关琪[1]2003年在《中国HIV主要流行株核心蛋白（GAG）基因变异规律的研究》文中提出艾滋病病毒(人免疫缺陷病毒，HIV)是逆转录病毒科慢病毒属灵长类慢病毒亚属中的一类病毒。由于HIV-1的逆转录酶缺乏3′→5′外切酶活性，使得HIV在复制的过程中不能对错误掺入的单核苷酸加以校正，从而表现出非忠实性复制的倾向。所以病毒经逆转录后，存在着很多的碱基替换(包括转换和颠换)、插入、缺失、重复和倒置等遗传物质的变化，而使HIV-1具有高度变异的显着特征。另外，HIV-1在体内的生存和进化又受到宿主免疫压力的作用，由于这种压力的存在而使HIV-1呈现出一种连续的、定向的突变趋势以获得快速、特异的突变株，以适应外界选择压力而存活并繁衍下去。此外，与上述产生基因突变的机制相比，基因重组则是最快的，可产生最大程度变异的基因变异机制。由于重组后的病毒基因组中含有大片段的外源性基因，所以可极大的改变重组毒株的遗传特性和生物学表型，使病毒的进化发生时空上的飞跃，从而大大加快HIV的变异速度。 本研究的主要目的是在第二次全国HIV分子流行病学调查的基础上，从HIV-1核心蛋白(GAG)区的基因变异、所受选择压力和抗原表位变化等角度，对我国的主要流行株B亚型、及CRF07-BC、CRF08-BC和CRF01-AE叁个流行重组模式病毒进行分析，以希望所获得的数据能够为针对我国HIV的免疫学研究和疫苗的研制提供帮助。 经过对全国近千份样本的分析发现，我国的HIV B’亚型占33％；CRF01-AE占16％；CRF07-BC占36％；CRF08-BC占11％；其他亚型占4％。这些样本基本覆盖了中国Hlv的主要亚型和主要流行地域，可以较好的代表中国Hlv的流行情况。通过对中国各主要亚型毒株GAG区的序列分析发现，目前在我国流行的HIVB亚型毒株与B.TH.92.92TH014标准株在基因距离上最为接近，我国流行的HIVB亚型毒株的氨基酸共享序列与B.TH.92.92TH014标准株完全一致。而与1998年在我国云南省境内发现的泰国B亚型全长序列B.cN.RL42存在着四个突变位点(24位A一S;47位L一Q;80位G一D;88位A一v)。我国eRF08一BC毒株与08_BC.CN98CN006标准株最为接近，但存在着该标准株77一80位四个氨基酸〔QQKT)的缺失，其他位点皆完全一致，而这种缺失发生于我国所有cRFos一Bc毒株中。我国CRF07一BC毒株的共享序列与07一Bc.cN97cN001标准株完全一致。而我国的流行重组模式CRF01一AE病毒与02_AE.TH.90.eM24o;01_AE.Jp.93.93JpNHI和01_AE.TH.90.cM235一2叁个标准株的基因距离均较为接近，而与其中01少E.TH.90.eM240更接近一些。 通过序列保守性分析，发现在P17的尾部与P24交界的部分，经常出现碱基的缺失、插入、突变、重复和倒置等情况。该区段的变异较大，而这种突变很少发生移码突变，并不影响下游P24部分的正常翻译，也不会影响P17与P24两片段之间的酶切位点。造成这种现象的原因是由于该区段不具有重要的生物学功能，从而容许发生较大程度的变异。 除了CRF08一BC以外，从所研究的整个区段来看，其余各亚型均受到正向选择压力。所受选择压力从大到小的顺序依次为:cRF01一AE;B;cRF07一BC，而除CRF08一Bc以外，各亚型的P17区段的ks/ka值均小于1，而P24区段的ks/ka值均大于1。表明这叁个亚型毒株的P17区段均受到正向选择压力，而P24区段受到的是负向选择压力进而呈现出随机进化趋势。 通过抗原表位的分析发现，P24区段抗原表位的保守性明显高于P17区段。并可见P17内的抗原表位随着向P24区段的靠近而保守性不断提高。这与我国HIVB亚型毒株的分区段的基因距离和所受选择压力的分析结果相一致。即从基因离散率;所受的选择压力及抗原表位的突变率叁个方面来看，Hlv的P17区段均明显大于P24区段。 本研究中用改进的多重套式PCR方法对134份HIV阳性标本和60份HIV阴性样本进行了检测，敏感性达到93.28%(B亚型:93.55%，C亚型、CRF07一BC、CRF08一BC:94.20%，CRF01一AE:91.18%)，特异性为100%，诊断指数(Dl):1.9328，诊断效率(DF)::95.36%，阳性预测值(+PV):100%。由以上各项指标可见，该方法在HIV基因分型方面，尤其在中国大部分不具有核酸测序条件的实验室里，实为一种简单、快速、准确且经济、实用的基因分型方法。 本研究是我国有史以来基于最大样本量的对HIV基因核心蛋白区进行的研究，针对中国株序列特征(signature)、区段保守性、抗原表位的变化、新重组模式毒株的发现与流行情况、各亚型及各区段受到的不同的选择压力等方面，较为系统的对我国HIV流行毒株进行了分析和研究，获得了宝贵的第一手资料，可以为我国HIV的预防与治疗等方面的工作提供有力的指导。此外，本研究还对使用多重套式PCR进行Hlv亚型鉴定的方法进行了改进，使改进后的方法具有更高的灵敏度和实用性，更加适合于在我国及其他欠发达国家和地区进行大范围的推广。这将在这些国家和地区的Hlv的普查和防治工作中发挥重要的作用。
宋艳辉[2]2007年在《我国HIV-1主要流行地区B'亚型与CRF07_BC重组毒株遗传变异分析》文中研究指明我国中部地区河南及其周边省份的既往献浆员人群(former plasma donations，FPDs)和西南西北地区的静脉吸毒人群(intravenous drug users，IDUs)是我国HIV传播过程中主要的高危人群。我国正面临着HIV-1通过多种传播方式由高危人群向普通人群扩散的危机。为了解我国HIV-1毒株的流行状况，我们于2003年8月至2005年9月分别在河南、山西、四川和新疆等地采集了508份HIV-1阳性样本，经巢式PCR扩增及纯化、测序，得到的序列通过GCG软件包和国际HIV分子生物学网站提供的在线分析工具对得到的序列进行了基因型、遗传多样性，氨基酸序列、抗原表位、N-糖基化位点以及辅助受体进行了分析。在本研究中我们分析了gp120、gag、nef和tat基因的全长序列，主要结果如下：1)遗传多样性。河南和山西地区的既往献浆人群中流行的HIV-1毒株的主要亚型为B’亚型，在四川和新疆的静脉吸毒人群中流行的HIV-1毒株为CRF07_BC重组模式。