一、HLA-DRB1基因芯片与PCR-SSP分型的比较（论文文献综述）
周春艳[1]（2021）在《新疆地区人群患乳糜泻的风险性》文中认为乳糜泻又称麸质敏感性肠病,是一种由携带了HLA-DQ2和HLA-DQ8基因的人群摄入含麸质蛋白的小麦、大麦和黑麦等谷物或其加工食品后引起的原发性小肠吸收不良综合征,同时是一种自身免疫性疾病。早期研究显示,新疆地区人群乳糜泻易感基因携带为我国各省市区最高,同时,该地区人群以面食为主粮,而且少数民族如维吾尔族、哈萨克族和回族与欧洲高加索人基因存在部分重叠。本研究工作开展之前,尚未有该地区的病例报道。由此可见,该地区人群患乳糜泻风险性值得高度关注。本研究工作首先招募新疆自治区人民医院消化科表现消化道临床症状患者,基于国际上已发表的乳糜泻诊断指南对符合纳入标准的2,277名患者进行乳糜泻筛查诊断;同时对乳糜泻特异性抗体anti-t TG Ig A阳性的37名患者行anti-EMA检测和HLA-DQA1和-DQB1位点基因分型以确诊乳糜泻自身免疫征患者;对乳糜泻自身免疫征发病关联因素进行探究,以及乳糜泻自身免疫征患者消化道症状和肠外症状进行描述和统计分析,初步获得新疆地区乳糜泻流行病学特征数据。其次,筛选符合人类学研究的汉族（n=70）、维吾尔族（n=71）、哈萨克族（n=52）和回族（n=40）受试者,对受试者的乳糜泻易感基因位点HLA-DRB1、-DQA1和-DQB1进行基因分型,同时纳入欧洲、中亚和其他亚洲人群的HLA-DRB1、-DQA1和-DQB1位点基因频率数据,并基于Nei氏遗传距离构建包括新疆四个主体民族在内的系统发育树,结合受试者乳糜泻易感基因频率数据,从遗传学角度研究新疆地区人群患乳糜泻的潜在风险性。最后,采用我国统计年鉴和各省市区统计年鉴中提供的小麦消费数据和我国高、中、弱筋小麦品种品质区划信息,对比分析新疆地区和我国其他地区麸质蛋白暴露水平;采用新疆统计年鉴提供的各地州市小麦消费数据（仅查到农村地区数据）并结合新疆高、中、弱筋小麦品质区划信息对新疆不同地州市麸质蛋白暴露水平进行评估;结合新疆不同地州市乳糜泻高发人群（少数民族和农村居民）人口数分布数据,探究不同麸质蛋白暴露水平下的各地州市人群患乳糜泻的风险性,实现从乳糜泻相关的主要环境诱因角度进一步评估新疆地区患乳糜泻的风险性。结果显示,新疆地区为乳糜泻高风险地区,乳糜泻患病率呈“冰山”现象。在较高的乳糜泻遗传风险和麸质蛋白暴露水平双重因素影响下,新疆人群患乳糜泻的风险可能高于我国其他省市区;新疆喀什地区乳糜泻高风险人群占比和麸质蛋白暴露水平最高,当地人群患乳糜泻的风险性为全疆最高。具体结果如下:1.对新疆地区表现消化道临床症状的人群进行筛查结果显示:经活检确诊的乳糜泻患病率为0.35%（95%CI:0.11%-0.59%）,乳糜泻自身免疫征患病率为1.27%（95%CI:0.81%-1.73%）,后者数据仅略低于美国表现临床症状人群中乳糜泻的患病率1.47%,表明新疆地区乳糜泻并非罕见疾病。2.经活检取证的8名乳糜泻患者均表达HLA-DQ2.5基因,表明该基因同样为新疆地区乳糜泻易感基因。3.新疆地区乳糜泻患病率受遗传因素（民族）和环境因素（居住地）影响。其中,汉族受试者的乳糜泻自身免疫征的患病率显着低于少数民族（0.79%vs.2.03%,p<0.05）;农村居民乳糜泻自身免疫征患病率显着高于城镇地区居民（3.16%vs.0.97%,p<0.01）。4.新疆地区乳糜泻自身免疫征患者消化道症状和肠外症状复杂多变,在表现腹泻、纳差和恶心和（或）呕吐的受试者中患病率高于2%;接近50%的乳糜泻自身免疫征患者具有肠外症状表现。5.新疆地区存在大量未诊断的乳糜泻患者,尤其在少数民族（主要是维吾尔族）、教育水平低和农村地区居住的人群中。6.新疆地区维吾尔族和哈萨克族与欧洲人和中亚人遗传关系更近,且两个民族不论遗传结构还是乳糜泻易感基因携带率（54.93%vs.53.85%）均十分相似或接近,两个民族的乳糜泻遗传风险性均较高。回族虽未发现与欧洲人或中亚人存在基因重叠现象,该民族的乳糜泻易感携带率（42.50%）仅次于维吾尔族和哈萨克族,患乳糜泻风险性次之。汉族与我国北方汉族聚于一类,乳糜泻易感基因携带率最低（35.71%）,患乳糜泻的遗传风险性最小。7.新疆地区小麦消费量为我国消费量之首,同时地处高筋、中筋小麦品质区,由此推测该地区潜在的乳糜泻风险性可能高于我国其他各省市区。8.新疆喀什地区麸质蛋白暴露水平（54.93 g/天）明显高于新疆其他各地州市,同时该地区乳糜泻高发人群人口占比（少数民族人口数93.1%;农村居民人口数65.44%）也明显高于其他地州市,该地区潜在乳糜泻发生风险性为全疆最高。
章元伟[2]（2017）在《基于NGS数据的HLA-DRB3，DRB4，DRB5基因分型方法》文中认为人类白细胞抗原（HLA）分子在人体免疫系统中发挥着不可替代的重要作用。HLA分型是研究HLA基因变异的主要方法。HLA分型技术可以应用于器官或干细胞移植,群体遗传学研究,以及自身免疫疾病、传染病、癌症等疾病研究。随着高通量测序（NGS）成本的降低和准确度的提高,利用NGS数据对HLA基因分型已成为主流趋势。学术界已开发了众多基于NGS数据的HLA分型方法,然而这些方法都没有针对DRB3/4/5基因进行优化。通过结合序列比对和组装,以及利用测序深度判断拷贝数,DRB3/4/5的分型可以达到很高的准确度。本文按此思路开发了一个新的基于NGS数据的DRB3/4/5基因分型方法,然后通过模拟数据和真实数据验证了该方法的准确性,最后将该方法应用于群体遗传学研究和疾病研究。论文的具体研究内容为:1.开发新的基于NGS数据的DRB3/4/5分型方法。新的分型方法依托于型别数据库,将NGS数据比对数据库以后进行单体型组装,在单体型的基础上进行过滤,打分和型别判断,并结合拷贝数判断,从而达到了很高的准确度。