性的耐药基因主要是sul2、对链霉素产生耐药性的耐药基因主要是Str A;介导我省沙门氏菌对磺胺类药物产生耐药性的耐药基因主要是sul2、对链霉素产生耐药性的耐药基因主要是Str A;介导我省葡萄球菌对大环类脂类药物产生耐药性的耐药基因主要是erm B,对β-内酰胺类药物产生耐药性的耐药基因主要是bla Z;介导我省链球菌对大环类脂类药物产生耐药性的耐药基因主要是erm B;通过对151株临床分离株耐药表型和耐药基因相关性分析,结果显示:细菌对链霉素耐药的耐药基因跟耐药表型的符合率最高,为100%,巴氏杆菌对磺胺类药物的耐药表型与耐药基因型的符合率最低,为71.43%。4.畜禽主要病原细菌耐药相关基因序列分析:应用分子克隆技术对各种细菌主要耐药基因进行克隆及测序,应用Meg Align软件对测序序列进行同源性、基因一致性和遗传进化分析。结果显示:除大肠埃希氏菌aac(6’)-Ib-cr基因、巴氏杆菌gyr A和par C基因、链球菌gyr A和par C基因存在较多变异外,其他耐药基因均表现出较高的保守性,其中最保守的是大肠杆菌CTX-M基因、巴氏杆菌sul2基因和链球菌mef A基因,与国内外参考菌株的序列同源性均为100%。结论:1.贵州省畜禽细菌病主要病原菌为大肠埃希氏菌、巴氏杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌和链球菌;细菌病发生存在时间和地域差异。2.建立可快速鉴定大肠埃希氏菌、沙门氏菌、巴氏杆菌的叁重PCR方法和葡萄球菌、链球菌的双重PCR方法,二者对临床分离株的检测结果与生化试验鉴定结果符合率高。3.贵州省畜禽五种主要病原细菌存在广泛耐药,耐药基因种类多样,耐药表型和耐药基因型高度统一。4.贵州省畜禽五种主要病原细菌耐药基因相对保守,部分耐药基因存在点突变。
参考文献：
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[3]. 耐红霉素肺炎链球菌的分子生物学研究[J]. 魏丽, 胡必杰, 何礼贤, 李华茵, 陈雪华. 中国病原生物学杂志. 2009
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[5]. 北京儿童医院19F型肺炎链球菌耐药性分析及分子流行病学研究[J]. 黎全华, 姚开虎, 俞桑洁, 何明明, 史伟. 中国实用儿科杂志. 2013
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[7]. 四川绵阳地区肺炎链球菌流行病学特征[J]. 谢兴凤, 张旭, 任艳, 蒋久怡, 代春梅. 中国微生态学杂志. 2018
[8]. 猪链球菌大环内酯类耐药基因mefA/msrD的传播机制与基因环境分析[D]. 刘民星. 南京农业大学. 2012
[9]. 苏州地区呼吸道感染儿童肺炎链球菌携带率、耐药现状和分子流行病学研究[D]. 耿倩. 复旦大学. 2014
[10]. 贵州省畜禽主要病原菌耐药性及耐药基因研究[D]. 马光强. 贵州大学. 2016
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