B’亚型与CRF07_BC毒株中C3区段的遗传多样性高于其他保守区；河南和山西地区B’亚型毒株中V1，V4区的差异显着；B’亚型毒株gag基因变异较大的区段是P17区段，CRF07_BC毒株中则为P1P6区段。2)特征性氨基酸。我们对B’亚型毒株的gp120，gag和tat基因以及CRF07_BC重组毒株的gp120，gag，tat和nef基因的地区性特异性氨基酸位点进行了确认。3)V3环顶端四肽和N-糖基化位点以及辅助受体结合位点的变化。B’亚型毒株V3环顶端四肽存在6种不同的基序，GPGQ占43.59％，而CRF07_BC重组毒株V3环顶端四肽存在着4种类型，GPGQ所占比例为96.06％。B’亚型毒株V3环N-糖基化位点的丢失率高于CRF07_BC。在B’亚型毒株中，可能使用CCR5作为辅助受体的占14.1％，在CRF07_BC亚型毒株中，可能使用CCR5作为辅助受体的占86.7％。4)抗原表位。河南和山西地区B’亚型毒株与中和表位的完全一致率较低，与CTL抗原表位的完全一致率较高。5)P6区段缺失。在新疆地区CRF07_BC病毒P6区段的中部区域出现了高频率的1-13个氨基酸的缺失，在CD4+和病毒载量方面，有缺失和没有缺失的毒株之间没有明显的区别。由上述结果，我们可以得出以下结论：1)不同亚型的毒株在不同的高危人群中持续传播，导致HIV-1毒株在特定的高危人群中特异性的流行趋势。相同亚型毒株的遗传多样性与特定地区毒株的流行时间相关。C3区段在保守区段中变异程度最高，V3区段在可变区段中最保守。2)不同地区流行的具有独特特点的毒株可能是由于特异性的祖先株产生的奠基者效应导致的，还可能是由于传播过程很少出现省与省之间毒株的交叉传播。3)与CRF07_BC重组毒株相比，B’亚型毒株由于V3环的多样性和N-糖基化位点的丢失率较高，B’亚型毒株可能会受到更强有力的免疫压力作用。4)我国B’亚型毒株与已知中和抗体表位的一致性较低，与已知CTL抗原表位的一致性较高。5)CRF07_BC重组毒株Gag基因P6区段1-13个氨基酸的缺失对病毒复制能力和病毒载量的影响不明显。
周晓兰[3]2009年在《中国HIV-1B’毒株gag基因变异特征研究》文中研究指明HIV-1 B亚型毒株是全球最早发现的HIV毒株,在北美、西欧、东南亚都有广泛流行,其所占比例分别为HIV感染者的98.42%、87.62%、38.00%。由其衍生而来的B′毒株已成为我国流行的主要毒株之一。本文选取了2002年到2008年间通过献血途径感染的182名感染者,经PCR扩增和序列测定后获得gag基因全长序列,与下载自Los Alamos HIV序列数据库的62条中国B′亚型毒株和254条美国B亚型毒株gag基因全长序列一起,分析中国B′毒株与美国B毒株间的差别并研究其变异发生的规律。对本研究获得样本gag基因系统进化分析结果表明,所有样本均为B′亚型,并聚集为单一的进化簇。熵值和基因距离分析结果表明,我国HIV-1 B′亚型毒株gag基因变异率从大到小分别为p6、p2、p17、p1、p7和p24。在Gag蛋白HLA递呈CTL表位中的氨基酸位点(n=258)的熵值显着地高于表位外氨基酸位点(n=243)的熵值(P=0.015)。对主要同源区和亲环素A结合基序分析的结果表明,主要同源区内有10.44%的样本发生了R154K的突变;亲环素A结合基序内有18.68%的样本发生了H87Q/P突变,另外还有15.38%的样本发生了V91I的突变。中国B′亚型毒株(n=244)与美国B亚型毒株(n=254)比较分析发现,二者平均熵值分别为0.14和0.17,美国B亚型毒株的变异大于中国B′亚型毒株。Entropy-Two分析发现二者在111个位点的氨基酸组成上有显着性差异。其中25个位点的氨基酸组成呈现变异复杂度增加;其余86个位点呈现变异复杂度减少。一致性序列比较结果表明有17个位点在两组中不同,其中76、79、94、102、118、125这6个位点在本研究及既往研究中都是差异有统计学意义的位点,且共享氨基酸都发生了改变。为了分析中国B′亚型与美国B亚型毒株氨基酸组成不同的原因,将中国B′亚型gag基因序列按照样品采集时间分为3组,以确定各位点的进化过程。结果表明,以第Ⅰ组(2002-2003年)序列为参考组,第Ⅱ组(2004-2005年)和第Ⅲ组(2007-2008年)序列中分别有18和31个位点的氨基酸组成有显着性差异。在中国B′亚型毒株与美国B亚型毒株有显着性差异的111个位点中,有13个位点在随时间变化分析中同时出现。其中122、397、440位在两种变异分析中均呈现变异复杂度增加趋势,440位被已发表CTL表位覆盖,122和397位尚无已发表的CTL表位,这些位点是否有未发现的新表位需要在今后免疫实验中证明;62、102、369、371在两种变异分析中均呈现变异复杂度减少趋势,这4个位点都位于Gag蛋白重要功能区;53、91、130、146、385、389在两种比较中呈现相反变异的规律,提示病毒在不同宿主免疫压力和环境选择压力下朝着不同方向进化。本研究对HIV-1 B′毒株gag基因变异特征及变异规律进行了系统分析,该结果为HIV-1 CTL逃逸突变的研究奠定了基础,同时为研制有效药物和疫苗提供了重要的参考数据。
陈立力[4]2011年在《云南和广西HIV-1流行毒株的基因变异和分子进化研究》文中研究表明云南和广西位于我国西南边陲,是我国HIV-1疫情最严重的地区。截止2010年底,两地累计报告感染人数分列全国的第一和第二位。云南省是我国HIV-1流行的发源地,流行毒株的基因亚型很复杂,且处在动态改变的过程中,从最初出现的B(B’)亚型,到印度C亚型的传入,再到CRF01_AE从泰国传入,以及CRF07_BC和CRF08_BC的大量出现而B(B’)和C亚型却在逐渐消失,这些亚型的起源、传播、流行甚至消失所经历的一系列变化,至今仍知之甚少。广西是目前我国艾滋病疫情上升最快的地区,早期主要是在静脉吸毒人群(IDUs)中流行,毒株亚型以CRF08_BC为主,但近年来HIV-1迅速从IDU人群向性传播人群扩散,流行的亚型也出现CRF01_AE增多的趋势,呈现B(B’)、C、CRF08_BC和CRF01_AE同时流行的态势。云南和广西东西相邻,同为少数民族聚集区,与之接壤的东南亚国家(泰国、缅甸、越南等)都是HIV-1高度流行的地区,相似的地理位置和社会人口状况,使得两地的HIV-1流行有着紧密的联系。在云南和广西进行HIV毒株的遗传多样性和进化研究,全面、系统地揭示毒株的基因变异和分子进化特征、阐明两地流行毒株之间的关系,对于云南和广西乃至全国艾滋病流行形势的分析、抗HIV药物和疫苗研发等都具有重要意义。