依据参考基因组序列生成的模拟NGS数据被首先用来评价新方法的效果,30X测序深度时DRB3/4/5在4位水平均达到100%准确率。另外188个有着Sanger法分型结果的真实NGS数据被用来验证新方法的准确性,在40X测序深度时DRB3/4/5分型准确率为96.56%,98.89%和99.34%。2.将新的DRB3/4/5分型方法应用于群体遗传学研究。使用新方法分析千人基因组计划中150个来自5个不同地理区域的个体的低深度全基因组测序（WGS）数据。研究不同人群的DRB3/4/5基因和型别的频率差异,发现非洲人群和任意其他人群的DRB4基因频率都有显着差异。分析DRB1与DRB3/4/5的连锁不平衡,发现与已知的DRB单体型结构一致。3.将新的DRB3/4/5分型方法应用于疾病研究。招募100名PLA2R有关的膜性肾病患者,50名PLA2R无关的膜性肾病患者,100名健康对照。对所有样本进行MHC捕获测序,然后用新方法和SOAP-HLA软件处理数据。发现DRB1*15:01和DRB3*02:02是PLA2R有关的膜性肾病的两个独立风险型别,DRB3*02:02是PLA2R无关的膜性肾病的独立风险型别。
阿瓦古丽·玉克赛尔[3]（2016）在《新疆维吾尔族HLA-Ⅱ类基因多态性与HPV感染、宫颈病变及宫颈癌的关系研究》文中认为目的:探讨HLA-DRB1、DQB1等位基因多态性及HLA-DRB1和HLA-DQB1的单倍体型与新疆维吾尔族HPV、HPV16感染及宫颈癌发生、发展的关系,通过遗传易感性方面研究新疆维吾尔族宫颈癌的病因及发生机制,为今后易感人群的筛查及监测提供理论依据。研究方法:1)采用人乳头状瘤病毒（HPV）基因微阵列分型检测试剂盒,以凯普医用核酸分子快速杂交仪为平台,利用导流杂交原理,已经固定好核酸探针的低密度基因芯片膜上,快速对370例明确诊断宫颈癌和同一地区匹配的370例健康对照以及117例CIN患者血液中检测21种HPV亚型（包括13种HPV高危亚型;5种HPV低危亚型;3种中国人群常见HPV亚型）;2)采用聚合酶链式反应结合直接测序分型（polymerase chain reaction-sequence-based typing,PCR-SBT）法,对370例明确诊断宫颈癌和同一地区匹配的370例健康对照以及117例CIN患者血液中进行HLA-DRB1等位基因的检测,并比较各等位基因在研究对象中的分布频率;3)采用聚合酶链反应序列特异性寡核苷酸探针（Polymerase chain reaction sequence-specific oligonucleotide,PCR-SSO）法,对200例明确诊断宫颈癌和同一地区匹配的200例健康对照血液中进行HLA-DQB1等位基因的检测,并比较各等位基因在研究对象中的分布频率;4)从全疆HLA-DRB1检测结果中,挑选来自南疆宫颈癌患者共200例,健康对照共200例的HLA-DRB1等位基因数据,利用HLA-DQB1数据,分析HLA-DRB1-DQB1单倍体在研究对象中的分布频率;结果:一:HPV及其亚型分布情况:1)全疆研究对象中,宫颈癌组共370例,其中HPV阳性共322例,HPV阳性率为87.0%（322/370）。CIN组共117例,其中HPV阳性共95例,HPV阳性率为81.2%（95/117）。HPV各亚型共出现481次,HPV16感染所占的比例最高74.8%（360/481）。宫颈癌组中,HPV16阳性率为72.7%（269/370）。2)南疆研究对象中,宫颈癌组共200例,其中HPV阳性共179例,HPV阳性率为89.5%（179/200）。HPV各亚型共出现219次,HPV16感染所占的比例最高80.4%（176/219）,HPV16阳性率为81.0%（162/200）。二、HLA-DRB1在HPV和HPV16型感染、宫颈癌中分布情况如下:1)统计发现HLA-DRB1*15等位基因在HPV（+）/HPV16（+）组中出现的频率高于HPV（-）/HPV16（-）组,差异有统计学意义（χ2=11.371,P=0.001,OR=1.670,95%CI=1.237-2.254;χ2=7.778,P=0.005,OR=2.782,95%CI=1.318-5.872）。HLA-DRB1*15等位基因在宫颈癌组出现频率为14.2%,CIN组出现频率为13.2%,对照组出现频率为9.9%,出现频率在三组之间有差异,差异有统计学意义（χ2=6.743,P=0.034）。HLA-DRB1*15等位基因在宫颈癌组和病例组中出现的频率高于对照组,差异有统计学意义（χ2=6.539,P=0.011,OR=1.511,95%CI=1.099-2.076;χ2=6.596,P=0.010,OR=1.483,95%CI=1.096-2.006）。2)HLA-DRB1*12等位基因在HPV（+）组中出现的频率低于HPV（-）组,差异有统计学意义（χ2=8.137,P=0.004,OR=0.441,95%CI=0.248-0.785）。HLA-DRB1*12者在病例组中出现的频率低于对照组,差异有统计学意义（χ2=4.021,P=0.045,OR=0.572,95%CI=0.330-0.994）。3)在HPV16感染的研究对象中,HLA-DRB1*13基因在宫颈癌组、CIN组及对照组中频率之间有差异,差异有统计学意义（χ2=9.759,P=0.008）。并且HLA-DRB1*13者在宫颈癌组和病例组中出现的频率低于对照组,差异有统计学意义（χ2=9.704,P=0.002,OR=0.313,95%CI=0.145-0.673;χ2=9.668,P=0.002,OR=0.320,95%CI=0.151-0.679）。三、HLA-DQB1在HPV和HPV16型感染、宫颈癌中分布情况如下:1)HLA-DQB1*06者在HPV阳性组中出现的频率高于HPV阴性组,差异有统计学意义（χ2=6.578,P=0.010,OR=1.572,95%CI=1.111-2.223）。