云泓若[1]2001年在《中国汉族人群内皮素-1基因BsiY Ⅰ和TaqⅠRFLP 频率及其与妊高征和缺血脑卒中的关系》文中研究指明背景：内皮素-1是1988年日本学者Yanagisawa等从培养的猪大主动脉内皮细胞的悬浮液里分离和纯化出的一种活性多肽。它是迄今为止发现的最强有力的内源性缩血管因子。近几年来，人们发现内皮素-1在妊高征和缺血性脑卒中的发病机制中具有重要的病理意义。目的：检测中国汉族人群中是否存在内皮素-1基因外显子1 BsiYⅠ和内含子4TaqⅠ两个多态性位点及它们在妊高征组、缺血性脑卒中组和相关对照组中的基因频率和基因型频率的分布。探讨这些位点的多态性与妊高征和缺血性脑卒中的相关性。方法：提取外周血白细胞的基因组DNA，以此为模板，应用PCR-RFLP方法对内皮素-1基因外显子1 BsiYⅠ和内含子4TaqⅠ两位点进行多态性检测，并分析其基因及基因型频率。结果：（1）内皮素-1基因外显子1 BsiYⅠ位点的检测 本实验在70例中国汉族随机人群的标本中没有检测到BsiYⅠ位点的多态性。（2）内皮素-1基因内含子4 TaqⅠ位点的检测a．与妊高征的相关性研究 研究对象分为叁级，随机妇女组，共有83例，166个等位基因，C等位基因频率为75.3％，D等位基因频率为24.7％；正常孕妇组，共有85例，170个等位基因，C等位基因频率为71.8％，D等位基因频率为28.2％；妊高征组，共有55例，110个等位基因，C等位基因频率为56.4％，D等位基因频率为43.6％。b．与缺血性脑卒中的相关性研究 研究对象分为叁组，随机人群组，共有89例，178个等位基因，C等位基因频率 暨南大学现学颀土学位论文 M为。。。（）。，I）等位基因频率为。2，0。。iE常对照？［卜共有 70例，14’个踉因，‘等位某冈硼租为74．肥，！〕等位基因频率为浙．狐；缺血性脑卒。卜组，共有盯例，IN个等位揣冈，C等位基因频率为72．4％，l）等位基因频率为27．6％。结论：川小m汉旅人群的内皮素－1基因不存在比汀I多态性位点。Q）。I：1m汉脓人卅的内皮素八 Ik因存在Taq多态性位点O）对随机妇女组、正常孕妇组利好高征级的基因型频率与基因频率进行统汁学处现，发观有显酱性斧异。实验结果显示，中国人群内皮素刁基因内含子－4内的‘卜q 位点的多态性与奸高征有显着的相关关系。（4）对随机人淋组、正常对照组和缺血性脑卒·上组的基因型频率与拖因频率进行统汁学处理，发现无差异。实验结果显示，I－r。囤人群内皮素－1基因内含了－4 dJ的’l’aq位点的多态性与缺加．性脑卒中无相关关系。 ＿卜述研究纤脓国内尚未见报迢。
吕旭聪, 刘志彬, 张雯, 陈芳, 黄若兰[2]2018年在《红曲黄酒传统酿造体系中真菌菌群多样性分析方法的构建及其应用》文中研究指明基于18S rRNA基因序列的PCR-RFLP分型方法分析前期从传统酒曲中分离纯化的16株代表性真菌,发现采用Hinf Ⅰ、Hae Ⅲ和Taq Ⅰ 3种限制性内切酶可将不同类型的真菌区分开,甚至是物种极为接近的真菌菌株。比较不同PCR引物(NS1/FR1+、FF390/FR1+、NS1/GCfung和NS3+/YM951r)对不同真菌菌株的扩增效率及DGGE分离效果的影响,筛选出最适合于红曲黄酒真菌菌群分析的PCR引物——NS1/GCfung。基于18S rDNA克隆文库RFLP分型结合克隆子测序技术解析红曲黄酒传统酿造体系中的真菌菌群结构,采用引物NS1/GCfung进行PCR-DGGE分析红曲黄酒传统酿造体系中的真菌菌群动态变化,鉴定出传统酒曲以及传统酿造过程中的优势真菌,为全面解析红曲黄酒传统酿造机制,改进传统酿造工艺,提升产品品质等奠定基础。
黄芊芊[3]2014年在《维生素D受体基因多态性与乳腺癌易感性关系的Meta分析》文中研究指明1研究目的Fok1(rs2228570)，Bsm1(rs1544410)，Taq1(rs731236)，Apa1(rs7975232)， Cdx2(rs11568820)以及Poly A (rs17878969)是六个被广泛研究的维生素D受体基因多态性位点，目前，国内外已有许多关注Fok1，Bsm1，Taq1，Apa1，Cdx2和Poly-A基因多态性与乳腺癌易感性关系的研究，但由于人群间疾病的异质性、单个研究样本量的不足、种族、饮食摄入量的差异等因素的影响，使得上述维生素D受体基因多态性与乳腺癌易感性关系的研究存在较大的争议。为了减少研究间的偏倚、提高统计效力，我们运用Meta分析的方法对以往的研究结果进行综合定量评价，以观察Fok1，Bsm1，Taq1，Apa1，Cdx2和Poly-A的基因多态性与乳腺癌易感性之间的关系。2研究方法2.1检索策略：利用PubMed/Medline、EMBASE和中国知网（CNKI）数据库，将1998年至2013年7月31日的相关文献进行检索，检索语言限制为英语和汉语。检索词为“Vitamin D receptor or VDR”，“polymorphism”和“breast cancer”。2.2纳入标准：1）评估乳腺癌患者和健康对照的Fok1、Bsm1、Taq1、Apa1、Cdx2和Poly-A等6个VDR基因多态性和乳腺癌易感性的关系；2）采用病例-对照研究的方法；3）报告了病例、对照组中各变量的分布频数，或提供了足以计算各变量间比值比的数据；4）病例必须是经过病理组织学确诊的乳腺癌患者；5）如果不同的文献采用了重复的人群数据，则纳入最新出版的，或数据量更大的文献；6）若文献报道了对两个不同人群研究的结果，则将每个人群视为一个单独的研究。