本文收集了近2年内确认的分布于云南15个地市的788例和分布于广西13个地市的294例HIV-1感染者的血液标本,通过对毒株gag、pol全长和env C2V3基因的扩增和测序以及部分毒株的全长基因扩增测序,利用MEGA 5.03、BEAST v 1.5.4等多种软件工具和在线分析工具,分析了云南和广西HIV-1流行毒株的变异特点及两地毒株之间的传播和进化关系。一、建立HIV-1 gag、pol全长和env C2V3基因的扩增和测序方法,并对采集的标本进行扩增测序:1、设计扩增和测序引物,优化反应条件,从血标本中提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增全长gag(1584bp)和pol(3147bp)基因和部分env C2V3基因(558bp)。将gag和pol基因区的序列连在一起,作为一个完整的基因区(gag-pol)(HXB2:790-5096)进行分型分析。2、对标本进行扩增和测序:在云南的788份标本中,gag基因区扩增成功700例、pol基因区扩增成功666例、env C2V3基因区扩增成功692例;在广西294份血浆标本中,gag基因区扩增成功285例、pol基因区扩增成功274例、env C2V3基因区扩增成功283例。病毒载量对扩增成功率有显着影响。二、云南省HIV-1毒株的基因变异和进化特征1、云南省HIV-1毒株的基因亚型及分布:(1)云南省流行的HIV-1毒株种类多样,按照构成比大小依次为CRF08_BC、CRF01_AE、CRF07_BC、未知重组型及C亚型和B(B’)亚型。(2)云南各地HIV-1毒株的分布不同,大致可分为4种:a)以临沧为代表,包括邻近的保山和大理:以CRF08_BC为主,占到70%以上,而CRF01_AE仅为1/6或更少;b)德宏地区:CRF08_BC与CRF01_AE的构成比类似,各约占1/4,未知重组型则占到1/3;c)西双版纳和普洱地区:CRF01_AE稍多于CRF08_BC,二者占到了80%以上;d)昆明和红河地区:CRF08_BC比CRF01_AE的比例大,CRF07_BC所占的比例(分别为18.0%和19.5%)较高,且均有部分未知重组型。(3)未知重组型在少数民族中的所占的比例(17.0%)显着高于在汉族中的比例(6.7%)(P<0.01)。(4)在两种主要传播途径—异性性接触和IDUs中,亚型分布具有显着差异(P<0.01)。在异性性接触途径中,CRF08_BC和CRF01_AE占主导,分别为52.7%和29.1%,而在IDUs中,CRF08_BC亦占到一半,未知重组型和CRF07_BC的比例一样,均为15.5%,但CRF01_AE仅为5.4%。2、CRF08_BC毒株的系统进化特征:(1)异性性接触人群及IUDs人群均未发现同一地区序列完全聚集的现象,表明CRF08_BC流行毒株在云南的传播几乎没有地区局限性;(2)在异性性传播人群中,CRF08_BC在临沧地区分布较散,与其它地区人群的毒株交叉较多,但有一个相对分开的包括其他5个地区的进化簇,以西双版纳的毒株最多,提示西双版纳的异性性传播人群中可能存在相对临沧独立的人群。(3)在IDUs中,6条红河-IDUs和2条昆明-IDUs序列与广西、云南文山以及辽宁的参考序列聚集成簇,而广西的参考序列(97CNGX6F、97CNGX7F、97CNGX9F)是我国最早发现的CRF08_BC毒株,表明红河和昆明的IDUs人群可能是云南最早与广西有传播关系的人群。云南其它地区的IDUs则完全散在分布在异性性接触人群中,系统进化树中没有超过3条序列聚集的情况,表明CRF08_BC在云南IDUs人群中的传播没有明显的区域和人群聚集性。3、CRF01_AE毒株的系统进化特征:云南的HIV-1 CRF01_AE流行毒株在系统进化树中有叁个明显的进化簇:簇1为9条临沧-异性性传播人群序列,与7条泰国历史参考株聚集;进化簇2为11条西双版纳-异性性传播人群的序列,与10条越南历史参考株和3条广西现代参考株聚集;簇3为9条西双版纳-异性性传播人群序列,与3条福建现代参考株聚集。其它地区的序列则交叉分散。从各地的流行时间推断,临沧地区的CRF01_AE可能来自泰国,西双版纳地区的则可能来自越南,而广西、福建等地CRF01_AE可能与西双版纳有传播关系。4、CRF07_BC毒株的系统进化特征:42条CRF07_BC gag-pol序列与参考株形成一个大簇,新疆2005年的参考株位于簇中,1997年的参考株株靠近簇的外侧。各地的流行毒株彼此交错,无明显聚集,异性性接触人群和IDUs也没有聚集成簇,表明CRF07_BC在云南的流行传播无明显地区和人群聚集性。5、未知重组型的鉴定和分布:(1)共发现63株未知重组毒株,占10.2%。重组模式包括3种:B(B’)/C(47例)、CRF_01AE/B(B’)/C(12例)和CRF_01AE/C(4例)。鉴定出3组具有的相似重组断点的序列,绘制出各组的重组镶嵌模式图。(2)未知重组毒株的分布:传播途径方面以异性性接触(30例)和IDUs(19例)为主。在IDUs中占的比例为15.5%,显着大于异性性传播人群(7.75%)(P<0.01)。在重组模式方面,在IDUs中几乎全是B/C重组(18/19),而在异性性传播人群中CRF_01AE/B(B’)/C和CRF_01AE/C模式占到了40%(11/28);在地区分布方面,德宏地区的未知重组型最多,占总数的一半,且大部分集中在IDUs人群中;昆明及邻近的红河未知重组型主要分布在异性性传播人群;在感染人数最多的临沧地区未知重组型却非常少。6、gag-pol序列和env C2V3序列的基因离散率和选择压力:(1)gag-pol序列的基因离散率,B(B’)亚型最大(6.15±2.00)%,然后从大到小依次为C亚型(3.09±0.94)%,CRF01_AE(2.19±0.36)%,CRF07_BC(2.77±0.48)%,CRF08_BC最小(1.17±0.31)%。各亚型中gag序列的基因离散率均大于pol序列。在gag基因的编码区段中,各个亚型有相同的规律,即P17与P2P6区段的基因离散率较大,P24区段较小;在pol基因的编码区段中,各个亚型的大小规律有一定的差异。各亚型env C2V3序列的基因离散率均比gag-pol序列大。