HLA-DQB1*06等位基因在HPV16（+）组中出现频率高于HPV16（-）组,差异有统计学意义（χ2=4.272,P=0.039,OR=2.368,95%CI=1.024-5.479）,说明携带HLA-DQB1*06等位基因的维吾尔族妇女更容易被HPV16感染2)而HLA-DQB1*03等位基因在HPV阳性组中出现的频率低于HPV阴性组,差异有统计学意义（χ2=7.930,P=0.005,OR=0.654,95%CI=0.487-0.880）。HLA-DQB1*03等位基因在宫颈癌组中出现的频率低于对照组,差异有统计学意义（χ2=8.519,P=0.004,OR=0.645,95%CI=0.480-0.866）。。四、HLA-DRB1和DQB1单倍型在HPV和HPV16型感染、宫颈癌中分布情况如下:1)HLA-DRB1*15和HLA-DQB1*06单倍型在HPV阳性组中出现的频率高于HPV阴性组,差异有统计学意义（χ2=9.558,P=0.002,OR=2.088,95%CI=1.299-3.356）。HLA-DRB1*15和HLA-DQB1*06单倍型在宫颈癌组中出现的频率高于对照组,差异有统计学意义（χ2=8.402,P=0.004,OR=1.997,95%CI=1.242-3.209）。2)而HLA-DRB1*04和HLA-DQB1*03单倍型在宫颈癌组中出现的频率低于对照组,差异有统计学意义（χ2=4.228,P=0.040,OR=0.584,95%CI=0.348-0.980）。结论:一、1.全疆和南疆维吾尔族妇女宫颈癌患者主要以HPV16感染为主;二、HLA-DRB1:1)HLA-DRB1*15等位基因可能是维吾尔族HPV、HPV16感染的易感基因。HLA-DRB1*15等位基因基因可能由非宫颈病变到癌前病变发展至宫颈癌过程中的易感基因。同时HLA-DRB1*15等位基因基因可能是维吾尔族提高CIN以上病变和宫颈癌的易感基因。2)HLA-DRB1*12等位基因可能是维吾尔族HPV感染和CIN以上病变的保护基因,3)在HPV16型感染的研究对象中,HLA-DRB1*13等位基因可能由非宫颈病变到癌前病变发展至宫颈癌过程中的保护基因。HLA-DRB1*13基因可能是CIN以上病变和宫颈癌的保护基因。三:HLA-DQB1:1)HLA-DQB1*06基因可能是维吾尔族妇女HPV及HPV16感染的易感基因。2)HLA-DQB1*03基因可能是维吾尔族HPV感染和宫颈癌的保护基因。四:HLA-DRB1和DQB1单倍体:1)HLA-DRB1*15和HLA-DQB1*06单倍型可能是HPV感染和宫颈癌的易感基因。2)HLA-DRB1*04和HLA-DQB1*03单倍型可能是宫颈癌的保护基因。
刘芳[4]（2014）在《HLA-DRB1*08/16等位基因与广西肝癌家族聚集性的相关性研究》文中研究说明目的：探讨广西肝癌高发区HLA-DRB1*08/16等位基因与原发性肝癌家族聚集性两者之间的关系。方法：在广西肝癌高发区以满足配对条件即性别相同、年龄相似（±5岁）、民族相同、HBsAg携带情况相同、生活环境及生活条件相同选择来自相同地方的肝癌高发家族成员、无癌家族成员各200例作为研究对象，并且肝癌高发家族成员与无癌家族成员无血缘关系。提取研究对象外周血DNA，应用聚合酶链反应/序列特异性引物（Polymerase Chain Reaction/sequencespecific primer，PCR-SSP）检测研究对象中HLA-DRB1*08/16等位基因的频率，分析其在广西肝癌高发区中瑶族、汉族、壮族的分布及其与肝癌家族聚集性的关系。结果：（1）肝癌高发家族成员组及无癌家族成员组中HLA-DRB1*08等位基因的表达频率分别为6.0%、5.5%，经比较HLA-DRB1*08等位基因在两组间的分布差别无统计学意义（χ2=0.046，P=0.830）；HLA-DRB1*16等位基因在上述两组中的表达频率分别为24.0%、15.5%，经比较该基因在两组间的分布具有显着差异，肝癌高发家族成员组中HLA-DRB1*16等位基因的携带率明显高于无癌家族成员组（χ2=4.559, P=0.033）。（2）以家族中患肝癌的总例数将肝癌高发家族成员分为2-3例组、4例及以上组，结果发现HLA-DRB1*08等位基因的表达频率随着高发家族中肝癌患病人数的增加无明显变化（5.4%vs6.5%, χ2=0.120, P=0.729），而等位基因HLA-DRB1*16的表达频率却明显升高（17.2%vs29.9%, χ2=4.401,P=0.036）。（3）HLA-DRB1*08等位基因在广西肝癌高发区瑶族、汉族、壮族人群中的携带率分别是5.7%、6.1%、5.6%,经统计学比较HLA-DRB1*08等位基因在三组成员间的分布无明显差异（χ2=0.037, P=0.982）；HLA-DRB1*16等位基因在瑶族、汉族、壮族人群中的携带率分别是21.6%、12.9%、23.9%,三组间差别具有统计学意义（χ2=6.066, P=0.048），经两两相比HLA-DRB1*16等位基因在壮族中的携带率明显高于汉族（χ2=5.943, P=0.015）。结论：（1）HLA-DRB1*08等位基因可能与广西肝癌家族聚集无明显关系，而HLA-DRB1*16等位基因可能与广西肝癌家族聚集有关。（2）HLA-DRB1*08/16等位基因分别是广西肝癌高发区中壮族、汉族、瑶族的低频率基因及高频率基因，且HLA-DRB1*16等位基因在壮族、汉族、瑶族间存在民族差异。（3）进一步分析上述结果示HLA-DRB1*08等位基因可能只是广西肝癌高发区的表达频率相对较低遗传特征，其与肝癌家族聚集无明显关系；而HLA-DRB1*16等位基因不仅是表达频率较高的遗传特征，并且与肝癌家族聚集性明显相关。