2.3文献评价：仔细阅读所纳入文献，采用Newcastle-Ottawa质量评价标准对拟纳入文献进行质量评价，排除低质量论文。2.4数据采集与分析：2名专业人员独立提取纳入文献的相关数据，利用STATA10.0软件进行Meta分析。2.5Meta分析的思路：首先，利用文献中报告的原始数据计算合并粗OR值（95%置信区间）；其次，考虑调整因素，把原始文献中有报告调整OR值（95%置信区间）的数据进行提取，计算合并的调整OR（95%置信区间）；比较两种合并OR（95%置信区间）的差异，综合得出结论。对存在异质性的数据进行种族、对照来源、基因分型方法的亚组分析，探讨异质性的来源。3研究结果3.1Fok1，Bsm1，Taq1，Apa1，Cdx2和Poly-A位点分别纳入17，19，20，10，4和6项病例对照研究。3.2在合并各位点粗OR值的meta分析中，Fok1，Bsm1，Apa1，Cdx2和Poly-A的基因多态性与乳腺癌易感性的关系无统计学意义，但Taq1的tt基因型则对乳腺癌的发生有一定的影响(OR=1.21,95%CI:1.01-1.44)。合并各位点调整OR的meta分析提示，Fok1，Apa1，Cdx2，及Poly-A的基因多态性与乳腺癌风险无关，这与合并粗OR的结果是一致的，而Bsm1和Taq1的结果却不一致：对Taq1而言，tt比TT的OR值变为1.03，95%CI:0.92-1.15，tt基因型与乳腺癌的发生风险不相关；而Bsm1则由于相关文献存在发表偏倚，且研究间异质性较大，不能进行分析而不明确其与乳腺癌易感性的关系。3.3亚组分析中，我们发现，对于Fok1、Taq1基因多态性位点而言，基因分型方法的差异可以解释部分异质性的来源；其他位点异质性的来源需要在更大样本量中进行探讨。4研究结论本次Meta分析结果显示，Fok1，Apa1，Cdx2，和Poly-A的基因多态性与乳腺癌的发生不相关，而对于Bsm1和Taq1的基因多态性，我们还不能认为，其与乳腺癌易感性有关系。该结论有待进一步验证。
孙晋科[4]2008年在《扁桃种质资源RAPD和ISSR分析》文中认为扁桃是一种经济坚果树种,经过长期进化和培育,已经形成了丰富的扁桃品种资源。对扁桃种质资源的遗传多样性研究,有利于其种质资源的收集、保存,鉴定和合理利用。本研究采用RAPD与ISSR技术对野扁桃及56个栽培扁桃品种进行亲缘关系及遗传多样性分析。主要研究结果如下:1.本研究根据硅胶干燥样品特点,综合考虑各种因素,摸索出一套操作简便、快速、高质量的扁桃DNA提取技术。2.参考其它核果类果树的研究成果,采用正交试验设计优化RAPD-PCR,摸索出一套适合于分析扁桃种质资源RAPD和ISSR反应体系。3.分别从100条RAPD引物和86条ISSR引物中,筛选出适合供试材料种质分析的10条RAPD引物和14条ISSR引物用于RAPD和ISSR分析。10条RAPD引物共扩增出91条带,多态性条带数为84,多态性条带比率为92.3%;14条ISSR引物共扩增出169条带,多态性条带数为167,多态性条带比率为98.8%。基于扩增条带数据库建立了各自的遗传相似系数矩阵,采用UPGMA法对61份供试样品进行了聚类分析构建了亲缘关系图。61份扁桃供试样品分为五组:第一类为中国栽培品种;第二类为美国栽培品种;第叁类为新疆北部地区的野扁桃;第四类为西康扁桃、长柄扁桃和蒙古扁桃;第五类为欧洲栽培品种。4.对扁石头巴旦扩增的特异带回收、转化、克隆、测序和引物的设计。成功的完成了由RAPD到SCAR标记的转化。5.利用RAPD技术构建了10个主栽品种的指纹图谱。结果表明,通过2个引物可以构建10个主栽品种的各自特有的指纹图谱。
欧师琪, 彭德良, 李玉[5]2011年在《青海、陕西部分地区禾谷孢囊线虫rDNA-ITS-RFLP的特征分析》文中研究表明采自我国青海、陕西等省地11个寄生小麦的孢囊线虫群体经形态学鉴定为禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)。用PCR技术扩增获得的rDNA-ITS片段长度约为1 060 bp。用HinfⅠ、TaqⅠ、HpaⅡ、HaeⅢ、PstⅠ、AluⅠ等6种限制性内切酶酶切ITS扩增产物;青海10群体YBT10A、HY65A、HY61B、ZHZ162B、HY5B、HHX8A、GH132A、HY92A、HY127B、DT142A的6个酶的RFLP图谱完全一致;陕西YL4A群体的HaeⅢ、HinfⅠ和HpaⅡ酶切结果与青海群体的上述3种酶切结果相同,但AluⅠ和PstⅠ的酶切结果比青海孢囊线虫群体都多1条1 060 bp片段,而YL4A群体TaqⅠ酶切结果较为复杂。对比已知Avenae组成员RFLP图谱,青海群体与北京房山H.avenae群体的RFLP图谱一致;而陕西YL4A的AluⅠ图谱与H.avenae法国群体一致,PstⅠ和TaqⅠ却与Avenae组成员已知酶切结果均不一致。河南3个禾谷孢囊线虫群体除TaqⅠ酶切结果比青海CCN群体多1条520 bp片段以外,其他5种酶的RFLP都一致,而与澳大利亚的禾谷孢囊线虫H.avenae群体的RFLP图谱一致。