(2)gag-pol序列所有编码区段的globleω(dN/dS)均<1,受到负向选择压力,各亚型中P17区段的globleω值最大(0.50±0.05),P2P6区段次之(0.36±0.03),其余区段的globleω值均较小。env C2V3序列的globleω值在各亚型中均接近1。无论gag-pol序列env C2V3序列,各亚型之间受到的选择压力均相似。7、env C2V3序列的V3环顶端四肽和辅助受体预测:(1)B(B’)亚型流行毒株的V3环顶端四肽主要以GPGR为主,所占比例为94.7%,而C亚型(CRF07/08_BC)和CRF01_AE则以GPGQ为主,所占比例分别为97.8%和76.5%,CRF01_AE的顶端四肽模式多达6种,相对其它亚型更为复杂。(2)B(B’)亚型流行毒株中可能使用CCR5辅助受体和CXCR4辅助受体的毒株几乎各占一半,而C亚型(CRF07/08_BC)和CRF01_AE流行毒株则都可能以使用CCR5辅助受体为主,所占比例分别高达98.3%和88.6%。叁、广西HIV-1流行毒株的基因变异和分子进化特征1、广西HIV-1毒株的基因亚型及分布:(1)广西流行的HIV-1毒株种类多样,按照构成比大小依次为CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC、未知重组型、B(B’)亚型、G亚型。(2)毒株的传播途径分布,CRF01_AE在叁种主要传播途径中均占优势,在异性性传播占79.5%、在IUDs占58.8%、在同性性传播占71.4%。在异性性传播人群中还有大量CRF07_BC、CRF08_BC、B(B')和未知重组型。叁种感染途径的亚型构成有显着性差异(P<0.01)。(3)异性性传播是广西最主要的HIV传播途径,在这个人群中CRF01_AE毒株的比例在10个地区都超过80%,在4个地区为100%,仅在南宁、钦州和百色为50-60%。异性性传播人群中CRF07_BC和CRF08_BC仅占6.3%和10.6%,其中CRF07_BC绝大部分在南宁,CRF08_BC则主要分布在南宁和崇左。2、CRF01_AE毒株的系统进化特征:在系统进化树上,按照N>3,Bootstrap值>70%的原则,发现CRF01_AE毒株形成2个较大的进化簇(簇1、簇2)和2个较小的进化簇(簇3、簇4)。簇1中没有国外的参考序列,簇中广西和福建参考序列都是年代较近的序列,而簇2中的参考序列大部分为越南早期的序列,而3条广西参考株包括了1997年最早在广西发现的参考株(97CNGX2F),由此推断,簇1中的流行毒株可能源自国内,而簇2中的流行毒株可能源自越南。3、CRF07_BC、CRF08_BC和B(B’)亚型的系统进化特征:CRF08_BC毒株以来自南宁地区为最多,通过系统进化树分析,发现其它地区的毒株序列均与南宁的毒株序列聚集在一起;CRF07_BC的进化簇也以南宁的序列占优势,其它地区的序列与之聚集,其中有一个由8条来自南宁异性性传播人群的序列聚集在一起的进化簇,表明南宁可能存在CRF07_BC毒株的局部流行。4条B亚型序列中,河池的2条序列与泰国B亚型参考序列聚集,而且这两条序列形成了一个Bootstrap值为99%的进化枝,表明二者很大可能为传播关系。4、未知重组毒株的分析:共发现7株未知重组型毒株,占2.6%。7株中有6株以CRF01_AE为母株与B和(或)C亚型毒株重组,其中01_AE/B重组3条,01_AE/C重组1条,01_AE/B/C重组2条,与CRF01_AE是当前广西地区流行的主要毒株有关。还发现了1例在gag-po l区由CRF_07BC和CRF_08BC毒株重组形成的的二代重组毒株,基因序列分析显示该毒株是以CRF07_BC为骨架,在pol区有两段794bp和782bp的CRF08_BC片段插入。5、gag-pol序列和env C2V3序列的基因离散率和选择压力特征:(1)gag-pol序列的基因离散率,B(B’)亚型最大(4.41±2.18)%,然后为CRF08_BC(2.72±0.52)%,CRF07_BC(2.37±1.04)%,CRF01_AE最小为(2.09±1.16)%。除B(B’)亚型外,其它亚型中gag序列的基因离散率均大于pol序列。在gag基因的编码区段中,P17与P2P6区段的基因离散率较大,P24区段较小,在pol基因的编码区段中,各个亚型的大小规律有一定的差异。各亚型env C2V3序列的基因离散率均比gag-pol序列大。(2)gag-pol序列所有编码区段的globleω(ω= dN/dS)均<1,受到负向选择压力,各亚型中P17区段的globleω值最大,P2P6区段次之,其余区段均较小。各亚型之间受到的选择压力均相似。6、env C2V3序列的V3环顶端四肽和辅助受体预测:(1)B(B’)亚型流行毒株的V3环顶端四肽主要以GPGR为主,所占比例为83.3%,而C亚型(CRF07/08_BC)和CRF01_AE则以GPGQ为主,所占比例分别为100.0%和71.2%,CRF01_AE的顶端四肽模式多达7种,相对其它亚型更为复杂。(2)C亚型(CRF07/08_BC)和CRF01_AE流行毒株均以可能使用CCR5辅助受体为主,所占比例分别高达100.0%和91.5%。四、广西HIV-1主要流行毒株与云南毒株的传播关系及其起源时间云南和广西HIV-1流行毒株的基因亚型均以CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC为主,但叁种毒株在两地构成比却大相径庭。云南以CRF08_BC为主,CRF01_AE次之,CRF07_BC较少,与之前的报道基本一致,表明云南的HIV-1流行亚型基本趋于稳定;而广西以CRF01_AE占绝大部分,CRF07_BC和CRF08_BC则较少,亚型分布与之前的报道有较大差异,推测广西HIV-1流行亚型可能正在发生改变。本部分研究,通过系统进化的方法分析广西HIV-1主要流行毒株与云南流行毒株之间的关系,并运用Bayesian合并理论方法推断广西主要流行亚型的起源时间。1、广西与云南CRF01_AE流行毒株的关系及传入时间:第二部分研究中,在广西CRF01_AE流行毒株gag-pol序列系统进化树中,我们发现了2个较大的进化簇(簇A和簇B)。将这两簇序列与云南CRF01_AE 110条序列以及51条参考序列一起,分别绘制系统进化树,发现广西的CRF01_AE流行毒株其中的一簇很可能来自越南,与云南部分CRF01_AE流行毒株有一定的传播关系,另一簇来源不明,与云南毒株存在传播关系的可能性较小。