孙珍[5]（2014）在《宁夏地区HBV基因分型、耐药突变及HLA-DRB1基因多态性与乙型肝炎进展的相关性研究》文中研究说明目的调查宁夏地区慢性乙型肝炎（Chronic hepatitis B，CHB）患者的ALT、HBV-DNA载量与血清标志物水平之间的关联性，探讨HBV基因型、核苷（酸）类似物（nucleostide analogues，NAs）耐药突变模式与HBV感染后慢性化、重症化的关系，研究HLA-DRB1基因多态性与乙肝相关性疾病的关系。方法随机选取CHB患者283例，应用化学发光微粒子免疫分析法定量检测HBV血清学标志物和荧光定量PCR检测HBV-DNA载量，并对结果进行相关性分析。从中选取134例住院患者的血清标本应用基因型特异性多对引物巢式PCR法进行HBV基因分型，再使用直接测序法对分型结果进行验证并检测HBV的耐药突变，并针对不同的基因型进行性别、年龄、肝功能、HBV-DNA载量及HBeAg水平的相关性分析，以及对不同耐药突变模式CHB患者之间的临床参数进行分析比较。另选取87例CHB患者、78例肝硬化患者、31例肝癌患者和50例健康对照者作为研究对象，采用序列特异性引物-聚合酶链式反应（polymerase chain reaction-sequence specificprimers PCR-SSP）方法对他们的HLA-DRB1等位点进行基因分析研究。结果（1）HBeAg阳性患者较阴性患者的HBeAb水平和HBV-DNA载量均有显着性差异（P<0.001，P<0.001）；女性的HBeAg和HBeAb水平均较男性高（P<0.05，P<0.01）；30-50岁组的CHB患者的HBV-DNA、HBeAg、HBeAb与<30岁组、30-50岁组比较有显着性差异（P<0.01，P<0.001，P<0.01）；CHB患者中HBV DNA载量与HBeAg呈正相关（r=0.451，P<0.001），与HBeAb呈正相关（r=0.434，P<0.001）；ALT与HBsAg呈正相关（r=0.131，P<0.05）。（2）134例HBV感染者的血清标本中，B基因型11例（8.2%），其中男10例，女1例；C基因型123例（91.8%），男87例，女36例。B型和C型之间的HBV-DNA和ALT水平有显着差异（Z=3.23，P<0.05；Z=0.19，P<0.05）。全部标本中有28例发生不同位点变异，变异率为20.9%，以单位点rtS213T突变为主，约占25.0%。（3）与健康对照组相比，乙肝后肝硬化患者的DRB1*07、DRB1*12等位基因表达频率明显高于健康对照组，差异显着（P<0.05，OR=2.237，95%CI为1.689～2.961；P<0.05，OR=2.317，95%CI为1.707～3.143）；汉族乙肝相关性疾病患者的DRB1*04、DRB1*13、DRB1*15等位基因表达频率与汉族健康对照者的差异显着（P<0.05，OR=0.478，95%CI为0.367～0.623；P<0.05，OR=0.462，95%CI为0.355～0.602；P<0.05，OR=2.292，95%为1.599～3.283）。结论（1）宁夏地区的慢性乙型肝炎患者的HBV-DNA载量与HBeAg呈正相关，两者之间具有良好的一致性；但ALT水平与HBsAg水平呈正相关；女性患者的HBeAg浓度较男性高，其余指标无显着性差异。慢性乙型肝炎患者以30-50岁年龄阶段的居多，且此组患者的HBV-DNA、HBeAg、HBeAb与其余年龄段组比较有显着性差异。（2）宁夏地区慢性乙型肝炎患者的基因型包括B型、C型，其中以C基因型为主，其次为B基因型；HBV基因型与HBV-DNA、ALT水平有关联，和本研究中其他指标比较无显着差异；CHB患者主要对拉米夫定（LAM）与阿德福韦酯（ADV）耐药，出现以单位点rtS213T为主的突变，并出现了混合位点突变。（3）HLA-DRB1*07、DRB1*12可能是宁夏地区乙肝患者发生肝硬化的易感基因；HLA-DRBI*04和DRBI*l3可能是宁夏地区汉族人群的抗性基因；携带DRB1*15的汉族人群更容易发生乙肝相关性疾病。
杨磊[6]（2011）在《HLA-A、HLA-B、HLA-DRB1等位基因多态性与中国北方汉族肺癌患者遗传易感相关性的研究》文中指出目的:探讨中国北方汉族人群中HLA-A、HLA-B、HLA-DRB1等位基因多态性与肺癌遗传易感性之间的关系。方法:采用盐酸胍法提取DNA,直接测序分型（SBT）结合序列特异性引物聚合酶链反应技术（PCR-SSP）对无血缘关系的籍贯为中国北方民族为汉族的140名肺癌患者及483名健康志愿者的HLA-A、HLA-B、HLA-DRB1等位基因多态性进行检测。应用arlequin软件（ver2.000）进行等位基因频率的计算、连锁不平衡分析,各个等位基因在人群中的差异用SPSS软件（ver13.0）进行卡方检验,对P值<0.05的计算OR值和95%可信区间。结果:采用高分技术HLA-A查出等位基因32个,HLA-B查出等位基因66个,HLA-DRB1查出等位基因44个。其中:HLA-A*26:01、HLA-B*15:18、HLA-B*38:02、HLA-DRB1*04:01、HLA-DRB1*04:02、HLA-DRB1*12:01,在肺癌病人中频率高于正常对照,P值分别为:0.021、0.001、0.015、0.021、0.010、0.046,OR值分别为:3.513、3.842、2.715、3.512、13.986、1.828;HLA-DRB1*10:01和HLA-DRB1*13:02在肺癌病人中频率低于正常对照,P值分别为:0.017和0.014,OR值分别为0.135和0.122。单倍型HLA-A*02:07-B*46:01-DRB1*09:01和HLA-A*02:06-B*51:01在肺癌病人中频率高于正常对照,P值分别为0.034和0.006,OR值分别为2.348和3.969;HLA-A*11:01-DRB1*15:01在肺癌病人中频率低于正常对照,P值为0.026,OR=0.146;另外单倍型HLA-A*01:01-B*37:01在正常对照中频率为0.02070但在肺癌病人中未检出。结论:在中国北方汉族人群中HLA-A*26:01、HLA-B*15:18、HLA-B*38:02、HLA-DRB1*04:01、HLA-DRB1*04:02、HLA-DRB1*12:01以及单倍型HLA-A*02:07-B*46:01-DRB1*09:01和HLA-A*02:06-B*51:01和肺癌的发病可能存在正相关关系, HLA-DRB1*10:01和HLA-DRB1*13:02以及单倍型HLA-A*11:01-DRB1*15:01和肺癌的发病可能存在负相关关系。