孙建军[6]2014年在《丹参叶内生真菌群落结构与其有效成分关系研究》文中认为内生真菌(Fungal endophytes)是指在其生活史中的某一阶段存在于健康植物组织内,不会引起宿主植物明显病症或造成明显伤害的真菌。内生真菌能够促进宿主植物生长,增强其抗病虫害和抗逆能力,并与植物次级代谢产物的合成关系密切。研究表明,植物次级代谢产物的合成往往是植物在自然环境中经常受到如病虫害或生物、非生物诱导子的刺激时而产生的一种过敏性防御反应,而生活在药用植物这一特殊环境体内的内生真菌不仅能促进宿主次生代谢物质的生成,而且有些内生真菌还能够自身合成与宿主相同或相似的活性成分。因此,对药用植物内生真菌进行全方位的“生物勘探”成为当前生态学、植物学、天然药物化学等诸多相关领域的研究热点。挖掘高活性的内生真菌、揭示内生真菌和宿主的共生关系对于药用植物资源的合理开发、利用和保护具有重要意义。丹参(Salvia miltiorrhiza Bunge)为唇形科(Labiatae)鼠尾草属(Salvia)植物中被历版《中华人民共和国药典》收载的唯一品种,有祛瘀止痛和活血通经的功效,常用于心绞痛和冠心病等症的治疗。作为我国传统名贵大宗药材,在我国广泛种植,因其代谢产物脂溶性成分丹参酮ⅡA、水溶性成分丹参素和迷迭香酸等具有抗菌、抗炎、抗血栓、抗氧化以及治疗心血管疾病等多种药理学活性,所以丹参有效成分的合成机制以及以丹参为原料的药物研发受到了高度关注。已有的研究较多关注的是丹参有效成分的代谢过程及其药理作用,对于丹参内生真菌与其有效成分间关系的研究鲜有报道。本研究以采自5个不同地区的丹参(HUB5,湖北罗田；AH87,安徽六安；HEN5,河南南阳；SD01,山东临沂和HEN7,河南叁门峡)为研究对象,利用末端限制性片段长度多态性分析(T-RFLP)方法探究了不同产地丹参叶内生真菌群落结构的差异性；采用高效液相色谱(HPLC)技术探究了不同产地丹参有效成分的积累规律,经过统计分析研究了丹参内生真菌与其有效成分间的相关性。主要研究结果如下：1.不同产地丹参叶内生真菌酶切T-RFs片段数(Cfo Ⅰ, HaeⅢ, Msp Ⅰ和Taq Ⅰ的单一酶切结果,以及四种酶切产物总体)有显着性差异(P<0.05)；不同产地丹参叶内生真菌总体多样性指数大小为：HUB5>AH87>HEN5>SD01>HEN7;丹参叶内生真菌分别经四种酶切后,不同产地间共有的T-RFs片段数分别为45、42、38和34条；基于4种酶切T-RFs组成(大小和峰面积)的主成分分析(PCA)结果显示,HEN7与AH87在内生真菌组成上相似性较高,聚为一类,位于排序坐标系的第二象限；SD0l与HUB5在内生真菌组成上相似性较高,聚为一类,位于排序坐标系的第叁象限；HEN5其内生真菌群落结构与其它4种丹参样品分异明显,位于排序坐标系的第一象限。结果表明不同产地丹参叶内生真菌群落结构有一定的差异性和相似性。2.采用HPLC法对不同产地的丹参叶与根系中的水溶性酚酸类成分和脂溶性二萜醌类成分进行测定。就叶有效成分而言,其主要脂溶性成分鼠尾草酚和鼠尾草酸的含量在5种丹参叶中差异不显着(P>0.05),丹参酮Ⅰ和丹参酮ⅡA的含量在5种丹参叶中有显着差异(P<0.05)。其主要水溶性成分迷迭香酸、丹酚酸B、丹参素、原儿茶酸、原儿茶醛的含量在5种丹参叶中差异显着(P<0.05),但咖啡酸在样品HEN7、AH87和HUB5中差异不显着P>0.05)。基于叶24种有效成分的PCA结果显示,HEN5、HEN7和AH87间有效成分组成相似性较高,3种丹参样品聚为一类,叁者位于排序坐标系的第叁象限；而SD01和HUB5有效成分相互之间分异明显,二者分别位于排序坐标系的第一象限和第四象限,分异性较大。就根系有效成分而言,其主要脂溶性成分二氢丹参酮Ⅰ、鼠尾草酚、隐丹参酮、鼠尾草酸和丹参酮ⅡA的含量在5种丹参根部中差异显着(P<0.05), HUB5和HEN5的丹参酮Ⅰ的含量差异不显着(P>0.05)。其主要水溶性成分迷迭香酸、丹酚酸B、丹酚酸A、和咖啡酸的含量在5种丹参根部中差异显着(P<0.05),但丹参素含量差异不显着(P>0.05)；基于根系24种有效成分的PCA结果显示,SD01和HEN7间有效成分的相似性较高,2种丹参样品聚为一类,二者位于排序坐标系的第四象限；HEN5和HUB5有效成分相互之间分异不明显,二者分别位于排序坐标系的第二象限；而AH87则单独聚为一类,与其它4种丹参样品分异性较大,位于排序坐标系的第叁象限。基于叶与根系总24种有效成分的PCA结果显示,AH87和HEN5间的有效成相似性较高,聚为一类,位于排序坐标系的第叁象限；HUB5和SD01间的有效成分相似性较高,聚为一类,位于排序坐标系的第一象限；HEN7单独聚为一类,位于排序坐标系的第四象限。3·不同产地丹参叶和根系中的24种有效成分含量与内生真菌四种酶切共有(指同一种内切酶酶切5种样品后均出现的T-RFs) T-RFs条带组成(大小和峰面积)间的相关性分析结果显示,Cfo Ⅰ、Hae Ⅲ、Msp Ⅰ和Taq Ⅰ酶切共有T-RFs条带中,分别有7、8、5和3个条带分别与丹参叶及根系中的一些有效成分呈显着(P<0.05)或极显着(P<0.01)的相关性。进一步印证了丹参内生真菌与其有效成分组成具有密切关系,有必要进一步研究。
