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金税工程是以增值税计算机专用发票为核心的稽核比对系统，在金税网络中，报税、认证、采集三率数据必须达到准确、完整，才能真正实现对增值税计算机发票的全程监控。但系统中还多处存在缺陷，其主要问题集中反映在报税、认证和协查三个环节上。
一、报税环节。软件不能监控报税时限，无法保证报税面和采集率达标。增值税一般纳税人在购得金税卡和IC卡进行登记或升级后，凭卡领购发票和每月报税。按税法规定，纳税人应于每月10日以前进行纳税申报，节假日可以顺延，便可保证在15日上传全部存根联资料，从而保证报税率和采集率达到100%，但事实上目前还达不到这个要求。为保证纳税人按时限规定报税，管理所只好实行催报、催缴办法。但这种方法还是停留在人工操作的基础上，且从法律角度看处罚也并不严谨。纳税人可能因主、客观原因或采用申请延期申报的正当方法推迟报税，可能延到15日后来报税，按税法规定税务机关只能加收滞纳金（不包括已批准的延期申报）而不能拒绝纳税申报。因15日前金税工程所有数据已上传完毕，15日后产生当月的数据无法传出，这样在金税工程系统中必然有一部分本月的存根联资料缺失，从而造成异地抵扣无法比对，监控作用失效。
金税工程软件对报税环节的监控，仅在售票系统中对每月报税情况进行检测，没有审核报税时间，只要纳税人每月来报税一次就可通过，除了人工催报以外，没有任何技术监控手段，因而无法保证报税率、采集率达到100%。
IC卡中的报税税额与该纳税人实际当月在CTAIS中的申报税额不符。目前CTAIS与金税工程使用的软件是两套独立的系统，两者之间没有直接联系。部分纳税人为了达到延缓申报的目的，对已开具发票的部分资料不及时申报，造成金税工程报税的发票总金额与在CTAIS中申报的资料不一致。
IC卡中的实际金额与报税软盘中的明细情况不符。由于IC卡容量只有64K，其记录的信息中只有所开发票的总数量与总金额以及控制密码、控制符号，没有发票的明细资料，其明细资料只能通过格式为文本文件的软盘来补充。这样纳税人在报盘时擅自修改软盘中的发票金额或开具时间，结果在所开发票总数和总金额相符的情况下，发票明细资料则不相同。因报税软件没有检测功能，可以通过报税。但在稽核时系统会检测发票开具时间和发票的明细资料与稽核系统上传资料是否相符，如纳税人擅自修改软盘中的资料，系统会自动提示出错，需要进行人工核对，进而加大了报税和发票审核岗工作人员的工作量，如未检测出错误则会加大后期发票比对和协查工作的难度。
二、认证环节。纳税人取得其它企业开具的发票抵扣联后，要由税务机关在金税网络中对发票密码和开具的7项内容进行扫描认证，经确认后方可准许抵扣。对抵扣联发票进行认证比对，是防止假发票抵扣税款的关键和减少偷逃税问题的核心。
从目前认证工作实际来看，抵扣联认证系统硬、软件设计上有缺陷，不能保证认证率达到100%。认证系统的扫描只是对增值税计算机专用发票明文的7项内容与密文解密后的内容核对。明文、密文的7项相符就认定为真票，并不对发票本身的真伪验证。这个问题如果不引起人们的高度重视，采取有效措施加以预防，金税工程的监控作用将大大减弱。
三、协查环节。协查工作中协查回复函的回复率受协查方式和协查软件制约，影响协查效率。在协查软件中，由于协查函往往是一函多票式的协查，也就是说一个协查函要求协查的是多张有问题发票，涉及到多个企业，这样在协查过程中，每张发票的协查进度很难一致。由于金税网络中的协查软件不能把已查清的发票先回复给对方税务机关，只有全部查清后才能集中回复，这样必然影响整个协查工作的效率，使得回复率降低。
因此，只有弥补上述三处不足，才能建立起行之有效的发票报税和资料采集办法，保证存根联的准确性，实现报税率和采集率达到100%的目标要求。
——为确保报税率、采集率达标，充分发挥金税工程的监控作用。首先要健全按期报税制度，明确规定增值税一般纳税人每月10日前必须报税，可以延时申报但不能延时缴税。在继续强化管理所职能作用，定责、定人、定产催报的同时，充分利用现代信息技术，抓紧实施电话和电子邮件催报，堵住不及时申报的漏洞。其次要进一步完善技术监控手段。目前，IC卡的连续使用时间为一个半月，纳税人一个半月不来报税，IC卡就会自动加锁停止使用。这种方法是基于没有开通稽核系统时采用的，对报税时间控制不严。在目前已全面开通稽核系统的情况下，应把IC卡每月的使用时间定在10日以前，超过时限IC卡将自动上锁，使其不能开出增值税计算机发票，迫使纳税人到税务机关解锁，从而实现按期报税。
目前税务机关已开发出两大系统的资料接口软件，把金税网络中报税的发票总金额与CTAIS的申报总金额进行核对，金税网络报税的发票总金额小于或等于CTAIS的申报总金额就可以通过申报，也就是说申报的税额除去现金和其他方式结算的收入至少是当月所开增值税专用发票的总金额，否则存在不及时申报的问题，系统则自动报警提示，打印出报税和申报之间的具体内容，要求纳税人及时补报税额，从而使金税工程和CTAIS两大系统互为补充，有效地促进纳税申报工作。
同时，要加大IC卡容量，通过加密、压缩的方式把发票明细和密码合成一个资料，直接用IC卡报税，同时取消软件中的重复打印功能，防止纳税人利用一个密码开多张发票的情况，杜绝纳税人擅自改动发票资料的行为，保证数据资料的真实、准确、完整性。在报税之前，使用预审软件先对企业所报发票的明细资料按金税工程自动审核，发现问题立即审阅发票，同时要求纳税人修改或说明原因，把问题提前解决，保证在稽核系统中，每月采集报税存根联的正确性达到100%，减少审核的工作量。
——在目前工作流程和系统软件支持下，可采取“掐头查尾”的方法弥补软件存在的缺陷。所谓“掐头”就是指对源头进行控制，加强在岗人员培训，由有经验的老同志传授经验，提高识别假票的技能，杜绝假票进入认证系统。同时，发票本身也要参照货币防伪方法进行加密改造，并请有关技术公司开发出类似银行系统的验钞机的检验设备，对增值税专用发票进行扫描验证，采取先验证真伪再进行认证的方式，在硬件上堵住漏洞。一旦发现假票要马上移送稽查部门，一查到底，挖出假票源头。所谓“查尾”就是将所有作废的计算机专用发票，特别是跨月退回作废的发票，无论需不需要重开，都要进行协查，特别是要查清对方企业该票号的发票是否已抵扣，找出假抵扣联，只有这样才能切实堵塞漏洞，筑起一道抵御假发票的坚固防线，保证实现认证率100%的目标。
——改进协查方法和协查软件。一是改变协查函的发送方式，采用一函一票，虽然这可能会增多协查函互相传递，但可以加快协件的传递速度从而提高协查的效率。二是修改协查软件，改变目前的集中回复方式，允许对票回复，即采用一总函对应多个子回复函的方式，同样可以加快协查的工作效率，使回复率达到一个较高的水平。