王彤,王天骄,彭莉,王杰[7]（2010）在《自行构建人类白细胞抗原DQA1位点基因分型寡核苷酸芯片性能评价:100例样本与PCR-SSP法的比较》文中研究说明背景:人类白细胞抗原等位基因分型对器官移植和法医鉴定等有重要意义。目前的分型方法难以实现高通量和集成化,准确性和重复性也不理想。目的:比较自行构建的寡核苷酸芯片与序列特异性引物-聚合酶链反应（polymerase chain reaction with sequence-specific primers,PCR-SSP）两种方法用于人类白细胞抗原DQA1基因分型的结果,以评价寡核苷酸芯片的性能。方法:纳入2006-01/2009-03于中国医科大学附属第一医院血液科门诊就诊的患者100例。分别用等位基因特异的PCR-SSP和自行构建的寡核苷酸芯片对患者的人类白细胞抗原DQA1进行分型。寡核苷酸芯片分型采用荧光标记的组间特异性引物扩增基因组DNA,扩增后的产物与分型芯片的探针杂交,由杂交产生的荧光信号确定人类白细胞抗原DQA1位点基因型。比较两种方法分型所获得的结果,不吻合的样本经第三方测序验证。结果与结论:100例临床样本经寡核苷酸芯片和PCR-SSP分型全部成功。分型结果的吻合率为94%。不吻合样本6例,其中4例PCR-SSP定型为杂合子,芯片分型全部为纯合子。经第三方验证,证实芯片的分型全部正确。另外2例不吻合的样本经测序,证实SSP分型错误1例,芯片分型错误1例。芯片的重复率为95%。说明自行构建的寡核苷酸芯片的特异性和灵敏度都能满足基因分型的需要,且稳定性较好。
周转,胡守旺,张帆[8]（2009）在《DNA微阵列技术检测HLA-DRB1基因分型》文中认为目的采用DNA微阵列分型方法,对HLA-DRB1基因进行分型研究。方法设计分型检测寡核苷酸探针,制备HLA-DRB1基因分型微阵列。设计PCR引物,以1:20引物比例不对称扩增HLA-DRB1基因的第2外显子,Cy3荧光标记扩增产物,作为杂交模板。用差异选择法杂交信号强且特异性好的探针。Cy3荧光标记PCR扩增产物与微阵列探针杂交反应,结果经荧光扫描,并用分型软件分析判断阳性探针和HLA-DRB1基因型。结果10例临床血样的DNA微阵列分型结果与PCR-SSP分型结果相符,20例未知血样的DNA微阵列分型结果与DNA测序分型结果符合率为97%。结论DNA微阵列技术具有高通量、简便、低成本的优势,采用DNA微阵列分型方法,对HLA-DRB1基因进行分型研究,表明HLA-DRB1DNA微阵列分型为一种可行的基因分型新技术。
王晓红[9]（2008）在《新疆柯尔克孜族HLA-DRB1基因多态性研究》文中提出目的:旨在研究新疆柯尔克孜族HLA-DRB1位点等位基因的多态性。方法:采用聚合酶链反应-序列特异引物法（polymerase chain reaction with sequence specific primer,PCR-SSP）对新疆地区柯尔克孜族85名健康、无血缘关系、随机抽样的成年人HLA-DRB1等位基因进行分型,并将得出的结果与文献资料中中国西北地区维吾尔族、蒙古族、回族、藏族、汉族以及其他各地区人群的HLA-DRB1等位基因频率分布格局进行比较。结果:在所设计的14对引物中,共检出HLA-DRB1位点等位基因14种,其中高频率的等位基因是HLA-DRB1*03（0.3769）、HLA-DRB1* 11（0.1391）、HLA-DRB1*07（0.1056）,低频率的等位基因是HLA-DRB1*08（0.0059）、HLA-DRB1*01（0.0178）、HLA-DRB1*1302（0.0178）、HLA-DRB1*1401（0.0118）。最常见的特异性基因为HLA-DRB1*03（0.3769）;HLA-DRB1*15也是主要分布基因,频率为0.1056;HLA-DRB1*08频率最低;柯尔克孜族的HLA-DRB1基因频率分布具有中国北方人群的特点,尤其与西北地区汉族和蒙古族人群最为接近（0.156、0.237）;另外,HLA-DRB1*03、HLA-DRB1*07高频率从生物学角度进一步印证了我国柯尔克孜族来源于西伯利亚西部的叶尼塞河上游的学说。结论:提供了新疆地区柯尔克孜族人HLA-DRB1的14种等位基因的基因频率,为本民族的人类学及疾病相关研究提供了参考数据。
何丽,魏茂提,王世鑫[10]（2006）在《HLA分型方法的研究进展》文中研究说明通过对人类白细胞抗原（human leucocyte antigen,HLA）结构和功能的研究,有助于认识其在免疫学、人类学等领域中的作用,揭示其在疾病发生、发展中的作用机理,而对HLA分型研究却是认识其作用的关键一步。随着PCR技术的广泛应用,HLA基因分型方法得到了迅速的发展。本文对HLA基因分型技术的进展情况进行综述。
二、HLA-DRB1基因芯片与PCR-SSP分型的比较（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、HLA-DRB1基因芯片与PCR-SSP分型的比较（论文提纲范文）
