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为鼓励企业开展研发活动，企业所得税法规定，企业开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用计入当期损益未形成无形资产的，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额；研发费用形成无形资产的，按照该无形资产成本的150%在税前摊销。企业实际发生的研究开发费，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，加计扣除只能是在年度终了进行所得税年度申报和汇算清缴时依法计算扣除。根据《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》的有关规定，下列八种情况下发生的研发费用不得加计扣除：
一、非居民企业以及财务核算不健全或不能准确归集研究开发费用的居民企业发生的研究开发费用不得加计扣除
《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》第二条规定：“本办法适用于财务核算健全并能准确归集研究开发费用的居民企业”。根据企业所得税法的规定，居民企业是指依法在中国境内成立（包括依照中国法律、行政法规在中国境内成立的企业、事业单位、社会团体以及其他取得收入的组织），或者依照外国（地区）法律成立但实际管理机构在中国境内的企业。也就是说，财务核算不健全或不能准确归集研究开发费用的居民企业不得加计扣除；对非居民企业纳税人发生的研究开发费用也不得享受加计扣除的优惠政策。
二、不符合规定的研发活动发生的研究开发费用不得加计扣除
符合规定的研究开发活动是指，企业为获得科学与技术（不包括人文、社会科学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、工艺、产品（服务）而持续进行的具有明确目标的研究开发活动。创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、工艺、产品（服务），是指企业通过研究开发活动在技术、工艺、产品（服务）方面的创新取得了有价值的成果，对本地区（省、自治区、直辖市或计划单列市）相关行业的技术、工艺领先具有推动作用。因此，对非创造性运用科学技术新知识，或非实质性改进技术、工艺、产品（服务）发生的研究开发费用不得加计扣除。还有需要注意的是，可享受加计扣除的研发活动不包括企业产品（服务）的常规性升级或对公开的科研成果直接应用等活动（如直接采用公开的新工艺、材料、装置、产品、服务或知识等）。
三、不属于专门或直接用于研发活动的研究开发费用不得加计扣除
《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》列举了企业可享受加计扣除的八类研究开发费用，这些费用都强调相关性原则，即与研发活动直接有关的费用才能加计扣除：（一）新产品设计费、新工艺规程制定费以及与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费；（二）从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用；（三）在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴；（四）专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费；（五）专门用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用；（六）专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费；（七）勘探开发技术的现场试验费；（八）研发成果的论证、评审、验收费用。
企业应严格归集这八类费用，不能擅自扩大范围，不能将文件没有列举的费用列入研究开发费。如非研发活动直接消耗的材料、单位为研发人员缴纳的社会保险费与住房公积金、研发人员的差旅费与业务招待费用等项目，都不符合加计扣除的要求，企业在实务工作中要认真区分。
需要注意的是，在财务核算中，《财政部关于企业加强研发费用财务管理的若干意见》（财企[2007]194号）也规定了企业应当归集在“研发费用”科目的八类费用，但与《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》规定的八类可享受加计扣除的研发费用有所不同。比如会计制度规定“企业在职研发人员的工资、奖金、津贴、补贴、社会保险费、住房公积金等人工费用以及外聘研发人员的劳务费用”可列入“研发费用”科目，但税收政策上仅包括“在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴”。又如，会计制度规定，研究开发费用包括与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费、会议费、差旅费、办公费、外事费、研发人员培训费、培养费、专家咨询费、高新科技研发保险费用等，但税收政策中可加计扣除的研究开发费用并不包括这类费用。企业在计算应纳税所得额时，对于这些财务会计规定与税收法律、行政法规的规定不一致的，应当依照税收法律、法规的规定进行调整。
四、委托外单位进行开发，委托方已按规定加计扣除的，受托方不得再加计扣除
企业可以委托外单位进行研发活动，但委托方根据规定已享受加计扣除的优惠政策后，受托方不得再次加计扣除。也就是说，委托方、受托方不得重复享受税法规定的加计扣除政策。需要注意的是，对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，否则，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除。
五、未按规定报备的研究开发费用不得加计扣除
企业必须对研究开发费用实行专账管理，同时按照《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。企业应于年度汇算清缴所得税申报时向主管税务机关报送本办法规定的相应资料。企业在一个纳税年度内进行多个研究开发活动的，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研究开发费用额。对纳税人申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研究开发费用加计扣除。也就是说，研究开发费用的减免属于备案式减免，纳税人未按规定报备不得享受加计扣除的优惠政策。
企业申请研究开发费加计扣除时，应向主管税务机关报送如下资料：自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算；自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单；自主、委托、合作研究开发项目当年研究开发费用发生情况归集表；企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件；委托、合作研究开发项目的合同或协议；研究开发项目的效用情况说明、研究成果报告等资料。
六、企业集中研究开发所发生的研究开发费用未提供项目协议或合同的，不得加计扣除
企业集团根据生产经营和科技开发的实际情况，对技术要求高、投资数额大，需要由集团公司进行集中开发的研究开发项目，其实际发生的研究开发费，可以按照合理的分摊方法在受益集团成员公司间进行分摊。企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团应在申请加计扣除时，向税务机关提供集中研究开发项目的协议或合同，该协议或合同应明确规定参与各方在该研究开发项目中的权利和义务、费用分摊方法等内容。如不能提供协议或合同，研究开发费不得加计扣除。需要注意的是，对于母子公司之间的费用分摊，应按照《国家税务总局关于母子公司间提供服务支付费用有关企业所得税处理问题的通知》（国税发[2008]86号）规定执行并开具符合规定的发票。
七、研究开发费用划分不清的，不得享受加计扣除
实际工作中，有些企业的研发活动并不是由专门的内部研发机构承担，或者即使成立专门的研发机构，但该机构同时承担生产经营任务。对这种情况下发生的研究开发费用能否加计扣除，税法也作出了明确规定，即对企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，企业应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理地计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，一律不得实行加计扣除。另外，对不允许企业所得税前扣除的费用和支出项目，均不得计入研究开发费用。如企业所得税法实施条例第二十八条规定：“企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除”。如果企业将财政拨款（财政拨款属于不征税收入）用于研究开发费用的支出，则不得享受加计扣除优惠政策。
八、超过5年仍未扣除的，不再进行扣除
企业所得税法第十八条规定，企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。企业所得税法实施条例第十条规定，企业所得税法第五条所称亏损，是指企业依照企业所得税法和本条例的规定将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额。由此可见，企业不论当期是否亏损，都应当按实际发生的研究开发费用依法加计扣除，加计扣除后如果当期的应纳税所得额小于零，可以用以后年度实现的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。企业连续5年后仍未弥补完的，不论未弥补完的是加计扣除还是非加计扣除所产生的亏损，均不允许继续扣除。