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农作物种子经营许可证实行分级审批发放制度。主要农作物杂交种子及其亲本种子、常规种原种种子经营许可证，由种子经营者所在地县级农业行政主管部门审核，省级农业行政主管部门核发。其他种子经营许可证由种子经营者所在地县级以上农业行政主管部门核发。
从事种子进出口业务的公司的种子经营许可证，由注册地省级农业行政主管部门审核，农业部核发；实行选育、生产、经营相结合，注册资本金额达到本办法第十五条规定的种子公司的经营许可证，可以向注册所在地省级农业行政主管部门申请审核，报农业部核发。
申请主要农作物杂交种子经营许可证的单位和个人，应当具备《种子法》第二十九条规定的条件，并达到以下要求：
（一）申请注册资本５００万元以上；
（二）有能够满足检验需要的检验室，仪器达到一般种子质量检验机构的标准，有２名以上经省级以上农业行政主管部门考核合格的种子检验人员；
（三）有成套的种子加工设备和１年以上种子加工技术人员。
申请主要农作物杂交种子以外的种子经营许可证的单位和个人，应当具备《种子法》第二十九条规定的条件，并达到以下要求：
（一）申请注册资本１００万元以上；
（二）有能够满足检验需要的检验室和必要的检验仪器，由１名以上经省级以上农业行政主管部门考核合格的检验人员。
申请从事种子进出口业务的种子经营许可证，应当具备《种子法》第二十九条规定的条件，申请注册资本达到１０００万元以上。实行选育、生产、经营相结合，向农业部申请种子经营许可证的种子公司，应当具备《种子法》第二十九条规定的条件，并达到如下要求：
（一）申请注册资本３０００万元以上；
（二）有育种机构及相应的育种条件；
（三）自有品种的种子销售量占总经营量的５０％以上；
（四）有稳定的种子繁育基地；
（五）有加工成套设备；
（六）检验仪器设备符合部级种子检验机构的标准，有５名以上经省级以上农业行政主管部门考核合格的种子检验人员；
（七）有相对稳定的销售网络。
申请种子经营许可证应向审核机关提交以下材料：
（一）农作物种子经营许可证申请表；
（二）种子检验人员、贮藏保管人员、加工技术人员资格证明；
（三）种子检验仪器、加工设备、仓储设施清单、照片及产权证明；
（四）种子经营场所照片。
实行选育、生产、经营相结合，向农业部申请种子经营许可证，还应向审核机关提交下列材料：
（一）育种机构、销售网络、繁育基地照片和说明；
（二）自有品种的证明；
（三）育种条件、检验室条件、生产经营情况的说明。申请种子经营许可证按以下程
（一）申请者按本办法第十一条的规定向审核机关提出申请；
（二）审核机关应在收到申请材料之日起３０日内完成审核工作。审核时应当对经营场所、加工仓储设施、检验设施和仪器进行实地考察。对具备本办法规定条件的，签署审核意见，上报审批机关；审核不予通过的，书面通知申请人并说明原因；
（三）审批机关应在收到审核意见之日起３０日内完成审批工作。对符合条件的，发给种子经营许可证；不符合条件的，退回审核机关并说明原因。审核机关应将不予批准的原因书面通知申请人。审批机关认为有必要的，可进行实地审查。
种子经营许可证应当注明许可证编号、经营者名称、经营者住所、法定代表人、申请注册资本、有效期限、有效区域、发证机关、发证时间、经营范围、经营方式等项目。
许可证编号为“（×）农种经许字（××××）第×号”，第一个括号内为发证机关简称，第二个括号内为年号，号码为顺序号；经营范围按作物种类和杂交种或原种或常规种子填写，经营范围涵盖所有主要农作物或非主要农作物或农作物的，可以按主要农作物种子、非主要农作物种子、农作物种子填写；经营方式按批发、零售、进出口填写；有效期限为５年；有效区域按行政区域填写，最小至县级，最大不超过审批机关管辖范围，由审批机关决定。
在种子经营许可证有效期限内，许可证注明项目变更的，应当办理变更手续，并提供相应证明材料。
种子经营许可证期满后需申请新证的，种子经营者应在期满前３个月，持原证重新申请。重新申请的程序和原申请的程序相同。
根据《种子法》第二十九条第二款的规定，具有种子经营许可证的种子经营者书面委托其他单位和个人代销种子的，应当在其种子经营许可证的有效区域内委托。
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