（1）新疆地区人群患乳糜泻的风险性（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略词表 |
| 第1章 引言 |
| 1.1 食品安全危害识别概述 |
| 1.1.1 定义 |
| 1.1.2 食品安全危害识别研究方法 |
| 1.2 乳糜泻概述 |
| 1.2.1 定义 |
| 1.2.2 乳糜泻研究史 |
| 1.3 乳糜泻危害性 |
| 1.3.1 乳糜泻患病率 |
| 1.3.2 乳糜泻临床症状及并发症 |
| 1.4 乳糜泻发病机制 |
| 1.4.1 环境因素 |
| 1.4.2 遗传因素 |
| 1.4.3 免疫机制 |
| 1.5 乳糜泻的防治 |
| 1.5.1 乳糜泻的诊断 |
| 1.5.2 乳糜泻的筛查 |
| 1.5.3 乳糜泻的治疗 |
| 1.5.4 乳糜泻的营养管理 |
| 1.6 无麸质食品的加工与安全控制问题 |
| 1.6.1 麸质蛋白的危害评估 |
| 1.6.2 无麸质食品的生产 |
| 1.6.3 无麸质食品的检测与标识 |
| 1.7 立题背景和研究内容 |
| 1.7.1 课题来源 |
| 1.7.2 立题背景 |
| 1.7.3 研究内容 |
| 第2章 新疆地区主要民族人群的乳糜泻筛查 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料和仪器 |
| 2.2.1 研究人群 |
| 2.2.2 试剂与材料 |
| 2.2.3 仪器与设备 |
| 2.2.4 溶液的配制 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 筛查方案 |
| 2.3.2 总Ig A抗体的检测 |
| 2.3.3 血清anti-tTG-IgA抗体检测 |
| 2.3.4 血清anti-DGP-IgG抗体检测 |
| 2.3.5 EMA-IgA检测 |
| 2.3.6 PCR-SSP法分型HLA-DQA1和-DQB1基因 |
| 2.3.7 胃镜检查及小肠活检 |
| 2.3.8 十二指肠绒毛病理检测 |
| 2.3.9 乳糜泻的诊断 |
| 2.4 结果 |
| 2.4.1 纳入乳糜泻筛查的患者 |
| 2.4.2 纳入受试者总IgA水平 |
| 2.4.3 受试者血清中anti-tTG-IgA或 anti-DGP-IgG抗体水平 |
| 2.4.4 anti-tTG-IgA阳性患者的EMA-IgA抗体结果 |
| 2.4.5 Anti-tTG-IgA抗体阳性患者HLA-DQA1和-DQB1 基因型 |
| 2.4.6 乳糜泻抗体及易感基因双阳性患者的活检结果 |
| 2.4.7 乳糜泻自身免疫征和乳糜泻 |
| 2.5 讨论 |
| 2.5.1 乳糜泻的诊断 |
| 2.5.2 乳糜泻或乳糜泻自身免疫征患病率 |
| 2.5.3 乳糜泻易感基因 |
| 2.5.4 研究方案的不足 |
| 2.6 小结 |
| 第3章 新疆地区乳糜泻自身免疫征的流行病学初步特征 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 研究样本 |
| 3.2.2 统计分析 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 纳入受试者特征 |
| 3.3.2 人口学各因素与乳糜泻自身免疫征患病率的相关性 |
| 3.3.3 消化道临床症状及其与乳糜泻自身免疫征患病率的相关性 |
| 3.3.4 乳糜泻自身免疫征患者肠外症状 |
| 3.3.5 新疆地区未诊断乳糜泻患者 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 乳糜泻患病率及其潜在影响因素 |
| 3.4.2 乳糜泻自身免疫征患者消化道临床症状 |
| 3.4.3 乳糜泻自身免疫征患者肠外疾病或症状 |
| 3.4.4 未诊断的乳糜泻患者 |
| 3.5 小结 |
| 第4章 基于HLA-DRB1、-DQA1 和-DQB1 位点的新疆主要民族人群患乳糜泻的遗传风险性 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料和仪器 |
| 4.2.1 研究人群 |
| 4.2.2 试剂与材料 |
| 4.2.3 仪器与设备 |
| 4.2.4 溶液的配制 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 DNA提取 |
| 4.3.2 DNA浓度和纯度鉴定 |
| 4.3.3 HLA-DQA1、-DQB1 及-DRB1 位点基因扩增 |
| 4.3.4 遗传平衡检验及单倍型分析 |
| 4.3.5 系统发育树的构建 |
| 4.3.6 数据统计分析 |
| 4.4 结果 |
| 4.4.1 HLA-DQA1、-DQB1和-DRB1 基因电泳结果 |
| 4.4.2 HLA-DQA1、-DQB1 和-DRB1 位点等位基因测序峰图 |
| 4.4.3 Hardy-Weinberg equilibrium检测 |
| 4.4.4 HLA-DQA1、-DQB1 和-DRB1 等位基因在四个民族中的分布频率 |
| 4.4.5 HLA-DQA1-DQB1 单倍型在四个民族中的分布 |
| 4.4.6 四个民族与其他人群遗传关系分析 |
| 4.4.7 乳糜泻易感基因在四个民族中的分布 |
| 4.5 讨论 |
| 4.5.1 汉族HLA-DRB1、-DQA1 和-DQB1 基因及遗传结构 |
| 4.5.2 维吾尔族和哈萨克族HLA-DRB1、-DQA1 和-DQB1 基因及遗传结构 |
| 4.5.3 回族HLA-DRB1、-DQA1 和-DQB1 基因及遗传结构 |
| 4.5.4 四个民族患乳糜泻遗传风险性 |
| 4.6 小结 |