广西CRF01_AE毒株簇A的gag-pol区段的进化速率为2.68×10~(-3)(95%HPD 2.15-3.12×10~(-3))替换/位点/年。推算CRF01_AE传入泰国的时间为1982.4年(95%HPD 1980.1-1986.3),传入越南北部和广西的时间为1996.3年(95%HPD 1994.7-1997.0)。广西CRF01_AE的簇A可能由福建传入,并可能存在多个时间点的传播事件,而且该簇毒株进入我国的时间要早于CRF01_AE流行毒株从越南北部传入我国广西。簇B流行毒株gag-pol区段的进化速率为2.56×10~(-3)(95%HPD 2.26-2.88×10~(-3))替换/位点/年,推测簇B毒株传入越南北部和广西的时间为1993.1年(95%HPD 1991.4-1995.1)。CRF01_AE簇B株在1993年左右从越南北部传到与之接壤的我国广西崇左,以及邻近的北海、防城港和钦州地区,逐渐向中部的南宁扩散,在1996年左右传入河池地区。2、广西与云南CRF07_BC流行毒株的关系:从进化树上可以看到,广西CRF07_BC流行毒株形成了3个可靠的进化簇(Bootstrap值均为99%),仅簇1同时有云南和广西的序列,但云南的毒株为偶发的职业暴露感染,簇2和簇3都为广西内部的序列聚集成簇,提示当前广西的CRF07_BC流行毒株与云南的流行毒株存在直接传播关系的可能性较小。CRF07_BC流行毒株gag-pol区段的进化速率为1.84×10~(-3)(95%HPD 1.49-2.19×10~(-3))替换/位点/年。CRF07_BC流行毒株进入广西的时间为1991.4年(95%HPD 1990.0-1994.6)。广西的CRF07_BC流行毒株形成了3个较可靠(后验概率>0.7)的次级进化簇(簇1、簇2、簇3)。推测簇1中的毒株源于云南。簇2祖先株形成时间(tMRCA)为6.2年(95%HPD 4.7-7.0)、簇3祖先株形成时间tMRCA为5.8年(95%HPD 3.8-6.5)。推测广西CRF07_BC流行毒株的起源时间在1991年左右,来源相对复杂,最早的来源可能为云南,而在南宁流行的部分毒株可能为2004年左右传入,来源尚不能确定。3、广西与云南CRF08_BC流行毒株的传播关系:大部分广西CRF08_BC序列均与广西1997年的参考序列聚集在一起,仅有少数序列与云南的序列聚集。推测云南的CRF08_BC通过IDUs传入广西百色,由于奠基者效应,形成了与云南不完全相同的相对独立的流行。我国CRF08_BC流行毒株gag-pol区段的进化速率为2.44×10~(-3) (95%HPD 2.10-2.78×10~(-3))替换/位点/年,起源时间为1993.0年(95%HPD 1990.3-1994.6)。广西CRF08_BC流行毒株有22条与广西1997年的参考株聚集成簇(后验概率>0.7),最近祖先形成时间(tMRCA )即为CRF08_BC传入广西的时间,为1997.3年(95%HPD 1996.1-1997.4)。该簇毒株与2000年云南文山和红河的参考株形成可靠的进化簇,可以推测,广西CRF08_BC流行毒株由云南的文山、红河等地传入。另外,广西CRF08_BC流行毒株大部分只与最早进入广西的参考株聚集,而与云南的CRF08_BC流行毒株分开,再次提示CRF08_BC进入广西后,由于奠基者效应,形成了相对于云南独立的流行。
苗文泉[5]2008年在《我国部分地区HIV-1毒株的分离培养与基因序列特征研究》文中提出分离我国流行的HIV毒株并进行相关基因序列特征的分析是建立我国HIV毒种库,认识我国HIV的生物学特征、分析其流行和变异重组规律的重要基础;全基因组的序列测定有助于阐明毒株的进化特征,可以为有关病毒流行特征等方面的研究提供一个完整、清楚的遗传学和分子生物学背景。本研究首先对我国部分地区流行的HIV-1毒株进行分离培养,对其中的部分毒株进行了gag, pol, env基因特征进行分析,对2株病毒进行了全基因组序列测定和研究。目的分离我国部分地区流行的HIV-1毒株,了解分离毒株的生物学及基因序列特征。方法用外周血单核细胞(PBMCs)体外共培养的方法从我国HIV-1感染者中分离原代HIV-1毒株,分析毒株的体外生长动力学特征和融合诱导性。提取病毒基因组RNA,反转录PCR扩增病毒的gag,pol,env区基因并进行序列测定,使用软件Clustal,BioEdit version,MEGA3.1对基因序列特征进行分析。提取NX2、SH52两个HIV-1毒株的前病毒基因组DNA,套式PCR方法扩增全长基因组并分段测序,使用SimPlot软件进行基因序列重组分析。结果将本室冻存的67株初步分离呈阳性反应的毒株复苏传代,得到37株稳定传代的病毒;从5个省市的270名HIV-1感染者外周血中分离出58株HIV-1原代毒株。分离株的体外生长动力学呈现快/高、慢/高、慢/低叁种类型。病毒载量越高分离的阳性率(HC=78.959,χ~2_((1)0.01)=6.63.P<0.01)越高、同时病毒分离株呈快高型生长的比例增大。52株分离株的序列呈现B(欧美B、泰国B’)、CRF01_AE重组、CRF_BC重组和G 4种亚型;以B亚型分布最广,CRF01_AE重组株主要分布在广西,上海发现G亚型病毒。V3环顶端四肽GPGR广泛的分布于B亚型和CRF_AE亚型中。CRF01_AE亚型毒株的V3环平均净电荷数略高于B亚型;基因离散率分析显示,env基因离散率远高于gag和pol基因;CRF01_AE亚型病毒pol和env区基因离散率均在叁种亚型中最高。表型预测显示多数为利用CCR5辅助受体、M嗜性的毒株。扩增得到NX2 08BC重组亚型和SH52 G亚型全长基因组序列。NX2 CRF08_BC重组亚型在3个位置发生重组,分别位于gag,pol和nef区,重组位点位于1000nt,2600nt和9200nt。结论传代分离出我国部分地区的HIV-1流行毒株95株;毒株呈现多种体外复制动力学特征,并与血浆HIV-1病毒载量水平相关;毒株呈现多种亚型(B、CRF01_AE重组、CRF_BC和G),在不同传播途径和地区具有不同的分布;env基因离散率远高于gag和pol基因, HIV-1毒株多数是不致细胞病变的M嗜性、NSI表型;V3环序列变化较大。得到2株HIV-1毒株的全长基因组序列,亚型分别为CRF08_BC和G亚型。