王军[7]2006年在《猪八个候选基因的分离、特征分析多态性及其与性状间的关联分析》文中指出分子标记辅助选择与传统育种方法的结合加速了猪遗传改良的进程。分子标记辅助选择的基础是寻找与重要经济性状相关的主效基因和分子标记。随着猪分子遗传图谱、QTL定位以及人、鼠等功能基因组研究的深入，通过报道的QTL-定位结果，在与之同源的人鼠等染色体区域内，确定经济性状相关候选基因是切实可行的，基于此，本研究筛选了8个与肌肉代谢相关基因作为猪生产性状候选基因进行了研究，并取得了以下结果：1、HK2(HexokinaseⅡ，己糖激酶2)：(1)获得了大白猪、长白猪、梅山猪叁个猪种基因编码区序列和部分基因组序列，并提交到GenBank中，获得四个登录号为DQ432056、DQ432057、AY818385、AY821788；(2)序列比对发现了13处cSNPs(single nucleotide polymorphism in coding sequence)和2处3’非翻译区的SNP；内含子中发现了38个SNPs；(3)建立了第10内含子A／G替换的PCR-MspⅠ-RFLP(MspⅠ酶切片段长度多态性)和第17外显子的T／G替换的PCR-MspⅠ-RFLP分型方法，在所检测的6个不同猪种中，第10内含子的多态在大白和长白猪中只出现了A等位基因；国内猪种可检测到A和B等位基因；第17外显子的多态在所检测的6个不同猪群中A等位基因只存在于杂合子个体中，各猪群中两等位基因频率没有多大差异。(4)在309头大×梅F_2代资源家系中进行标记性状关联分析，第10内含子的多态位点与眼肌高度、平均皮厚和股二头肌大理石纹差异显着，并且加性效应显着；在186头试验猪群(大白、长白、梅山、大白×梅山、长白×大白、大白×长白)中进行标记性状关联分析，第17外显子的多态位点与胴体长、肋骨数、肩部背膘厚和眼肌面积差异极显着，与胸腰椎间背膘厚、叁点平均背膘厚、眼肌高度、眼肌宽度、肥肉率、瘦肉率和肌内脂肪差异显着。(5)该基因在猪骨骼肌中特异性表达。2、LMCD1(LIM and cysteine-rich domains 1，LIM富半胱氨酸区域蛋白1)：(1)获得了大白猪、长白猪、梅山猪叁个猪种基因编码区序列并提交到GenBank中，登录号为NM_001008692；(2)序列比对发现了4个cSNPs，其中1处预测可导致氨基酸改变；(3)建立了第叁外显子G／A替换的SSCP(polymerase chain reaction-single strand conformational polymorphism)基因分型方法。在所检测的6个猪种中，大白、长白、鄂西黑和皖南花猪种G等位基因的基因频率为1或接近1，而梅山和清平品种的等位基因G基因频率分别为0.2889和0；(4)在178头大×梅F_2代资源家系中进行标记性状关联分析，该位点与胸腰椎间背膘厚和臀部平均背膘厚差异显着，该位点以显性作用方式为主，且方向一致；(5)该基因在所检测的各组织中均有表达，在心脏和肌肉中表达量最高。3、NRAP(Nebulin-related anchoring protein，伴肌动蛋白相关锚定蛋白)：(1)获得了大白猪、杜洛克猪、梅山猪叁个猪种基因编码序列、5’RACE(rapid amplificationof cDNA end，快速扩增cDNA末端)及其第39、40内含子序列，序列已提交到GenBank中，登录号为DQ157553和DQ480149；(2)发现了35个SNPs，其中3处预测可导致氨基酸改变；(3)建立了第39内含子A／G替换的PCR-Eco721-RFLP分型方法；在所检测的8个猪种中，大白、长白猪种B等位基因的基因频率为1，中国地方猪群可检测到A和B等位基因；(4)在302头大×梅F_2代资源家系中进行标记性状关联分析，该位点与出生重、内脂率、眼肌高度、肩部背膘厚、背最长肌pH值、失水力、系水力、背最长肌肌肉色值、股二头肌pH值和股二头肌色值显着或极显着相关，该位点在胴体性状以显性作用方式为主，肉质性状则以加性作用为主；(5)该基因特异性的在心脏和骨骼肌中表达。4、ECHI (Enoyl CoA hydramse 1，烯酯酰辅酶A水合酶1)：(1)获得了大白猪、长白猪、梅山猪叁个猪种基因编码序列、5’RACE及第3内含子外的所有内含子序列，并提交到序列的GenBank登录号为DQ157552和DQ480146；(2)序列比对发现了17个SNPs，其中1处cSNP；(3)建立了第1内含子A／G替换的PCR-BamHⅠ-RFLP、第5内含子A／G替换的PCR-PstⅠ-RFLP分型方法和第4外显子T／C突变的PCR-SSCP分型方法；第1内含子的酶切多态，在所检测的7个猪种中，大白和长白猪种B等位基因的基因频率接近为1，而中国猪种均可检测到A和B等位基因，除清平猪种外，其余品种均为B等位基因占优势；关于第5内含子多态性分布，在所检测的7个猪种中，监利猪未检测到A等位基因，其余猪种均可检测到A和B等位基因，均为B等位基因占优势；(4)在296头大×梅F_2代资源家系中进行标记性状关联分析，第1内含子多态的不同基因型间内脂率、眼肌高度和肌内水分等生产性状差异显着，以显性效应为主；在306头大×梅F_2代资源家系中进行标记性状关联分析，第5内含子位点与屠宰率、平均皮厚和股二头肌色值差异显着；(5)该基因在所检测的9个组织中均表达。5、CKMT2 (crcatine kinase，mitochondrial 2(sarcomeric)，肌节线粒体肌酸激酶2)：(1)获得了大白猪、长白猪、梅山猪叁个猪种基因cDNA序列，该基因GenBank登录号为DQ363337，获得的第4内含子序列见附录14；(2)序列比对，发现了9个SNPs，其中3处预测可导致氨基酸改变；(3)建立了第4内含子A／G替换的PCR-MspⅠ-RFLP分型方法，在检测的9个猪种中，梅山和二花脸猪中B等位基因频率为1或接近1，其他7个猪种均为A等位基因频率为1；(4)在302头大×梅F_2代资源家系中进行标记性状关联分析，该位点与出生重、内脂率、肥肉率、胴体长、肩部背膘厚、胸腰椎间背膘厚、臀部背膘厚和肌内水分等性状差异显着，以加性作用方式为主；(5)该基因在心脏和骨骼肌中表达丰度最高，在脾脏、胃、小肠和子宫中不表达，在其余组织不同程度的表达。