| 第5章 麸质蛋白暴露对新疆地区人群患乳糜泻的风险影响 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 方法和数据收集 |
| 5.2.2 数据的统计分析 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.3.1 我国小麦生产和居民消费量分析 |
| 5.3.2 麸质蛋白含量不同小麦品种在我国不同地区的分布 |
| 5.3.3 新疆地区民居小麦麸质蛋白暴露分析 |
| 5.3.4 农村和不同民族人口分布与乳糜泻风险性 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 小麦麸质蛋白暴露与乳糜泻风险性 |
| 5.4.2 新疆地区小麦麸质蛋白暴露与乳糜泻风险性 |
| 5.4.3 小麦麸质蛋白暴露、易感基因频率与乳糜泻风险性 |
| 5.5 小结 |
| 第6章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 本研究的创新点 |
| 6.3 进一步工作方向 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间研究成果 |
（2）基于NGS数据的HLA-DRB3，DRB4，DRB5基因分型方法（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 HLA |
| 1.1.1 HLA分子结构与功能 |
| 1.1.2 HLA多态性与型别 |
| 1.1.3 HLA与移植 |
| 1.1.4 HLA与疾病 |
| 1.2 HLA-DRB3/4/5 |
| 1.2.1 HLA-DRB等位基因 |
| 1.2.2 HLA-DRB3/4/5与移植 |
| 1.2.3 HLA-DRB3/4/5与疾病 |
| 1.3 HLA分型方法回顾 |
| 1.3.1 血清学分型 |
| 1.3.2 PCR-RFLP分型 |
| 1.3.3 PCR-SSO分型 |
| 1.3.4 PCR-SSP分型 |
| 1.3.5 Sanger测序分型 |
| 1.3.6 基于NGS的分型 |
| 1.3.7 基于第三代测序的分型 |
| 1.4 HLA-DRB3/4/5分型方法回顾 |
| 1.4.1 PCR-RFLP分型 |
| 1.4.2 PCR-SSO分型 |
| 1.4.3 PCR-SSP分型 |
| 1.4.4 Sanger测序分型 |
| 1.4.5 基于NGS的分型 |
| 1.5 论文的主要研究内容 |
| 第二章 基于NGS数据的DRB3/4/5分型方法 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 分型方法原理 |
| 2.2.1 参考数据库的构建 |
| 2.2.2 NGS数据比对 |
| 2.2.3 单体型组装 |
| 2.2.4 型别预测 |
| 2.2.5 确定拷贝数 |
| 2.3 分型方法的准确性评价 |
| 2.3.1 模拟数据和其他分型方法 |
| 2.3.2 MHC捕获测序数据 |
| 2.3.3 分型方法准确性 |
| 2.4 本章小结与讨论 |
| 第三章 分型方法在群体遗传学中的应用 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 千人基因组数据,分型和统计分析方法 |
| 3.3 DRB3/4/5基因和型别的频率分布 |
| 3.4 本章小结与讨论 |
| 第四章 分型方法在疾病研究中的应用 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 样本 |
| 4.3 测序,分型,变异检测和统计分析方法 |
| 4.4 PLA2R有关的膜性肾病 |
| 4.5 PLA2R无关的膜性肾病 |
| 4.6 本章小结与讨论 |
| 第五章 总结与展望 |
| 5.1 总结 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士期间科研成果 |
（3）新疆维吾尔族HLA-Ⅱ类基因多态性与HPV感染、宫颈病变及宫颈癌的关系研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分：HPV及其亚型与新疆维吾尔族妇女CIN、宫颈癌的关系研究 |
| 引言 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象选择 |
| 1.2 实验内容与方法 |
| 1.2.1 标本收集 |
| 1.3 实验流程 |
| 1.4 数据的整理及分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第二部分：新疆维吾尔族妇女HLA-DRB1基因多态性与CIN、宫颈癌和HPV及HPV16感染的关系 |
| 引言 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象来源 |
| 1.2 实验内容与方法 |
| 1.3 实验流程 |
| 1.4 数据的整理及分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三部分：南疆维吾尔族妇女HLA-DQB1基因多态性与宫颈癌和HPV、HPV16感染的关系 |
| 引言 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 实验流程 |
| 1.2.1 实验仪器 |
| 1.2.2 实验方法 |
| 1.2.3 样本扩增 |
| 1.2.4 样本杂交 |
| 1.2.5 样本上机读取 |
| 1.3 统计分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 总结 |