罗皓[6]2005年在《广西HIV-1重组流行株基因变异的研究和快速基因分型方法的建立》文中认为目的:(1)研究广西 HIV-1 重组流行株亚型 env 基因 V3-V4 区及其临近区域的基因变异和其与生物表型之间的关系。(2)建立一种快速基因分型方法,对广西 HIV-1 重组流行株进行亚型鉴定。方法:(1)应用 nest-PCR 对 50 份来自广西主要流行区的 HIV-1 毒株 env 和 gag 基因区进行扩增后,使用 ABI 310型测序仪测序,然后应用 CLUSTAL、MEGA 和 dnatools 等生物学软件对 env基因区 V3-V4 区及其临近区域进行系统树和氨基酸分析。(2)从 50 份 HIV阳性样品中提取核酸,使用 HIV-1 M 组通用引物对 env 和 gag 基因区进行第一轮扩增,第二轮使用分别检测 C、CRF01-AE 亚型的二套特异性引物放入同一反应管中进行扩增,根据不同亚型扩增的目的条带位置不同来判断亚型;另外对 gag 基因区设计了一套引物,专用于检测 B′/C;同时使用通用的内侧引物进行扩增,以验证特异性引物是否正确,扩增出的所有样品均进行基因测序和系统树分析以验证结果。结果:(1)从 50 份毒株中获得 46 份基因序列,3 份为 CRF08-BC(6.52%),43 份为 CRF01-AE(93.48%);系统树分析显示,3 份 CRF08-BC 中 2 份与 CRF08-BC.98CN006 和 CRF08-BC.97CNGX6f靠近,还有 1 份样品则接近 C.95IN21068;43 份 CRF01-AE 重组毒株中 41 份与分离于广西地区的 CRF01-AE.97CNGX2f 和泰国代表毒株 THCM240 接近,另外 2 份与 90CF402 聚成一簇;24 份毒株 env V3-V4 区核苷酸序列分析显示,广西的样本与分离于该地区的代表毒株基因距离较小,CRF08-BC 和CRF01-AE 重组毒株的氨基酸替换主要发生在 C3 和 V4 区,而 V3 区氨基酸序列相对保守;46 份毒株 V3 区及临近基因区氨基酸序列分析显示,CRF08-BC毒株 V3 顶端四肽为 GPGQ,而 CRF01-AE 毒株则存在着 7 种类型:GPGQ
郭飞飞[7]2012年在《山西省部分地区HIV-1毒株基因变异特征研究》文中研究指明为了研究山西省部分地区有偿献血人员中流行的HIV-1gag、pol、env基因亚型和基因变异特征,本研究从HIV-1感染者外周血单核细胞(PBMC)中提取HIV-1cDNA,使用巢式PCR (Nested PCR)扩增gag基因p17-p24片段、pol基因PR-RT片段、env基因C2-V5片段并构建相应克隆株进行序列分析。本课题共采集66份血样,其中gag基因扩增出55份样本(包含55条巢式PCR优势序列,1173条克隆序列),pol基因扩增出52份样本(包含52条巢式PCR优势序列,809条克隆序列),env基因扩增出46份样本(46条巢式PCR优势序列,874条克隆序列)。利用Mega5.0、Bioedit、Vector NTI、SPSS17.0生物信息学工具和HIV databases、HIV Drug Resistance Database、NCBI Nucleotide数据库进行数据分析。通过对gag、pol、env叁个结构基因进行系统进化树分析,我们发现样本033、102、031、026、029的env基因与C亚型参考株DQ275655C聚在一起构成一个分支；样本117、103的env基因与CRF01_AE亚型参考株U54771CRF01AE聚在一起构成一个分支；其余样本均和B亚型参考株K03455、U71182聚在一起构成一个分支。综合叁个基因片段的分析结果,我们认为该人群的主要流行株属于B亚型；样本033、102、031、026、029属于B亚型与C亚型的重组体；样本117、103属于CRF01_AE与B亚型的重组体。通过对氨基酸序列的同义替换率(ds)和非同义替换率(dn)进行比较,我们发现gag基因、pol基因和env基因C4、V5片段中氨基酸的同义替换率大于非同义替换率表现为纯化选择；env基因中C2、V3、C3、V4片段氨基酸的同义替换率等于非同义替换率表现为中性进化。纯化选择对于HIV-1来说有利于去除有害突变,保持现有的结构和功能不发生改变。中性进化则说明该部分基因发生的突变对HIV-1来说无所谓有利或不利,是遗传漂变的结果,与自然选择无关。本研究在Gag蛋白中发现了108个糖基化位点,分布于2个特定位置,均为N-X-T型。该区域的糖基化位点非常保守,仅有8个位点发生突变。由于Gag蛋白位于HIV-1分子的内部,并不能直接参与中和抗体的免疫应答,所以即使该位点发生糖基化位点缺失也不会对病毒逃避体液免疫有较大的影响。我们在46份Env蛋白样本中共发现439个N-糖基化位点,它们集中分布在每个样本的13个特定位置上。V3环发现一个固定的N-糖基化位点,C2、C3两个片段与V3环紧邻的位置各发现一个糖基化位点,而V3环又是重要的中和抗体决定簇,因此推测这叁个糖基化位点可能与保护HIV-1分子免受中和抗体攻击有关。C3、V4片段糖基化位点较多,C4、V5各发现一个糖基化位点(本实验V5仅扩增部分片段)。V4片段的N-糖基化位点丢失率较高,386-388、401-403、413-415位糖基化位点丢失率分别为27%、51%、44%；V5片段463-465糖基化位点丢失率为38%；C3片段362-364糖基化位点丢失率为33%。本研究利用叁种方法Web PSSM、Geno2pheno、11/25规则对HIV-1使用的辅助受体类型进行预测,经统计学检验发现结果没有差异,说明这叁种方法的预测结果没有区别。进一步利用WebLogo程序比较R5嗜性毒株和X4嗜性毒株氨基酸共有序列的差异,结果发现这两类毒株的第4、12、16、19、26、27、30、33位氨基酸均为疏水性氨基酸。而X4嗜性毒株第6位N-糖基化位点缺失,第11位氨基酸为R,顶端四肽主要是GPGR。第14位氨基酸由R5嗜性毒株的疏水性氨基酸转变为亲水性氨基酸,19-22位氨基酸与R5嗜性毒株相比疏水性钱基减少,亲水性残基增加。通过对耐药突变位点的分析,我们共发现74个主要耐药突变位点。NRTI、 NNRTI、PI相关耐药突变位点分别占主要耐药突变位点的64%(47/74)、25%(19/74)、11%(8/74)。其中M184V、V75I突变频率较高,分别占28%(21/74)、20%(12/74)。AZT、3TC、D4T、NVP、EFV是最常用的一线药物,其耐药率依次为0.4%(3/748)、3.2%(24/748)、0.53%(4/748)、1.3%(10/748)、1.3%(10/748)。虽然我们在克隆序列中检测到了NRTI、NNRTI、PI相关的主要耐药突变位点,但从总体来看,大多数毒株对常规抗病毒药物仍敏感,使用HARRT治疗方案依然有效。