6、TTID (Titin Immunoglobul in Domain Protein；肌联蛋白免疫球蛋白区域蛋白)：(1)获得了大白猪、长白猪、梅山猪叁个猪种基因全长cDNA序列以及除第2、7内含子外的所有内含子序列，提交到GenBank的登录号为DQ157551和DQ480148；(2)序列比对发现了51个SNPs，该基因cDNA中没有发现碱基突变或缺失；(3)建立了第6内含子T／C替换的PCR-HinfⅠ-RFLP分型方法，在检测的10个猪种中，在大白和长白猪种中B等位基因的频率为1或是接近1，国内品种中除鄂西黑猪、清平猪和八眉猪中B等位基因频率略占优势外，其余5个品种均为A等位基因占绝对优势；(4)在279头大×梅F_2代资源家系中进行标记性状关联分析，胴体性状方面，该位点与皮率和眼肌面积差异显着，与平均皮厚差异极显着；并且表现为加性效应显着或极显着，肉质方面，该位点与股二头肌pH值、背最长肌和肌内水分差异显着，表现为显性效应显着；(5)该基因在心脏和骨骼肌中表达量很高，在脂肪和肺中微量表达，其余组织中不表达。7、PFKM (Phosphofructokinase Muscle Type，肌型磷酸果糖激酶)：(1)获得了大白猪、长白猪、梅山猪叁个猪种基因全长cDNA序列及第2到21内含子序列，验证猪中第1内含子的大小，序列GenBank的登录号为DQ363336和DQ480147；(2)序列比对发现了111处SNPs，其中4处预测可导致氨基酸改变；(3)建立了第13外显子T／C替换和第17外显子的PCR-TaqⅠ-RFLP分型方法，在所检测的7个猪种中，第13外显子多态性分布频率在检测的大白、长白和鄂西黑猪中B等位基因频率为1，另外四个国内猪种均为B等位基因占优势，在所检测的7个猪种中，第17外显子多态性分布频率基本同第13外显子位点的分布，(4)在214头大×梅F_2代资源家系中进行标记性状关联分析，第13外显子位点基因型不同时，出生重、内脂率、肥肉率、瘦肉率、瘦肥比率、眼肌高度、6—7胸腰椎间背膘厚、胸腰椎间背膘厚、肩部背膘厚、叁点平均背膘厚、股二头肌色值、背最长肌大理石纹、肌内水分和肌内脂肪差异显着或极显着；该位点在部分胴体性状加性效应和显性效应均为极显着；在241头大×梅F_2代资源家系中进行标记性状关联分析，第17外显子位点与眼肌高度、臀部背膘厚、叁点平均背膘厚、大理石纹、失水率、系水力、肌内脂肪和肌内水分差异显着或极显着；(5)该基因在心脏和骨骼肌中表达量很高，胃和小肠没有表达，其他组织均有不同程度的表达。8、MYLPF (myosin light chain，phosphorylatable，fast skeletal muscle，肌浆球蛋白轻链可磷酸化蛋白)：(1)获得了大白猪、长白猪和梅山猪的基因组序列；序列GenBank的登录号为DQ533994；(2)序列比对，发现了43处SNPs，有5处cSNPs，其中3处预测可导致氨基酸改变；(3)建立了第1内含子G／A替换的PCR-TaqⅠ-RFLP和TIC替换的PCR-MspⅠ-RFLP分型方法；在所检测的7个猪种中，第1内含子MspⅠ-RFLP多态性分布频率在长白猪中A等位基因与B等位基因频率的比例大约为1：2，其余猪种为B等位基因占绝对优势；在所检测的7个猪种中，第1内含子TaqⅠ-RFLP多态性分布频率，在大白和长白猪中A等位基因与B等位基因频率的比例大约为1：2，国内猪种均为B等位基因占绝对优势；(4)在140头试验猪群(长白、梅山、长白、长白×大白、大白×长白)中进行标记性状关联分析，基因型不同时，瘦肉率、皮率、股二头肌大理石纹、背最长肌大理石纹和肌内水分差异显着，眼肌宽度、眼肌面积和肌内脂肪差异极显着，肩部背膘厚和眼肌高度差异接近显着水平；该位点在这些性状上均表现为加性作用方式，但作用方向不同；(5)该基因在各组织中均有表达，尤以心脏和骨骼肌中表达丰度最高。上述实验结果为进一步探讨这些基因对于猪肌肉生产和代谢相关性状影响的分子机制，以及应用标记辅助选择进行分子育种提供了一些有价值的依据，从而推进猪遗传改良工作的进程，为我国功能基因组的研究和源头创新奠定基础。
李静[8]2015年在《维生素D受体基因多态性与2型糖尿病及血脂异常相关性研究》文中认为目的探讨维生素D受体基因ApaⅠ、TaqⅠ位点的多态性与2型糖尿病(Type 2diabetes mellitus,T2DM)及血脂异常的相关性,分析T2DM及血脂异常患者的可能危险因素。方法采用病例对照研究的方法,对郑州市二七区和焦作市武陟县的286例T2DM组患者(其中血脂正常164例和血脂异常122例)和286例对照组人群进行问卷调查、体格测量、血样采集,并对采集的血样进行生化指标的测定和维生素D受体(Vitamin D receptor,VDR)基因ApaⅠ(rs7975232,G>T)和TaqⅠ(rs731236,T>C)位点多态性分析。问卷调查的内容包括年龄、性别、家族疾病遗传史、膳食调查以及体力活动等情况;采用全自动生化分析仪测定血清中总胆固醇(Total cholesterol,TC)、甘油叁酯(triglycerides,TG)、高密度脂蛋白胆固醇(high density lipoprotein cholesterol,HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(low density lipoprotein cholesterol,LDL-C);采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)分析基因位点多态性。