| 不足之处 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
| 个人简历 |
| 导师评阅表 |
（4）HLA-DRB1*08/16等位基因与广西肝癌家族聚集性的相关性研究（论文提纲范文）
| 部分缩略中英文对照 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 6 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 |
（5）宁夏地区HBV基因分型、耐药突变及HLA-DRB1基因多态性与乙型肝炎进展的相关性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略名词对照表 |
| 前言 |
| 第一部分 宁夏地区慢性乙肝患者 HBV-DNA、HBV M 及肝损害之间相关性分析 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 第二部分 宁夏地区慢性乙肝患者 HBV 基因分型与突变模式分析 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 第三部分 宁夏地区 HLA-DRB1 与慢性乙型肝炎发展及预后的研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 综述参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 |
| 个人简历 |
（6）HLA-A、HLA-B、HLA-DRB1等位基因多态性与中国北方汉族肺癌患者遗传易感相关性的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 学习期间发表的文章 |
| 致谢 |
（8）DNA微阵列技术检测HLA-DRB1基因分型（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 临床样本 |
| 1.1.2 试剂 |
| 1.1.3 仪器设备及分析软件 |
| 1.1.4 Cy3荧光标记和非标记PCR引物 |
| 1.1.5 寡核苷酸探针 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 全血基因组DNA的提取 |
| 1.2.2 荧光标记靶DNA片段的PCR扩增 |
| 1.2.3 芯片载体玻片的表面化学处理 |
| 1.2.4 寡核苷酸微阵列的点样制备 |
| 1.2.5 杂交反应 |
| 1.2.6 荧光扫描、信号分析及HLA型别判断 |
| 2 结果 |
| 2.1 荧光不对称PCR扩增有利于芯片杂交 |
| 2.2 探针浓度对杂交信号的影响 |
| 2.3 HLA-DRB1分型探针检测阳性杂交模板的构建 |
| 2.4 用差异选择方法设计和筛选HLA-DRB1分型探针 |
| 2.5 临床血样的HLA-DRB1分型DNA微阵列检测 |
| 3 讨论 |
（9）新疆柯尔克孜族HLA-DRB1基因多态性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 1 材料 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 主要试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 外周血 DNA 的提取 |
| 2.2 PCR 扩增 |
| 2.3 电泳 |
| 2.4 数据处理 |
| 2.5 技术路线 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 附录 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
| 导师评阅表 |
（10）HLA分型方法的研究进展（论文提纲范文）
| 1 HLA血清学分型现状 |
| 2 常用的HLA-DNA分型技术 |
| 3 结语 |
四、HLA-DRB1基因芯片与PCR-SSP分型的比较（论文参考文献）
- [1]新疆地区人群患乳糜泻的风险性[D]. 周春艳. 南昌大学, 2021(02)
- [2]基于NGS数据的HLA-DRB3，DRB4，DRB5基因分型方法[D]. 章元伟. 东南大学, 2017(12)
- [3]新疆维吾尔族HLA-Ⅱ类基因多态性与HPV感染、宫颈病变及宫颈癌的关系研究[D]. 阿瓦古丽·玉克赛尔. 新疆医科大学, 2016(03)
- [4]HLA-DRB1*08/16等位基因与广西肝癌家族聚集性的相关性研究[D]. 刘芳. 广西医科大学, 2014(11)
- [5]宁夏地区HBV基因分型、耐药突变及HLA-DRB1基因多态性与乙型肝炎进展的相关性研究[D]. 孙珍. 宁夏医科大学, 2014(03)
- [6]HLA-A、HLA-B、HLA-DRB1等位基因多态性与中国北方汉族肺癌患者遗传易感相关性的研究[D]. 杨磊. 北京市结核病胸部肿瘤研究所, 2011(09)
- [7]自行构建人类白细胞抗原DQA1位点基因分型寡核苷酸芯片性能评价:100例样本与PCR-SSP法的比较[J]. 王彤,王天骄,彭莉,王杰. 中国组织工程研究与临床康复, 2010(44)
- [8]DNA微阵列技术检测HLA-DRB1基因分型[J]. 周转,胡守旺,张帆. 分子诊断与治疗杂志, 2009(03)
- [9]新疆柯尔克孜族HLA-DRB1基因多态性研究[D]. 王晓红. 新疆医科大学, 2008(02)
- [10]HLA分型方法的研究进展[J]. 何丽,魏茂提,王世鑫. 免疫学杂志, 2006(S1)