陈慧萍, 褚小刚, 詹发先, 汤恒, 彭国平[8]2008年在《湖北省HIV-1 B′亚型核心蛋白基因序列分析》文中进行了进一步梳理目的分析湖北省人类免疫缺陷病毒(HIV-1)主要流行株核心蛋白(gag)基因P17/24区序列特征,了解其流行特点和变异规律。方法对湖北省HIV-1主要流行区域进行流行病学调查,应用巢式聚合酶链反应对102例HI V-1感染者的gag基因P17/24区进行扩增,对阳性扩增样本进行基因测序和序列分析。结果湖北省共发现4种HI V亚型和重组亚型,B′亚型占82.69%,B′/C重组毒株、CRF01-AE重组毒株各占7.69%,C亚型占1.92%;基因序列分析显示,湖北省HIV-1B′亚型与我国河南和云南省等地的毒株有较高的同源性;氨基酸序列变异分析显示,HIV-1B′亚型毒株gag基因P17/24区发生不同程度的变异,P17突变位点较多,P24较为保守。结论B′亚型依然是湖北省HI V优势流行株,HIV-1在湖北省有加快流行和进一步复杂化的趋势。
房恩贞[9]2009年在《云南省静脉吸毒人群HIV-1分子流行病学研究》文中认为艾滋病(AIDS),即获得性免疫缺陷综合症,是由人类免疫缺陷病毒(HⅣ)慢性感染而引起。自1981年发现第一例艾滋病病人以来,AIDS已发展成严重危害人类健康的全球性流行病。HIV-1一个重要的生物学特性是基因序列的高度变异性,使得HIV-1在传播过程中产生了许多亚型和重组型,并具有时间性和地区性的分布特征。目前,云南省静脉吸毒人群仍是我国艾滋病感染率最高的人群之一,并以此为中心向普通人群扩散。鉴于云南省在我国HIV-1流行病学中的特殊地位,研究现时段云南省HIV-1的分子流行病特点,不仅有助于了解HIV-1传播规律,预测将来的流行态势,对HIV-1感染的预防控制以及疫苗的研制也具有重要意义。本研究利用简单快速的RT-Nested-PCR方法对来自云南省大理和开远的42例HIV-1毒株分gag-(P17-P24)、gag-Prot、RT叁个区段分别进行扩增,扩增长度分别为1160bp,885bp,1010bp。最终得到有效基因序列gag-(P17-P24)为31份(73.8%),gag-Prot为41份(97.6%),RT为30份(71.4%)。将有效基因序列分段或拼接得到P17、P24、Pr、RT、P17-P24、P17-Pr、Pr-RT和P17-RT8个区段序列,分别进行系统进化分析。比较分型结果显示：无论是单独利用P17、P24基因区段还是联合P17-P24基因区进行亚型鉴定都存在一定的局限性,尤其对同源相似性较高的目的基因序列缺乏有效的区分能力；基于Pr、RT、gag(P17-Pr)、gag-pol(Pr-RT)基因区的测序分型方法能够相对稳定有效的鉴定一般亚型和中国流行的两种主要B'/C重组型,但对于形成复杂重组结构的毒株却无法准确的鉴定。基于P17-RT长约2.6kb的基因区域进行测序分型则是全长测序较好的替代方法,因为这个基因区包括了我国主要流行的CRF07和CRF08-BC重组毒株截然不同的重组位点,对于实验室小工作量的研究中,足以确定所有HIV-1亚型和我国主要的重组型。本研究在建立P17-RT基因区有效分型的基础上,对42份样本进行基因亚型分析发现：HIV-1在云南省静脉吸毒人群中以CRF08-BC重组模式为主要的流行型(开远,50.0%；大理,92.3%),却很少发现CRF07-BC(7.1%),另有6例样品是介于CRF07和CRF08-BC重组模式之间,经不同基因区的分型结果均有所不同,暂时命名为URFs-BC,占样本总数的14.3%。为进一步研究云南省静脉吸毒人群中HIV-1重组毒株的断点分布情况,我们重点分析了27例样品高度保守的gag-pol (2.6kb)基因区,通过Simplot软件分析,得出以下结论：CRF08_BCs和CRF07_BCs重组毒株在高度保守的gag-pol区仍以C亚型为主要骨架,在其不同位置上插入了两段和叁段来自中国B’亚型的重组片段。而6个独特重组型(URFs)各有不同的重组形式,并且出现了明显的CRF07和CRF08-BC重组的相对重组断点。毒株DL310在2448-2472nt、3109-3207 nt、3250-3372 nt分别出现了叁个可能的重组断点。毒株KY104的两个相对重组断点出现在1534bp-1619 nt和1654-2134 nt。KY137毒株的两个重组断点,分别位于1612-1619 nt和1654-1968 nt。毒株KY117的断点位于1612-1619 nt、2170-2188 nt、2617-2943 nt、3069-3255 nt; KY118的断点出现在1425-1507 nt、2067-2134 nt、2617-2712 nt、3207-3255 nt.毒株KY139相对重组断点位于2067-2092nt、2397-2511 nt和2601-2616 nt.进一步分段进化树和Information sites分析验证,绝大多数重组片段的Bootstrap值相对高于70%,并且Chi-Square (Pearson)检验均具有显着统计学意义,充分证实这6例URFs-BC毒株2.6kb的基因序列是在流行于中国的CRF07、CRF08-BC重组型的基础上,发生二次重组而成。综上所述,本研究建立了简便而有效测序分型方法,基于该方法我们对现阶段云南省静脉吸毒所致HIV-1感染人群的流行现状进行了较为系统的研究,为HIV-1感染者的药物治疗、预防控制措施的制定以及疫苗的研究提供了重要的分子流行病学资料。