根据测定结果分析并比较基因多态性以及相应的临床资料。用SHEsis在线软件分析单体型,其余数据采用SPSS21.0软件分析,检验水准α=0.05。结果1.T2DM组的体质指数(Body mass index,BMI)、腰臀比和TG水平高于对照组,HDL-C水平低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05);T2DM血脂异常组的BMI、体脂含量、腰臀比、血清TC和TG水平高于T2DM血脂正常组,血清HDL-C和LDL-C水平低于T2DM血脂正常组,差异均有统计学意义(P<0.05)。2.ApaⅠ位点等位基因频率在T2DM组和对照组间分布差异有统计学意义(χ2=4.572,P=0.032,OR=1.338,95%CI:1.024~1.749),ApaⅠ位点GG/GT+TT基因型频率在T2DM组和对照组间分布差异有统计学意义(χ2=4.311,P=0.038,OR=1.422,95%CI:1.019~1.983),TaqⅠ位点的基因型和等位基因频率在两组间的差异没有统计学意义(P>0.05);单体型GT(ApaⅠ-TaqⅠ)、TT(ApaⅠ-TaqⅠ)在T2DM组和NC组间分布差异有统计学意义,其中单体型GT(ApaⅠ-TaqⅠ)可能与T2DM发病风险的降低存在统计学关联(OR=0.756,95%CI:0.579~0.989),单体型TT(ApaⅠ-TaqⅠ)可能与T2DM发病风险的升高存在统计学关联(OR=1.491,95%CI:1.116~1.992)。3.ApaⅠ位点不同基因型(GG/GT/TT)间体脂含量(F=4.464,P=0.012)和LDL-C水平(F=3.795,P=0.023)的差异有统计学意义,其中,携带有TT基因型的人群体脂含量高于携带GG(P=0.003)和GT基因型的人群(P=0.025),携带有GG基因型的人群LDL-C水平低于携带GT基因型人群的LDL-C水平(P=0.006),差异均有统计学意义;TaqⅠ位点不同基因型(TT/TC/CC)之间,所有指标水平均显示差异没有统计学意义(P>0.05)。4.多因素Logistic回归分析提示:以对照组作为参照,有意义的变量有体力活动(OR=0.754,95%CI:0.623~0.912),腰臀比异常(OR=2.087,95%CI:1.221~3.568),ApaⅠ位点GT+TT基因型(OR=1.468,95%CI:1.042~2.067);以T2DM血脂正常组做为参照,有意义的变量有腰臀比异常(OR=2.479,95%CI:1.064~5.775)。结论1.该调查人群T2DM患者存在一定程度的脂代谢紊乱,主要是TG水平的升高和HDL-C水平的降低。2.本研究中,体力活动是T2DM的保护性因素,腰臀比升高是T2DM以及T2DM血脂异常的危险因素,建议T2DM患者注意合理的膳食,适当的运动以及保持健康体重,降低血脂异常的发生风险。3.本研究中,VDR基因ApaⅠ位点多态性与T2DM的发病有关,ApaⅠ位点等位基因T是T2DM的易感基因;单倍体GT(ApaⅠ-TaqⅠ)是T2DM的保护因素,单倍体TT(ApaⅠ-TaqⅠ)是T2DM的危险因素;VDR基因ApaⅠ、TaqⅠ多态性与血脂异常的发生无关联性,VDR基因ApaⅠ、TaqⅠ位点不是T2DM血脂异常的易感基因。
申红[9]2008年在《中国美利奴羊和多浪羊DRB1、DQB1基因多态性与包虫病抗性关联分析》文中提出绵羊主要组织相容性复合体(Major histocompitibility complex,MHC)又称为绵羊淋巴细胞表面抗原(Ovine Lymphocyte Antigen,OLA),是由紧密连锁、高度多态的基因位点组成染色体上的一个遗传区域,其中MHC-Ⅱ类分子的DRB和DQB 2个基因所编码的MHC抗原在其免疫系统中发挥重要的作用,MHC与许多动物疾病的抗性、易感性、免疫应答以及生产性能都有密切关系。本试验对MHC-DRB1、DQB1基因在中国美利奴(新疆军垦型)羊(简称中国美利奴羊)和多浪羊群体中的分布进行检测,并且结合两绵羊品种的包虫病感染情况,探讨MHC-DRB1、DQB1基因PCR-RFLP多态性与包虫病遗传抗性间的相关性。为进一步研究MHC对包虫病的抗病免疫机制,以及抗病育种研究提供重要的依据,具有重要的学术理论价值和现实生产意义。1、本试验用ELISA试剂盒对塔城、伊犁和石河子部分地区的中国美利奴羊(868只)及喀什地区多浪羊(351只)包虫病感染情况进行了血清学诊断。结果,塔城、伊犁和石河子地区中国美利奴羊的平均感染率分别为22.33%、48.8%和6.9%,相互之间有显着差异(P﹤0.01)。相同饲养模式下,多浪羊和中国美利奴羊的包虫病感染率分别为26.84%和58.1%,差异极显着(P﹤0.01)。2、利用PCR-RFLP方法,对中国美利奴羊和多浪羊MHC-DRB1、DQB1基因第2外显子进行了遗传多态性检测,结果显示,中国美利奴羊和多浪羊的MHC-DRB1基因第2外显子在SacII、MvaI、SacI、Hin1I和HaeIII 5个酶切位点存在丰富的多态性。