卢颖[1]2003年在《DNA全序列分形特征研究》文中指出进入后基因组时代，随着生物信息学的发展和基因组数据的飞速积累，基因功能的研究逐渐成为重点。这就需要将生物序列作为一个有机的整体，来考察其在系统层次上交现出来的整体特征。本文从全局和细节两个角度对DNA全序列的分形特征和自相似特性进行了研究，以求更全面更准确地反映DNA序列的分形现象。 1．在DNA序列的可视化研究中，利用语言学的思想和可视化框图法，从全局的角度在二维Portrait图上展示了完整基因组序列的分形特征，并对其加以分析，发现其分形特征与序列中各碱基串的分布和含量有密不可分的关系。 2．在对DNA序列分形特征作进一步研究方面，首先用小波变换和分段平均傅立叶频谱法对其自相似性和长程相关性进行检验，紧接着用R／S分析法和基于小波的间接估计方法对其分形参数即Hurst系数进行了估计和比较分析，发现在不同尺度下Hurst系数不一致，并且针对Portrait图所表现出的明显的分形特征作了进一步研究，把一维小波变换推广到二维，为二维信号的分形参数估计提供了一种较为合理的参考。结果表明，DNA在全序列尺度上表现出渐进自相似结构，只有在低频部分才可以用严格自相似信号来描述。 3．为便利后续工作，总结成果，设计了一个针对DNA序列分形特征研究的软件。该软件有友好的用户界面，具有一定的使用价值。 本论文的研究工作可以定性地解释DNA序列的分形现象。同时，在总结工作的基础上提出了一些新的问题和设想，希望对今后的生物学研究会有一定的参考价值。
陈啸[2]2014年在《基于DNA序列的基因动态关系研究》文中提出基因间关系的研究一直是生物学研究的热点,而随着基因动态表达机制的发现,越来越多的人开始关注基因间的动态关系研究。而随着DNA测序技术地革新,DNA序列数据爆炸式地增长。伴随着DNA百科全书计划的启动,人们对DNA序列产生了全新的认识,科学研究者们不断地从非编码区的DNA序列中发现与基因调控相关的功能元件。而从DNA序列来挖掘基因间的动态关系的方法也日益受到人们的关注。本文基于传统的DNA比对算法和图像化表示方法,结合生物系统中普遍存在的分形特征,从DNA序列的分形语法规则入手,提出了对DNA序列进行图像化表示的方法和基因间动态关系的研究方法,主要研究内容如下：(1)基于传统DNA序列二维图像表示方法,提出了一种叁维图像表示方法,不仅克服了原有二维图像表示方法交叉重迭的缺陷,同时通过示例中直观的展示了DNA序列图像与DNA序列功能潜在的联系；(2)通过生命系统中存在的分形和自组织现象模拟,对DNA序列存在分形特征和DNA序列中具有简单迭代规则进行了论证；(3)结合DNA序列的分形特征,提出了相应的DNA序列分形压缩方法和DNA序列图像化分形压缩方法,从而计算得到相关基因和序列的特征序列,并通过拟南芥生长发育过程中miRNA的动态表达情况,对基因间的动态表达的因果关系进行了研究,给出了相应的基因表达动态演化模型。
参考文献：
[1]. DNA全序列分形特征研究[D]. 卢颖. 西北工业大学. 2003
[2]. 基于DNA序列的基因动态关系研究[D]. 陈啸. 浙江大学. 2014
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