赵曙光[10]2007年在《中国HIV-1B亚型Gag、Nef、Pol和Env区保守性CTL表位的鉴定》文中研究说明获得性免疫缺陷综合征(AIDS)绝大多数是由人类免疫缺陷病毒I型(HIV-1)引起的全球流行的传染病,并成为人类主要的致死性疾病之一。据联合国艾滋病规划署和世界卫生组织公布的《2006年世界艾滋病报告》估计,自1981年首次发现HIV-1感染者以来,2006年全球感染人数已达3950万人,新增430万名患者。全球每天有1.1万人感染HIV,同时每天有8000名感染者死亡。高效抗逆转录病毒疗法(HAART)虽能降低部分患者病毒含量,重建部分免疫功能,延缓病情发展,改善症状,但因药物副作用而使许多患者难以耐受,依从差,更为重要的是HAART不能完全清除病毒。所以寻找有效HIV-1疫苗是目前迫切需要解决的问题。大量研究证明细胞免疫特别是HIV-1特异性CTL应答反应在控制HIV-1感染中起关键作用,故研发以诱导HIV-1特异性CTL应答为目的的疫苗意义重大。开发此类疫苗首先要确定能诱导强的HIV-1特异性CTL应答并具有广泛免疫原性的特异性表位。有效的HIV-1特异性CTL应答不仅由抗原结构决定,同时受HLA-I等位基因限制,因此在筛选和鉴定具有强的和广泛作用的HIV-1特异性CTL表位时,研究表位的HLA-错误!未找到引用源。类分子的限制性是不可缺少的工作。不同人群HLA-错误!未找到引用源。等位基因分布频率不同,决定了不同人群HIV-1的CTL应答模式不同,所以在不同人群筛选可用于研制疫苗的表位非常必要。中国作为世界人口最多的国家,存在许多潜在的HIV-1蔓延危险因素,2006年底统计估计已有65万人感染HIV-1,开发有效疫苗是控制HIV-1感染的最佳途径。中国人群常见HLA-错误!未找到引用源。等位基因分布频率不同于白种人群,HIV-1病毒主要流行株与国外也存在差异,这就决定了中国人群对HIV-1的CTL应答模式不同于白种人及黑人。故筛选出中国人群常见等位基因限制的HIV-1特异性CTL表位将对研发针对中国人群诱导特异性CTL应答的HIV-1疫苗具有重要的现实意义。HIV-1B亚型是中国的主要流行亚型,同时HIV-1B亚型诱导的特异性CTL应答具有交叉性,因此,本研究选择HIV-1B亚型感染者为研究对象,用ELISpot法检测覆盖HIV-1B全基因序列肽库诱导的CTL应答反应,分析中国人群HIV-1B感染者HIV-1特异性CTL应答特征,确定免疫优势应答区域。通过对病毒基因和多肽序列进行分析,进一步筛选出具有保守性的免疫优势区域,结合对患者HLA-错误!未找到引用源。基因分型,选择携带中国人群常见等位基因并对该区域应答的患者,结合数据库中已确定的表位,对这些区域中常见等位基因限制的表位进一步确证,从而筛选出可用于研发针对中国人群的HIV-1疫苗所需表位。主要研究内容和结果如下:1.采用多重套式PCR方法扩增Gag基因,根据结果确定12例HIV-1B感染者。结合以前分型结果,共选择66例感染者为研究对象,用PCR-SSP(系列特异性引物)技术鉴定HLA-I型等位基因分型,发现研究人群8个HLA-错误!未找到引用源。类基因型A*02,A*24,A*11,B*13,Cw*03,Cw*07,Cw*01,Cw*06分布频率大于10%,与以前的结果一致,基因型B*15,B*40略低于大规模调查结果,提示本研究人群能较好的代表中国人群。2.用ELISpot法检测HIV-1B感染者覆盖HIV-1B全基因共享序列肽库诱导的CTL应答反应,共发现14个免疫优势区,分布在Gag、Pol、Env、Nef蛋白区,其中6个位于Gag区, 1个位于Pol区, 3个位于Env区,4个位于Nef区,与白种人群和非洲人群观察的结果相似,但从每个蛋白的具体肽段分析,则存在明显差异。3.对部分病毒基因测序,结合Los Alamos数据库中已公布的中国地区HIV-1B亚型序列对确定的14个免疫优势区进行分析,除位于Pol的免疫优势区外,其他免疫优势区基因序列变异程度显着低于相对应全基因序列,氨基酸序列变异程度显着低于相应蛋白氨基酸序列,提示这些免疫优势区具有高度的保守性。4.在确定的免疫优势区中发现21个中国人群常见等位基因限制的表位,其中11个表位(VKVVEEKAF,EKAFSPEV,FSPEVIPMF, SPEVIPMF, VIPM FSAL,TPQDLNTM, EGATPQDL,GQMREPRGSDI,YVDRFYKTL,RDYV DRFFKT, TLRAEQATQD)位于Gag区,6个表位(QVPLRPMTYK, WIYHT QGYF,TQGYFPDWQNY,GYFPDWQNY, YFPDWQNYT, NYTPGPGVR Y)位于Nef区;4个表位(LWVTVYYGV,TVYYGVPVWK,VYYGVP VWKEA,RAIEAQQHL)位于Env区。由于Nef区表位诱导的CTL应答可能是非保护性的,故疫苗设计中应注意删除,而位于Gag和Env区的表位诱导的CTL应答可能具有保护作用,可用于构建针对中国人群的HIV疫苗。综上所述,中国人群HIV-1B亚型感染者HIV-1特异性CTL应答模式与白种人群和非洲人群存在明显不同;本课题中共确定14个免疫优势区,绝大部分免疫优势区具有高度的保守性,其中共发现21个中国人群常见等位基因限制的表位,能诱导强大的CTL应答的保守性表位,对于研发针对中国人群的安全、有效的HIV疫苗可能具有重要的现实意义。
参考文献：
[1]. 中国HIV主要流行株核心蛋白（GAG）基因变异规律的研究[D]. 关琪. 大连医科大学. 2003
[2]. 我国HIV-1主要流行地区B'亚型与CRF07_BC重组毒株遗传变异分析[D]. 宋艳辉. 中国科学院研究生院（武汉病毒研究所）. 2007
[3]. 中国HIV-1B’毒株gag基因变异特征研究[D]. 周晓兰. 中国疾病预防控制中心. 2009
[4]. 云南和广西HIV-1流行毒株的基因变异和分子进化研究[D]. 陈立力. 中国人民解放军军事医学科学院. 2011
[5]. 我国部分地区HIV-1毒株的分离培养与基因序列特征研究[D]. 苗文泉. 中国人民解放军军事医学科学院. 2008
[6]. 广西HIV-1重组流行株基因变异的研究和快速基因分型方法的建立[D]. 罗皓. 广西医科大学. 2005
[7]. 山西省部分地区HIV-1毒株基因变异特征研究[D]. 郭飞飞. 中国疾病预防控制中心. 2012
[8]. 湖北省HIV-1 B′亚型核心蛋白基因序列分析[J]. 陈慧萍, 褚小刚, 詹发先, 汤恒, 彭国平. 中国公共卫生. 2008
[9]. 云南省静脉吸毒人群HIV-1分子流行病学研究[D]. 房恩贞. 昆明理工大学. 2009
[10]. 中国HIV-1B亚型Gag、Nef、Pol和Env区保守性CTL表位的鉴定[D]. 赵曙光. 第四军医大学. 2007
标签：基础医学论文; 基因变异论文; 重组蛋白论文; 序列模式论文; 基因位点论文; 人群特征论文; 科普论文; gag论文;