两绵羊品种均检测出了2、3、2、2和6种等位基因,但基因型分别为3、5、3、3、15和3、3、3、3、18种,MHC-DRB1第2外显子的229、225、208、210、178、173、159、87位碱基上存在多态性。而MHC-DQB1基因在MroxI、ScaI、SacII、NciI、TaqI、MvaI和HaeⅢ7个内切酶中,中国美利奴羊分别检测到2、2、4、2、3、6和3种等位基因和3、3、7、3、4、16和6种基因型,多浪羊在MroxⅠ、ScaⅠ、Sac II、TaqⅠ、MvaⅠ和HaeⅢ6个内切酶中检测到2、2、3、2、6、3种等位基因和3、3、5、2、14、5种基因型,MHC-DQB1第2外显子的266,246,231,217,213,198,192,174,161,140,96,34位碱基上存在多态性。中国美利奴羊和多浪羊MHC-DRB1、DQB1基因第2外显子在以上酶切位点均存在丰富多态性,其中,经克隆测序证实中国美利奴羊MHC-DQB1基因HaeⅢm、HaeⅢn、MvaⅠz和MvaⅠy是新等位基因。3、对中国美利奴羊和多浪羊包虫病阴性和阳性羊的MHC-DRB1和MHC-DQB1等位基因频率和基因型频率分别进行统计分析和差异性检验,结果显示,中国美利奴羊MHC-DRB1的MvaⅠb、HaeⅢe等位基因与包虫病抗性有相关(P﹤0.01),MvaⅠC(P﹤0.01)、HaeⅢd(P﹤0.05)与包虫病易感性相关。MvaⅠbb(P﹤0.01)、HaeIII ee和SacⅠab基因型(P﹤0.05)可能是包虫病的抗性基因型,而MvaⅠbc、HaeIII bd(P﹤0.01)、SacIIab和HaeIII df(P﹤0.05)可能是包虫病的易感基因型。MHC-DQB1基因的MvaⅠD(P﹤0.05)、SacIIb、TaqⅠA、HaeⅢN(P﹤0.01)为包虫病抗性相关等位基因,TaqⅠB、MvaⅠC、HaeⅢM(P﹤0.01)为易感性相关等位基因。MvaⅠDZ(P﹤0.05)、TaqⅠAA和HaeIII NN(P﹤0.01)为包虫病抗性相关基因型,而MvaⅠCZ(P﹤0.05)、TaqⅠAB和HaeIII MN(P﹤0.01)为包虫病易感性相关基因型。多浪羊MHC-DRB1的HaeⅢa(P﹤0.05)可能是包虫病的易感性等位基因,SacⅠab、HaeⅢcf、Hin1Ⅰaa(P﹤0.05)基因型对包虫病具有一定的抗性, HaeIII be和HaeIII ef(P﹤0.01)、SacⅠbb、HaeIII aa和Hin1Ⅰab(P﹤0.05)提示为包虫病的易感性基因型。MHC-DQB1的MvaⅠD(P﹤0.01)与包虫病抗性相关。MvaⅠDD和MvaⅠCD基因型(P﹤0.05)可能是包虫病的抗性基因型,而MvaⅠBZ(P﹤0.05)疑似为易感基因型。4、中国美利奴羊和多浪羊MHC基因座不同单倍型与包虫病抗性或易感性相关分析结果表明,中国美利奴羊MHC基因座单倍型DRB1-SacIAB、DRB1-MvaIbb、DQB1-TaqIAA、DQB1-HaeⅢNN与包虫病抗性密切关联(P﹤0.01),而单倍型DRB1-MvaIbc、DQB1-MvaIYY、DQB1-TaqIAB、DQB1-HaeⅢMN和单倍型DRB1-MvaIbb、DQB1-MvaICC、DQB1-TaqIAB、DQB1-HaeⅢMN与包虫病易感性相关(P﹤0.01)。多浪羊MHC基因座单倍型DRB1-SacIAB、DRB1-HaeⅢff、DQB1-MvaICD和单倍型DRB1-SacIAB、DRB1-HaeⅢff、DQB1-MvaIDD与包虫病抗性相关(P﹤0.05),然而,单倍型DRB1- Hin1Ⅰab、DRB1-HaeⅢbe和单倍型DRB1- Hin1Ⅰab、DRB1-HaeⅢef以及单倍型DRB1- Hin1Ⅰab、DRB1-HaeⅢaa分析认为与包虫病的易感性相关(P﹤0.01)。5、经对中国美利奴羊MHC基因单倍型DRB1-SacIAB、DRB1-MvaIbb、DQB1-TaqIAA、DQB1-HaeⅢNN个体人工感染攻虫试验,进一步验证了该单倍型为包虫病抗性相关基因单倍型。6、基因位点处于Hardy-Weinberg平衡对于群体遗传结构的稳定起着重要的作用。MHC-DRB1基因各酶切位点的Hardy-Weinberg平衡状态在两绵羊品种间不一致,中国美利奴羊在SacI和Hin1Ⅰ位点上达到Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),多浪羊在MvaⅠ位点达到Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),其余酶切位点均处于非平衡状态。而在MHC-DQB1基因各酶切位点,中国美利奴羊在TaqⅠ、MroxⅠ位点,多浪羊在TaqⅠ位点达到Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),其余酶切位点都处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P﹤0.01)。
张荣宗[10]2010年在《德化黑鸡专门化品系的选育研究及基因多态性与部分蛋用性状的关联分析》文中进行了进一步梳理德化黑鸡是福建省珍稀的地方品种之一,具有野性强、耐粗饲、肉质细嫩鲜美、营养价值丰富、药用保健功能等优良特性,但是同时具有产蛋率低、个体较小等缺点。为了更好的利用德化黑鸡优良特性,在保种群基础上,通过提纯选育培育专门化品系,利用配套系杂交提高生产性能;并从分子水平探讨与经济性状相关的分子标记,为德化黑鸡经济性状辅助标记选择提供一定的理论依据。本实验开展了德化黑鸡专门化品系的研究,并对专门化品系的生产性能及选育进展进行了分析,同时采用PCR-RFLP的方法,以德化黑鸡保种场二代鸡500只德化黑鸡为试验材料,检测并分析了类胰岛素样生长因子-Ⅰ( IGF-Ⅰ)基因的5’端调控区、血管活性肠肽受体-Ⅰ(VIPR-Ⅰ)基因的外显子2和6的多态性和蛋用性状之间的关联。主要研究结果如下:1、通过对德化黑鸡专门化品系的研究发现,德化黑鸡具有明显的外貌特征,并且基本达到了整齐一致;生长规律明显,快速增重高峰在8周龄前后,6～12周期处于日增重高峰期,从12周龄以后生长速度逐渐变慢;选育后的产蛋性能较选育前高,蛋品质优良;公母鸡在屠宰性状方面存在差异,公鸡的活重、屠体、半净膛、全净膛、腿肌、腿肌率明显高于母鸡,表现为差异显着(P<0.05),并且胸肌重比母鸡的大,但差异不显着(P>0.05),母鸡的腹脂重、腹脂率显着高于公鸡(P<0.05);父系选育进展显着,其中10周龄体重从2世代的740.26 g(±127.95 g)增重到808.35 g(±102.11 g),其变异系数从17.28%降低到12.63%,实现遗传力为0.3825,300日龄产蛋数从1世代61.94(±18.24)枚增加到82.83(±25.12)枚,提高了33.73%,实现遗传力为1.1938;母系选育进展显着,其中300日龄产蛋数从1世代62.65(±17.16)枚增加到90.18(±24.99)枚,提高了43.94%,实现遗传力为0.6858,10周龄体重从2世代的729.35 g(±122.71 g)增重到735.46 g(±85.28 g),其变异系数从16.82%降低到11.6%,实现遗传力为0.8268。2、德化黑鸡IGF-Ⅰ基因5’调控区、VIPR-Ⅰ基因外显子2区和VIPR-Ⅰ基因外显子6区PCR产物分别经PstⅠ酶、HpaⅡ酶、TaqⅠ酶酶切后,各出现3种基因型,PstⅠ位点存在A-T突变,HpaⅡ位点存在A-G突变,TaqⅠ位点存在A-C突变。PstⅠ位点的AA、AB、BB基因型频率分别为0.1937、0.4867和0.3196,等位基因A和B的基因频率分别为0.4370和0.5630,经χ~2检验,该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态;HpaⅡ位点的CC、CD、DD基因型频率分别为0.3285、0.4686和0.2029,等位基因C和D的基因频率分别为0.5628和0.4372,经χ~2检验,该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态;TaqⅠ位点的EE、EF、FF基因型频率分别为0.0872、0.3390和0.5738,等位基因E和F的基因频率分别为0.2567、0.7433,经χ~2检验,该位点不符合Hardy-Weinberg平衡状态。经过基因位点遗传多态性分析,德化黑鸡具有的多态信息含量为中度多态(0.5>PIC>0.25),具有较高的选择潜力。3、在开产日龄和体重方面,PstⅠ酶切多态位点不同基因型对开产日龄、160日龄体重、240日龄体重、300日龄体重均没有显着影响(P>0.05),但总体上,A等位基因对应的德化黑鸡群体开产日龄和体重有低于B等位基因的趋势;HpaⅡ酶切多态位点不同基因型除了对开产日龄没有显着影响外(P>0.05),对160日龄体重、240日龄体重、300日龄体重均有显着影响(P<0.05),表现为DD基因型的160日龄体重、240日龄体重显着的高于CC基因型(P<0.05),DD基因型的300日龄体重显着的高于CD基因型(P<0.05),总体上,C等位基因对应的德化黑鸡群体的产蛋期体重低于D等位基因;TaqⅠ酶切多态位点不同基因型对开产日龄、体重均没有显着影响(P>0.05)。4、在产蛋性状和蛋重方面,PstⅠ酶切多态位点不同基因型对发现该多态位点不同基因型除了对300日龄蛋重没有显着影响外(P>0.05),对240日龄产蛋数、300日龄产蛋数、300日龄产蛋量均有显着影响(P<0.05),表现为AA基因型的240日龄产蛋数和300日龄产蛋数极显着地高于BB基因型(P<0.01),AA基因型的300日龄产蛋量显着高于BB基因型(P<0.05),总体上,A等位基因对应的德化黑鸡群体的产蛋性状要优于B等位基因对应的德化黑鸡群体的产蛋性状;HpaⅡ酶切多态位点不同基因型对240日龄产蛋数、300日龄产蛋数无显着影响(P>0.05),对300日龄蛋重、300日龄产蛋量均有显着影响(P<0.05),表现为DD基因型的300日龄蛋重显着高于CC基因型(P<0.05),DD基因型对240日龄产蛋数、300日龄产蛋数有优势,总体上D等位基因对应的德化黑鸡群体的产蛋性状和蛋重高于C等位基因;TaqⅠ酶切多态位点所产生的不同基因型对于240日龄产蛋数有FF基因型>EF基因型>EE基因型的趋势,FF基因型的300日龄产蛋数显着的高于EF基因型(P<0.05),总体上F等位基因对应的德化黑鸡群体的产蛋性状呈现出优于E等位基因的趋势。
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[10]. 德化黑鸡专门化品系的选育研究及基因多态性与部分蛋用性状的关联分析[D]. 张荣宗. 福建农林大学. 2010
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